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Johann Confais

@johannconfais.bsky.social
750 followers 751 following 35 posts

Bioinformatics @urgi-inrae.bsky.social Interested in #Genomics, #Evolution, #Transposons, Repeat annotation, #Pangenomic, #KnowledgeGraph eng-urgi.versailles-saclay.hub.inra… join the TEhub : @tehub.bsky.social

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Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 07/09/2026
📢 We (@clementgoubert.bsky.social @ritarebollo.bsky.social) are happy to share our new mini-review: “Computational Tools and Lessons Learned from Annotating Transposable Elements in Insect Genomes” doi.org/10.1016/j.co... #TransposableElements #TEannotation #InsectGenomics #Bioinformatics #TEsky 🧵👇
doi.org
Redirecting
11410
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 14/07/2026
Simply magnificent ! #GoBrachy
010
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Muriel Gros-Balthazard @murielgrosb.bsky.social · 01/07/2026
This morning at 10:20! Join our symposium “Epigenomics, structural variants and genomic offset: predicting climate adaptation in crops and wild relatives” at #SMBE2026. Co-organized by @cornilleamand.bsky.social and me, with invited speakers Frank Johannes and Chloee McLaughlin.
063
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 30/06/2026
Venez découvrir la nouvelle version de #PASTEC le classifieur de #transposon du package #REPET
041
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 30/06/2026
Let s dive into the world of holocentric chromosomes with @amarques.bsky.social Wonderful talk ! #smbe2026
183
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 28/06/2026
Here we go for #SMBE2026 Are there any TE folks here? #transposon #TEsky
0124
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 25/06/2026
Excellent news! Open data is fundamental to moving the entire community forward!
083
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Nature Reviews Genetics @natrevgenet.nature.com · 25/03/2026
New online! How classical genetics uncovered key determinants of TE silencing
dlvr.it
How classical genetics uncovered key determinants of TE silencing
Nature Reviews Genetics, Published online: 25 March 2026; doi:10.1038/s41576-026-00951-5In this Journal Club, Emilie Brasset highlights a 1995 publication by Prud’homme et al., who designed a clever genetic assay to identify a gene important for TE silencing, which provided a crucial foundation for later studies to unravel the underlying mechanisms.
072
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sandraduharcourt.bsky.social @sandraduharcourt.bsky.social · 08/04/2026
Our latest publication is now out at Genome Biology! link.springer.com/article/10.1... We uncover a unique association between a H3K27me3 reader complex and active transcription. A thread with our key findings: (1/8) #TEsky #Polycomb #transcription #smallRNAs
link.springer.com
A H3K27me3 reader complex couples H3K27me3 accumulation to nascent transcription of transposable elements in Paramecium - Genome Biology
Background The ability to deposit histone H3K27-trimethyl (me3) marks is essential for transcriptional repression by Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2). This is largely attributed to Polycomb repres...
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Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 20/02/2026
Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux sco.lt/6JjBei via Scoopit/Life Sciences Université Paris-Saclay @univparissaclay.bsky.social
sco.lt
Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux | Life Sciences Université Paris-Saclay
Dans une étude publiée dans le journal Genome Biology, les scientifiques de l’Unité de Ressources Génomiques info – URGI (INRAE/UPSaclay, Versailles) se sont intéressés au rôle des éléments transposables (ETs) dans l’adaptation des organismes à leur environnement. Les ETs, qui peuvent s’insérer i...
054
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 18/02/2026
Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? 👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78) 📅 30-31 mars 2026. 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
055
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 18/02/2026
Vous avez besoin de vous former à #Linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas 📅 1er avril 2026 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
036
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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 17/02/2026
[LAST CALL] 📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l' @ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !
155
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 16/02/2026
🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇
doi.org
A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
15036
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 12/02/2026
Merci aux organisateurs du STBDE de @upecofficiel.bsky.social de nous avoir convié à cet événement festif et convivial !
062
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Cornille “Eclectic” Lab @cornilleamand.bsky.social · 03/02/2026
Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome! Invited speakers: -Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology) -Frank Johannes (Technical University of Munich) @nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social
033
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Thibault (Tibo) Leroy @tiboleroyinen.bsky.social · 13/01/2026
🚨 New offer in our lab: 🐝🧬22-month postdoc or engineer position to estimate the effectiveness of the genetic queen fertilisation control in honey bees through large-scale sequencing and genomic analysis Location: Toulouse, France 😍 More information: thibaultleroyfr.github.io/pdf/Annonce_... Reposts🙏
048
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New Phytologist @newphyt.bsky.social · 06/01/2026
Root tip excision-induced exodermis lignification impacts lateral root emergence in Brachypodium distachyon Bellande et al. @joopvermeer.bsky.social @tbadet.bsky.social @anneroulin.bsky.social @rootcap.bsky.social nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
Bd21 and Bd21-3 display distinct lateral root emergence dynamics following root tip excision.
