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French Research Infrastructure in Bioinformatics from @inrae-france.bsky.social bioinfomics.inrae.fr

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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 21/08/2026
📣 Nous recrutons un-e responsable de la gestion des données pour le Grand Défi Ferments du Futur (Data Steward) 📝Description du profil et procédure de candidature : jobs.inrae.fr/ot-30400 📅 Date limite pour postuler : 28/9/26
jobs.inrae.fr
Responsable de la gestion des données du projet Ferments du Futur (Data Manager)
Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur, un programme de recherche-innovation ambitieux de la st...
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 21/08/2026
📣 Nous recrutons un-e gestionnaire des données pour le Grand Défi Ferments du Futur (Data Steward) 📝Description du profil et procédure de candidature : jobs.inrae.fr/ot-30398 📅 Date limite pour postuler : 28/9/26
jobs.inrae.fr
Gestionnaire des données du projet Ferments du Futur (Data Steward)
Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur, un programme de recherche-innovation ambitieux de la st...
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 21/08/2026
La plateforme Migale recrute 2 ingénieur-es de 71 mois pour la gestion des données du Grand Défi #Ferments-du-Futur : un data manager et un data steward (voir 👇). Rejoignez-nous dans la team #Siduri qui développe le portail de données dédié aux aliments fermentés 😉 @inrae-maiage.bsky.social
Logo de l'entrepôt de données Siduri, stylisé par un pacman qui engloutit des microbes pour la fermentation
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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 10/07/2026
👏Nous sommes très heureux de voir l’équipe IFB-Core-Cluster être lauréate de ce cristal collectif ! Une récompense qui souligne et valorise un travail mené depuis plusieurs années pour développer et maintenir cette infrastructure numérique distribuée.
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Mariène Wan @marienewan.bsky.social · 30/06/2026
Venez rencontrer Mohamad Yassine à son poster #88 aujourd'hui et demain à #JOBIM2026 sur PASTEC, un outil incroyable pour classifier les éléments transposables 👍
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Mariène Wan @marienewan.bsky.social · 02/07/2026
Anne‑Françoise Adam-Blondon a présenté aujourd’hui RDMkit lors du mini‑symposium “Orchestrating data flows throughout their lifecycle” #JOBIM2026. Une belle mise en lumière des outils et bonnes pratiques pour gérer les flux de données. @urgi-inrae.bsky.social @bioinfomics.bsky.social #ELIXIREurope
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 29/06/2026
Migale@JOBIM2026 ; session poster B (⏰ jeudi 11h30-12h et vendredi 10h30-11h30) 🌺 How Data Pre processing Shapes Conclusions in Metagenomics: A Reproducible Benchmark to Guide Microbiome Analysis 🗒️ Résumé : jobim2026.exordo.com/programme/pr... 7/7
jobim2026.exordo.com
JOBIM 2026 | Ex Ordo
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 29/06/2026
Migale@JOBIM2026 ; session poster B (⏰ jeudi 11h30-12h et vendredi 10h30-11h30) 🌼 FROGS 5: A redesigned, modular pipeline for the comprehensive analysis of metabarcoding data 🗒️ Résumé : jobim2026.exordo.com/programme/pr... 6/7
jobim2026.exordo.com
JOBIM 2026 | Ex Ordo
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 29/06/2026
Migale@JOBIM2026 Notre équipe est aussi associée à 3 posters, tous visibles à la session poster B (⏰ jeudi 11h30-12h et vendredi 10h30-11h30) 🌸 AffiliationExplorer, a shiny webapp to resolve taxonomy conflicts 🗒️ Résumé : jobim2026.exordo.com/programme/pr... 5/7
jobim2026.exordo.com
JOBIM 2026 | Ex Ordo
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 29/06/2026
Migale@JOBIM2026 4️⃣ In situ viral regulation of bacterial successions during organic matter turnover ⏰ vendredi 9h 🗣️ Domitille Jarrige 🗒️ Résumé : jobim2026.exordo.com/programme/pr... 4/7
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 29/06/2026
Migale@JOBIM2026 3️⃣ SIDURI: an integrated data and analysis portal supporting data-driven innovation in food fermentation ⏰ vendredi 9h 🗣️Emilie Fernandez 🗒️ Résumé : jobim2026.exordo.com/programme/pr... 3/7
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 02/07/2026
Bravo pour cette initiative à laquelle nous participons pour présenter les différents postes ouverts dans l'équipe
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Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 03/07/2026
Aujourd'hui à JOBIM à 10h30 ne manquez pas le poster 20 : A snakemake pipeline to genotype large sets of short reads on a pangenome using pangenie - Martin Racoupeau !
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Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 03/07/2026
Vous voulez échanger avec nous ? Aujourd'hui à 10h30 venez nous rencontrer devant le poster 85 The Genotoul-Bioinfo platform - Christophe Klopp !
