Sign in

Francois Sabot

@francoissabot.bsky.social
435 followers 519 following 668 posts

Scientist, biologist, #evolution and #pangenomics, #bioinformatics, #AI and #OpenScience @ird_fr - and a little bit a #geek too mastodon: @francois_sabot@genomic.social

PostsRepliesMedia
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 27/01/2026
Dear all, here is my probably last post here... Social networks, whatever they are, or almost, did not bring me any benefits in my work and personal life compared to the investment they require... So see you !
010
Reposted by Francois Sabot
l-L_-p @d-nauseam.blacksky.app · 03/01/2026
« Entre 150 millions et 400 millions de personnes vivent de ce métier peu connu, principalement en Inde ou en Afrique, […] « A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»
lemonde.fr
A Madagascar, la précarité des petites mains de l’IA
L’annotation, métier peu connu consistant à qualifier les données qui entraînent l’intelligence artificielle, est devenue une activité économique majeure pour l’île. Plusieurs dizaines de milliers de ...
11815
Reposted by Francois Sabot
Éditions L'Atalante @edlatalante.bsky.social · 29/12/2025
Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année.
913277
Reposted by Francois Sabot
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 29/12/2025
A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposon
doi.org
1115
Reposted by Francois Sabot
David Monniaux @monniauxd.bsky.social · 24/12/2025
à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois www.lemonde.fr/idees/articl...
lemonde.fr
David Monniaux, directeur de recherche au CNRS : « Que se passerait-il si Trump ordonnait aux Gafam de cesser leurs services cloud à l’égard de nos gouvernements ? »
TRIBUNE. Dans une tribune au « Monde », le chercheur souligne les dangers de la dépendance numérique européenne à l’égard des géants du Web, soumis à la législation américaine.
10221125
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 19/12/2025
@ird-fr.bsky.social
010
Reposted by Francois Sabot
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 19/12/2025
🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes
152
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 19/12/2025
@ird-fr.bsky.social
021
Reposted by Francois Sabot
Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 18/12/2025
📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...
Photo de groupe lors des RABIAS
052
Reposted by Francois Sabot
IRD @ird-fr.bsky.social · 18/12/2025
🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur ! r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6... 🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros !
031
Reposted by Francois Sabot
David Monniaux @monniauxd.bsky.social · 17/12/2025
Anne résume admirablement bien les 30 dernières années.
1104
Reposted by Francois Sabot
Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 16/12/2025
Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT Guidelines: zenodo.org/records/1582... @ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics The European Reference #Genome Atlas
054
Reposted by Francois Sabot
Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 16/12/2025
Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝 Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍
021
Reposted by Francois Sabot
Albert Vilella, PhD. @albertvilella.bsky.social · 15/12/2025
@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...
doi.org
USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts
Foundation models pre-trained on certain biological data modalities exhibit systematic representational biases when encountering out-of-distribution (OOD) data from new assays. The embedding drift lar...
063
Reposted by Francois Sabot
Dan Izzo @izzos.net · 12/12/2025
We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic" Well we have corollary:
Image of Shax from Star Trek Lower Decks with the words "Sufficiently advanced incompetence is indistinguishable from malice"
159102712317
Reposted by Francois Sabot
Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 11/12/2025
Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES 3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍
031
Reposted by Francois Sabot
Ouvrir la science @ouvrirlascience.bsky.social · 11/12/2025
Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les... #donneesrecherche #entrepotdedonnées
Couverture du guide pour le partage des données liées aux publications scientifiques et annonce de la mise à jour 2025
1611
Reposted by Francois Sabot
Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 10/12/2025
