Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 27/01/2026Dear all, here is my probably last post here... Social networks, whatever they are, or almost, did not bring me any benefits in my work and personal life compared to the investment they require... So see you ! 010
Reposted by Francois Sabotl-L_-p @d-nauseam.blacksky.app · 03/01/2026« Entre 150 millions et 400 millions de personnes vivent de ce métier peu connu, principalement en Inde ou en Afrique, […] « A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»lemonde.frA Madagascar, la précarité des petites mains de l’IAL’annotation, métier peu connu consistant à qualifier les données qui entraînent l’intelligence artificielle, est devenue une activité économique majeure pour l’île. Plusieurs dizaines de milliers de ... 11815
Reposted by Francois SabotÉditions L'Atalante @edlatalante.bsky.social · 29/12/2025Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année. 913277
Reposted by Francois SabotJohann Confais @johannconfais.bsky.social · 29/12/2025A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposondoi.org 1115
Reposted by Francois SabotDavid Monniaux @monniauxd.bsky.social · 24/12/2025à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois www.lemonde.fr/idees/articl...lemonde.frDavid Monniaux, directeur de recherche au CNRS : « Que se passerait-il si Trump ordonnait aux Gafam de cesser leurs services cloud à l’égard de nos gouvernements ? »TRIBUNE. Dans une tribune au « Monde », le chercheur souligne les dangers de la dépendance numérique européenne à l’égard des géants du Web, soumis à la législation américaine. 10221125
Reposted by Francois SabotIFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 19/12/2025🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes 152
Reposted by Francois SabotSociété Française de BioInformatique @handle.invalid · 18/12/2025📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article... 052
Reposted by Francois SabotIRD @ird-fr.bsky.social · 18/12/2025🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur ! r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6... 🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros ! 031
Reposted by Francois SabotDavid Monniaux @monniauxd.bsky.social · 17/12/2025Anne résume admirablement bien les 30 dernières années. 1104
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 16/12/2025Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT Guidelines: zenodo.org/records/1582... @ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics The European Reference #Genome Atlas 054
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 16/12/2025Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝 Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍 021
Reposted by Francois SabotAlbert Vilella, PhD. @albertvilella.bsky.social · 15/12/2025@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...doi.orgUSHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution ShiftsFoundation models pre-trained on certain biological data modalities exhibit systematic representational biases when encountering out-of-distribution (OOD) data from new assays. The embedding drift lar... 063
Reposted by Francois SabotDan Izzo @izzos.net · 12/12/2025We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic" Well we have corollary: 159102712317
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 11/12/2025Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES 3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍 031
Reposted by Francois SabotOuvrir la science @ouvrirlascience.bsky.social · 11/12/2025Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les... #donneesrecherche #entrepotdedonnées 1611
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 10/12/2025À quoi sert la #bioinformatique? 🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...youtube.comTout commence par un point | Ce que la bioinformatique apporte à la science et à la sociétéYouTube video by SIB - Swiss Institute of Bioinformatics 073
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 10/12/2025Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques. Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿 032
Reposted by Francois SabotFrance Génomique @fr-genomics.bsky.social · 09/12/2025😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag... ⏱️ Registration closes on 14 January! 002
Reposted by Francois SabotPeer Community In @peercommunityin.bsky.social · 08/12/2025PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!! statml.peercommunityin.org For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/statml.peercommunityin.orgPCI Statistics and Machine LearningPeer Community in Statistics and Machine Learning 0149
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 05/12/2025Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connectswisscore.orgConnecting Swiss bioinformatics to the EU - SwisscoreSwiss bioinformatics excellence strengthens EU research, from cancer data platforms to genomic tools for biodiversity and conservation. 041
Reposted by Francois SabotThe Conversation France @france.theconversation.com · 04/12/2025L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’annéestheconversation.comL’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’annéesL’« effet Lazare » désigne un phénomène bien plus fréquent qu’on ne le pense : la réapparition de certaines espèces, genres ou familles du vivant que l’on croyait éteintes. 062
Reposted by Francois SabotPeer Community Journal @peercomjournal.bsky.social · 04/12/2025Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graphbuff.lyGrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graphMarthe, Nina1 ; Zytnicki, Matthias2 ; Sabot, François1 1 DIADE unit, UM, Cirad, IRD, Montpellier, France 2 MIAT, INRAE, Auzeville-Tolosane, France 011
Reposted by Francois SabotNadège Guiglielmoni @nguiglielmoni.bsky.social · 04/12/2025Does obligate asexuality necessarily lead to genomic decay? We found that ancient asexual lineages of oribatid mites have static genomes, frozen in time, whereas genomes of sexual lineages seem to be expanding. 022
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025We are pleased to release today GraTools, an user firendly tools to manipulate the #pangenome variation #graph in GFA format. @ird-fr.bsky.social @cirad.bsky.social @inrae-france.bsky.social 174
Reposted by Francois SabotbioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 02/12/2025GraTools, an user-friendly tool for exploring and manipulating pangenome variation graphs www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 022