054
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Anne Roulin @anneroulin.bsky.social · 05/01/2026
Have we been overstating the role of transposable elements in adaptation to local or rapidly changing environmental conditions? Happy to share my (somewhat unpopular?) opinion paper on this matter: www.sciencedirect.com/science/arti... Thanks to those who already shared the link!
sciencedirect.com
Blinded by the lights? Re-examining the adaptive role of transposable elements in plants with population genomics
Transposable elements (TEs) are ubiquitous components of the genome whose mobility can be triggered by environmental stress and influenced by genotype…
23933
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 29/12/2025
A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposon
doi.org
1115
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CNRS @cnrs.fr · 25/12/2025
Y aura-t-il de la neige à Noël ? ❄️ Au fond des océans, oui ! La « neige marine » est un phénomène méconnu qui permet à l’océan d’emprisonner dans ses profondeurs le carbone issu du CO2 atmosphérique et de participer ainsi à la régulation du climat. www.cnrs.fr/fr/actualite/po...
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Institut Curie @institutcurie.bsky.social · 23/12/2025
🎙️ Nouvel épisode de Têtes Chercheuses qui nous plonge en immersion dans les recherches prometteuses en #épigénétique de Deborah Bourc'his, directrice de recherche Inserm et cheffe d’équipe à l’Institut Curie. ▶️ curie.fr/actualite/po...
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Thomas Jj @thomas-jj.eurosky.social · 23/12/2025
Fil RH #CNRS de la semaine #VeilleESR Dans la continuité du sujet précédent et comme nous sommes dans une période de prise de fonction, voici un fil sur les concours externes CNRS des ingénieurs et techniciens. Comment les concours externes IT évoluent au CNRS ? 1/12
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Thomas Jj @thomas-jj.eurosky.social · 15/12/2025
Fil RH #CNRS de la semaine #VeilleESR Ayé, les concours chercheurs CNRS sont ouverts ! C’est le moment idéal pour prendre la vague, toute honte bue, et publier quelques données pluriannuelles sur ces recrutements 1/9 carrieres.cnrs.fr/concours-ext...
carrieres.cnrs.fr
Concours externes des chercheurs (H/F) - CNRS Carrières
L’inscription aux concours ouvre au mois de décembre 2025 !
195
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Cornille “Eclectic” Lab @cornilleamand.bsky.social · 17/12/2025
Please join us at our SMBE 2026 symposium 🌿🧬! Young researchers are more than welcome! Invited speakers: -Chloee McLaughlin (HudsonAlpha Institute of technology) -Frank Johannes (Technical University of Munich) @nyuad-oaa.bsky.social @cnrs.fr @official-smbe.bsky.social @murielgrosb.bsky.social
032
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 14/12/2025
Such a #PLEASURE to be involved in this collaboration ! All the #transposon annotated during the project can be visualized in #RepetDB the TE database. #TEsky
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Clément Goubert @clementgoubert.bsky.social · 12/12/2025
WOW! Very promising new tool to facilitate collaborative manual curation of TEs link.springer.com/article/10.1...
link.springer.com
ColabCuraTE: an easy-to-use, web-based pipeline for the manual curation of transposable elements - Mobile DNA
Background Transposable elements (TEs) are widespread mobile DNA sequences that shape genome structure, function, and evolution. Although automated tools exist for the de novo identification and class...
0148
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Anne Roulin @anneroulin.bsky.social · 12/12/2025
A. thaliana has been pivotal in advancing our understanding of the bases of adaptation to past and ongoing environmental changes! A very nice review by @ahancock.bsky.social, Swan Portlier, Andrea Fulgione, @mgstetter.bsky.social and @meauxjuliette.bsky.social www.annualreviews.org/docserver/fu...
annualreviews.org
186
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 05/12/2025
As usual, I had a wonderful time at #MobilET ! It was such a pleasure to see everyone again!
060
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URGI @urgi-inrae.bsky.social · 29/10/2025
Internship position open at INRAE-URGI for 2026, more details available here www.sfbi.fr/emplois/offr...
sfbi.fr
Optimisation de la classification automatique des éléments transposables par des approches d’IA | SFBI Société Française de Bioinformatique
Emploi en bioinformatique à None Stage Stage M2
024
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 24/09/2025
🚨 📢 PhD offer in a nice place with nice people.
010
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Cornille “Eclectic” Lab @cornilleamand.bsky.social · 18/08/2025
JOIN US WEDNESDAY, Aug. 20, 2025, @eseb2025.bsky.social ! 🚪 Room 120–121 🕑 2:00–5:40 PM 🔥 Satellite Symposium 🔥 “Ecological Genomics of Coevolution” Keynote speakers: ⭐ Ellen Leffer ⭐Joy Bergekson @bergelsonlab.bsky.social 💡 Young Researcher Talks on host–pathogen dynamics, symbiosis, adaptation!