041
BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 02/07/2026
4 autres de nos posters seront affichés à la session B #JOBIM2026 (jeudi 11h30 et ven 10h30) 🌸 A snakemake pipeline to genotype large sets of short reads on a pangenome using pangenie [#20] 🌸 FROGS 5: A redesigned, modular pipeline for the comprehensive analysis of metabarcoding data [#53] ... 1/2
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Unité INRAE MaIAGE @inrae-maiage.bsky.social · 02/07/2026
📣 Meet Cédric Midoux at #JOBIM2026 poster session B! ℹ️ He’s presenting his #poster (51) on “{affiliationExplorer} a Shiny webapp to resolve taxonomy conflicts” 🫵 Do take a look at this great work! @cmidoux.bsky.social @mahendram.bsky.social @sandraderozier.bsky.social @bioinfomics.bsky.social
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BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 29/06/2026
BioinfOmics sera bien représentée demain et toute la semaine à Strasbourg pour les Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique #JOBIM ! 🎉
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 25/06/2026
H-1 pour l'AG de France Génomique. @mahendram.bsky.social parlera "IA et génomique" et remplacera Olivier Rué (🙏) pour présenter le mode de gestion des projets et rapports automatiques d'analyse mis en place au sein de notre service d'analyse. Programme : agfg2026.sciencesconf.org/resource/pag...
agfg2026.sciencesconf.org
Assemblée générale de l'INBS France Génomique - Sciencesconf.org
Sciencesconf.org
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Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 24/06/2026
Demain et après-demain, la plateforme Bioinfo-GenoToul sera représentée à l'AG de France génomique. @fr-genomics.bsky.social. Matthias Zytnicki y parlera pangénomique. Le programme : agfg2026.sciencesconf.org/resource/pag...
agfg2026.sciencesconf.org
Assemblée générale de l'INBS France Génomique - Sciencesconf.org
Sciencesconf.org
031
BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 19/06/2026
Bravo à Cédric et ses co-auteurs. shiny.migale.inrae.fr/app/affiliat...
shiny.migale.inrae.fr
affiliationExplorer
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BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 19/06/2026
Bravo Cédric ! 🎉
020
BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 19/06/2026
Le cycle d'apprentissage sur Jouy est terminé pour 2026, mais celui sur Toulouse propose encore des modules pour l'automne 2026. 👇
020
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 02/03/2026
📣 Afin de contribuer au développement de l'entrepôt de données #Siduri du Grand Défi #Ferments_du_Futur, nous recrutons un-e ingénieur-e développement front-end de SI (contrat 6 ans). 📖 L'offre d'emploi est visible sur jobs.inrae.fr/ot-28762 📅 Date limite de candidature : 27 mars 2026
jobs.inrae.fr
Ingénieur-e développement front-end de systèmes d’information
Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 41 membres réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché(e) administrativement à l’unité de recherche MaIAGE (https://maiage.inrae.fr/) dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale (https://migale.inrae.fr/). Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de Siduri, un portail web centralisant toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. L’interface conviviale de Siduri permettra une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage. Une première version opérationnelle de Siduri a été déployée fin 2025 (https://siduri.migale.inrae.fr).Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez en charge du développement informatique de l’interface (front-end) du portail web Siduri. Vous travaillerez en étroite collaboration avec une ingénieure de développement actuellement en poste dans l’équipe en charge du développement back-end et avec l’équipe de développement d’OpenSILEX, la solution technique INRAE sur laquelle se base Siduri. Vous travaillerez également avec l’ingénieur-e en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires et l’ingénieur-e en gestion de données qui assure l’alimentation et la curation des données dans Siduri.Vos principales activités seront : Participer au recueil des besoins utilisateurs et à la mise à jour du cahier des charges.Modéliser, concevoir et implémenter les nouvelles fonctionnalités de l’interface de Siduri.Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés.Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.Réaliser le déploiement.Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les développements en assurant le suivi des versions.Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 11/03/2026
Vous souhaitez apprendre à modéliser la structure 3D de votre protéine d’intérêt ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas 📅 28-29 mai 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
012
BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 02/03/2026
Nous recrutons ....
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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 26/02/2026
[ #Webinaire 🎥] Vous souhaitez en savoir plus et échanger autour de l’intéropérabilité des données de santé et de recherche médicale ? 📢 🔎 Rendez-vous le 20 mars prochain pour ce webinaire organisé par l’Inserm, et retrouvez l’IFB lors de différentes interventions et en tant que chairperson !
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 24/02/2026
Vous avez des données métagénomiques à analyser et vous maîtrisez linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas 📅 20-21 mai 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 24/02/2026
We are pleased to announce the publication of panREPET, a pipeline that identifies TE insertions shared by groups of individuals. By Saidi, Blaison, del Pilar Rodríguez-Ordóñez, @johannconfais.bsky.social, @hquesneville.bsky.social 📖 doi.org/10.1186/s130...
doi.org
A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
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URGI @urgi-inrae.bsky.social · 21/02/2026
Un nouvel outil disponible à l'URGI qui vient compléter la suite logicielle #REPET pour les analyses de la dynamique des éléments transposables dans les génomes.