Reposted by Francois SabotManu @nobunagashi.manuelcastejon.com · 02/12/2025Vous avez déjà certainement utilisé des services bourrés de pubs pour découper un PDF, convertir une image ou supprimer l'arrière-plan d'une image. Framatoolbox vous propose une énorme boîte à outils gratuite et sans pub framatoolbox.org/abc/fr/framatoolbox.orgFramatoolboxLa boîte à outils libre et éthique 18838445
Reposted by Francois Sabotytroncal @ytroncal.bsky.social · 01/12/2025Application open source du mois : WinBoat, l’outil qui enterre les galères de Wine sous Linux goodtech.info/winboat-0-9-...goodtech.infoFini les galères de Wine ? L'outil open source WinBoat change la donne pour Windows sous LinuxPlus besoin de bricoler les DLL : WinBoat 0.9.0 virtualise Windows via des conteneurs et supporte désormais Podman et les apps UWP. Et c'est open source ! 1166
Reposted by Francois SabotRetro Computers @retrocomps.bsky.social · 01/12/2025Computer scientists believe that soon every home will be able to have their own artificial intelligence machine on their own desktops (Source.) 16512
Reposted by Francois SabotFramasoft @framasoft.org · 27/11/2025La complexité de l'affaire rend aujourd'hui extrêmement difficile de lancer un service « Framamail », bien que nous savons toute l'importance de l'adresse e-mail lorsqu'il s'agit de se dégoogliser. (Désolé, ami·es corses) 161
Reposted by Francois SabotDavid Cormand🌻🇪🇺 @davidcormand.bsky.social · 25/11/2025"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️ Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb... 1158
Reposted by Francois SabotFramasoft @framasoft.org · 25/11/2025🗓️ Framadate fait peau neuve ! Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir. Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱 Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f... 1127
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 25/11/2025With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely hal.science/hal-05357866/ @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu 042
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 25/11/2025Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...onlinelibrary.wiley.comVariant Calling in the Goldilocks Zone: How Reference Genome Choice and Read Mapping Stringency Impact Heterozygosity Estimates and Phylogenetic AnalysesThe increasing numbers of published reference genomes and affordability of whole genome resequencing have enabled multispecies population genomic and phylogenomic studies on non-model organisms, but .... 184
Reposted by Francois SabotEarth BioGenome Project 🌍 @ebpgenome.bsky.social · 24/11/2025Real conservation action, guided by genomes! @ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social Why go beyond the reference genome? Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍 Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity. 13813
Reposted by Francois SabotPierre Peterlongo @pierrepeterlongo.bsky.social · 21/11/2025Good Friday Evening news: we updated back_to_sequences (find the origin of kmers) - Faster - Can consider multiline fasta files - Much easier installation: see github.com/pierrepeterl... 041
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 21/11/2025Ce matin, à Port Louis discours du PR & inauguration du site de l'ambassade FR. Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique 011
Reposted by Francois SabotHumanit'Elles @humanitelles.bsky.social · 19/11/2025L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques www.radiofrance.fr/franceinter/...radiofrance.frL'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiquesCes femmes qui ont créé, qui ont inventé, qui ont découvert, mais qui ont été effacés de l’Histoire par leurs collègues homme, c'est ça l'effet Matilda. L’astrophysicienne Isabelle Vauglin a dirigé la... 215978
Reposted by Francois SabotSociété Française de BioInformatique @handle.invalid · 19/11/2025📌 Appel à propositions pour les mini-#symposia à #JOBIM2026 📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26 ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle 157
Reposted by Francois SabotThomas Lenormand @thomaslenormand.bsky.social · 18/11/2025Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol. Détails ici: emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U... Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable. candidature jusqu'au 29/11 N’hésitez pas à diffuser largementemploi.cnrs.fr Portail Emploi CNRS - Offre d'emploi - Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F) 0314
Reposted by Francois SabotEtienne Bucher 🌾🧬🇪🇺 @plantepigenetics.ch · 16/11/2025I have been elected as member of the Scientific Council of INRAE! @inrae-france.bsky.social I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬 www.inrae.fr/nous-connait...inrae.frConseil scientifiqueLe conseil scientifique d'INRAE est constitué le 9 novembre 2025 pour un mandat de 5 ans. 3424
Reposted by Francois Sabot-Boulet- @bouletcorp.bsky.social · 15/11/2025Je déclare ouverte ma liste personnelle de one-panel-comics préférés. Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson. 41980286
Reposted by Francois Sabot-Boulet- @bouletcorp.bsky.social · 15/11/2025Un classique parmi les classique: Duty calls, par @xkcd.com 249721
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 13/11/2025#IARACU ⛴️ Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs. À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...m6.frLe 1245 - Le 1245 du 11/11/2025 - M6+Voir votre programme Le 1245 sur M6+ 021
Reposted by Francois SabotLaLIST | CNRS-INIST @inistlalist.bsky.social · 12/11/2025Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025lalist.inist.frRenforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025« Le 11 décembre, l’Agence nationale de la recherche (ANR) et Science Europe vous invitent à assister à la conférence internationale « Strengthening Public Trust in Science – Analysing the ch… 033
Reposted by Francois SabotCamille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 12/11/2025Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...bioengineer.orgPortable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger PersonalPortable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the 2169
Reposted by Francois SabotCamille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 08/11/2025Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D 041
Reposted by Francois SabotEric Lagadec @ericlagadec.bsky.social · 31/10/2025Voici une image du soleil obtenue en 2014 par la sonde Solar Dynamics Observatory. Et oui, le soleil aussi aime se préparer pour Halloween ! 334261