142
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Mariène Wan @marienewan.bsky.social · 10/07/2025
Venez découvrir #REPET, un outil de détection, de classification et d'annotation d'éléments transposables en live avec Etienne Bardet en amphi E @jobim2025.bsky.social @urgi-inrae.bsky.social #JOBIM2025 #URGI #INRAE
063
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Mariène Wan @marienewan.bsky.social · 10/07/2025
Venez me voir au poster 2, pour découvrir l'URGI, une plateforme bio-informatique @urgi-inrae.bsky.social @jobim2025.bsky.social #JOBIM2025 #URGI #INRAE
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Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 10/07/2025
Vous êtes à #JOBIM2025 et vous avez manquez le poster de @marienewan.bsky.social sur la nouvelle version de #REPET ? Rassurez vous une demo est organisé aujourd'hui à midi en amphi E. Vous découvrirez toutes les évolutions mises en place pour vous faciliter l'annotation des #transposons
086
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BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 20/05/2025
Notre plateforme de Jouy recrute pour contribuer au développement de Siduri, l'entrepôt de données de Ferments du Futur !
032
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Unité INRAE MaIAGE @inrae-maiage.bsky.social · 06/05/2025
Trainings of the “Cycle bioinformatique par la pratique” 2025 Tidyverse : documents.migale.inrae.fr/posts/traini... Python : documents.migale.inrae.fr/posts/traini...
032
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Dfam Database of Transposable Elements @dfam.bsky.social · 10/03/2025
Today we released Dfam 3.9 with many new community submissions and the result of a thorough curation and update of the Drosophila Melanogaster library. www.dfam.org (release notes: www.dfam.org/releases/Dfa...)
dfam.org
Dfam
Open database of transposable elements and repetitive DNA families
0104
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bioRxiv Bioinfo @biorxiv-bioinfo.bsky.social · 03/03/2025
GrAnnoT, a tool for effecient and reliable annotation transfer through pangenome graph www.biorxiv.org/content/10.1101/202…
086
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 21/02/2025
A great opportunity in a nice place 👇
034
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 13/02/2025
Besoin de vous former à #Python ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif à Jouy-en-Josas sur 2 jours (31 mars, 1er avril). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
256
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Rita Rebollo @ritarebollo.bsky.social · 31/01/2025
A couple of months ago I tried the @peercommunityin.bsky.social publishing system & I can only recommend it (pun intended). Please see below to change how we publish science 1/n
11210
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Cecile Lorrain @ccilelorrain.bsky.social · 14/01/2025
Dive into the massive genomes of plant pathogenic rust fungi! 🌿🍄 Our study reveals how ancestral & recent bursts of transposition have shaped these remarkable genomes. 👏 Congrats to @Emma______C on her 1st PhD paper! 🙌 @SebbyRust, Emmanuelle Morin www.biorxiv.org/content/10.1...
biorxiv.org
075
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Clément Goubert @clementgoubert.bsky.social · 14/01/2025
The great @johannconfais.bsky.social on a reference-free approach (panREPET) to annotate #Transposons in #pangenomes 🧬
1176
Reposted by Johann Confais
URGI @urgi-inrae.bsky.social · 14/01/2025
Great presentation from @johannconfais.bsky.social at #PAG2025 #PAG32 on the first result obtained with panREPET tool a non reference centric approach
0105
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 13/01/2025
REPET got a complete overhaul in version 4.0 ! Etienne Bardet from @urgi-inrae.bsky.social presents the updates in #PAG32 forgemia.inra.fr/urgi-anagen/...
01410
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 13/01/2025
Great tall from @clementgoubert.bsky.social to present GraffiTE: a pipline that finds polymorphic TE in genomes #PAG32 github.com/cgroza/Graff...
0218
Reposted by Johann Confais
Nicolas Francillonne @nico971.bsky.social · 12/01/2025
@johannconfais.bsky.social and @clementgoubert.bsky.social are presenting @tehub.bsky.social at #PAG2025, an amazing resource and driven community for anyone interested in transposable element
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Reposted by Johann Confais
Clément Goubert @clementgoubert.bsky.social · 10/01/2025
#PAG32 I'd bet that every genome studied at PAG has a least 1 #Transposon, if not thousands! Find us on Sunday for an exciting session on #mobileDNA!
066
Reposted by Johann Confais
URGI @urgi-inrae.bsky.social · 12/01/2025
Great presentation from Michael Alaux in #BrAPI session #PAG2025, how the french community use BrAPI to share data between several tools
056