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 22/02/2026
Vous avez des bases en R et souhaitez vous-même analyser statistiquement vos données RNAseq ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas 📅 18-19 mai 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Sophie Schbath @sophieschbath.bsky.social · 22/02/2026
⏳ Il ne reste plus que quelques jours pour s'inscrire (clôture des inscriptions le 25/02)
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Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 16/02/2026
🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇
doi.org
A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 18/02/2026
Vous avez besoin de vous former à #Linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas 📅 1er avril 2026 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 18/02/2026
Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? 👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78) 📅 30-31 mars 2026. 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 03/02/2026
Nous recrutons un administrateur.ice système et devops en CDD. Vous trouverez toutes les informations ici : jobs.inrae.fr/ot-28425.
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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 04/02/2026
📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l' @ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social . Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !
101
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GenOuest @genouest.bsky.social · 04/02/2026
Nous recrutons!! 🚀 En collaboration étroite avec l' @ifb-elixir-fr.bsky.social, nous recrutons un·e ingénieur·e devops pour travailler sur useGalaxy.fr 🇫🇷 ( @galaxyproject.bsky.social) Plus d'information et candidature sur emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U... 💥
usegalaxy.fr
Galaxy
Galaxy is a community-driven web-based analysis platform for life science research.
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 22/01/2026
Vous souhaitez apprendre à annoter et comparer vous-même vos génomes bactériens ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (19-20 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 28/01/2026
Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ? 👉 Nous vous proposons ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (24 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 30/01/2026
Besoin de vous former à l’environnement #Galaxy pour lancer vos analyses bioinformatiques sans utiliser la ligne de commande ? 👉Notre cycle de formation vous propose ce module introductif à Jouy (78) d’1 jour (25 mars 2026). 📝 Inscription et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 03/02/2026
Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes et outils d’analyse bioinfo de données NGS ? #mapping #assemblage 👉Notre cycle de formation vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (26 mars). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 28/01/2026
Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ? #Shiny Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (23 mars 2026). 📝 Inscription et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
014
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EMBO @embo.org · 17/01/2026
We mourn the passing of Peer Bork, EMBO Member since 2000: www.embl.org/news/embl-announcement…
embl.org
In remembrance of Peer Bork  | EMBL
EMBL and its community are deeply saddened by the death of Peer Bork, the organisation’s Interim Director General. 
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 20/01/2026
Besoin de manipuler vous-même votre jeu de données #RNAseq, depuis les étapes de bioinformatique à l’analyse différentielle, sans passer par la ligne de commande unix ? Ce module de 3 jours à Jouy (16-18 mars) est pour vous ! 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Recherche Data Gouv @recherchedatagouv.bsky.social · 20/01/2026
Supprimer des données de la recherche : Pourquoi ? Lesquelles ? 👉 recherche.data.gouv.fr/fr/actualite... Cette ressource est issue d’une collaboration #RechercheDataGouv entre le Centre de ressources DoRANum et le Centre de référence thématique @ifb-elixir-fr.bsky.social cc @cnrs-inist.bsky.social
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 14/01/2026
Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package #ggplot2 ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (12 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 14/01/2026
Nos prochains cycles d'apprentissage sont ouverts aux inscriptions. Les modules proposés sont les suivants : Linux, Cluster, RNASeq, Run a nextflow workflow, détection de variants, Python et analyse de données métagénomiques. Toutes les infos sont ici : bioinfo.genotoul.fr/index.php/tr...
bioinfo.genotoul.fr
Command line training - genotoul-bioinfo
The GenoToul bioinformatics platform, Sigenae and SaAB (MIAT) offers a catalog of training sessions. If you need bio-informatic training on tools which are not covered in the existing catalog please f...
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Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 13/01/2026
La liste des publications 2025 qui nous remercient est mise sur notre site web ici : vm-genoword.toulouse.inrae.fr/FAQ/about-us... Ces publications, comme les présentations orales dans lesquelles vous nous mentionnez sont des indicateurs indispensables de notre utilité. Merci de votre fidélité !
vm-genoword.toulouse.inrae.fr
2025 - Genotoul Bioinfo
This list includes publications for which the GenoToul Bioinformatics facility has been used (hardware infrastructure, Funding, or Staff members). All Sigenae's publications have used the GenoToul Bioinformatics hardware infrastructure.
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 12/01/2026
📣 Plus que deux jours pour remplir notre questionnaire de satisfaction (certification ISO 9001) si vous avez utilisé la plateforme Migale en 2025. 👉 Lien de l'enquête dans notre newsletter de décembre : documents.migale.inrae.fr/posts/news/n...
documents.migale.inrae.fr
Dans les coulisses de Migale #15 – Migale documents
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INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 12/01/2026
Notre cycle 2026 de formation "Bioinformatique par la pratique" est ouvert 🎉. 16 modules proposés de mars à juin, ouverts à tous ! 👉 Planning et inscriptions : documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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