À quoi sert la #bioinformatique? 🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...
youtube.com
Tout commence par un point | Ce que la bioinformatique apporte à la science et à la société
YouTube video by SIB - Swiss Institute of Bioinformatics
073
Reposted by Francois Sabot
Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 10/12/2025
Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques. Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿
© Inria / Photo B. Fourrier
© Inria / Photo B. Fourrier
© Inria / Photo B. Fourrier
032
Reposted by Francois Sabot
France Génomique @fr-genomics.bsky.social · 09/12/2025
😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag... ⏱️ Registration closes on 14 January!
002
Reposted by Francois Sabot
Peer Community In @peercommunityin.bsky.social · 08/12/2025
PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!! statml.peercommunityin.org For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/
statml.peercommunityin.org
PCI Statistics and Machine Learning
Peer Community in Statistics and Machine Learning
0149
Reposted by Francois Sabot
Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 05/12/2025
Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connect
swisscore.org
Connecting Swiss bioinformatics to the EU - Swisscore
Swiss bioinformatics excellence strengthens EU research, from cancer data platforms to genomic tools for biodiversity and conservation.
041
Reposted by Francois Sabot
The Conversation France @france.theconversation.com · 04/12/2025
L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
theconversation.com
L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
L’« effet Lazare » désigne un phénomène bien plus fréquent qu’on ne le pense : la réapparition de certaines espèces, genres ou familles du vivant que l’on croyait éteintes.
062
Reposted by Francois Sabot
Peer Community Journal @peercomjournal.bsky.social · 04/12/2025
Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
buff.ly
GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
Marthe, Nina1  ; Zytnicki, Matthias2 ; Sabot, François1 1 DIADE unit, UM, Cirad, IRD, Montpellier, France 2 MIAT, INRAE, Auzeville-Tolosane, France
011
Reposted by Francois Sabot
Nadège Guiglielmoni @nguiglielmoni.bsky.social · 04/12/2025
Does obligate asexuality necessarily lead to genomic decay? We found that ancient asexual lineages of oribatid mites have static genomes, frozen in time, whereas genomes of sexual lineages seem to be expanding.
022
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
We are pleased to release today GraTools, an user firendly tools to manipulate the #pangenome variation #graph in GFA format. @ird-fr.bsky.social @cirad.bsky.social @inrae-france.bsky.social
Example of statistics obtained using the stats command on the NewRiceGraph MGC.gfa.gz graph: gratools stats -g NewRiceGraph MGC.gfa.gz
A nice tabular format in rendered in the terminal, with path names, number of nodes, size, etc...
174
Reposted by Francois Sabot
bioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 02/12/2025
GraTools, an user-friendly tool for exploring and manipulating pangenome variation graphs www.biorxiv.org/content/10.64898/20…
022
Reposted by Francois Sabot
Manu @nobunagashi.manuelcastejon.com · 02/12/2025
Vous avez déjà certainement utilisé des services bourrés de pubs pour découper un PDF, convertir une image ou supprimer l'arrière-plan d'une image. Framatoolbox vous propose une énorme boîte à outils gratuite et sans pub framatoolbox.org/abc/fr/
framatoolbox.org
Framatoolbox
La boîte à outils libre et éthique
18838445
Reposted by Francois Sabot
ytroncal @ytroncal.bsky.social · 01/12/2025
Application open source du mois : WinBoat, l’outil qui enterre les galères de Wine sous Linux goodtech.info/winboat-0-9-...
goodtech.info
Fini les galères de Wine ? L'outil open source WinBoat change la donne pour Windows sous Linux
Plus besoin de bricoler les DLL : WinBoat 0.9.0 virtualise Windows via des conteneurs et supporte désormais Podman et les apps UWP. Et c'est open source !
1166
Reposted by Francois Sabot
Retro Computers @retrocomps.bsky.social · 01/12/2025
Computer scientists believe that soon every home will be able to have their own artificial intelligence machine on their own desktops (Source.)
A book that reads in block sans serif font, "ARTIFICIAL INTELLIGENCE PROJECTS FOR THE COMMODORE 64." The text is red, switching to gold for the words 'Commodore 64'. Cover bottom, a Commodore 64 - a light brown all-in-one microcomputer with dark brown keys - appears. In the center, a gold PCB in the shape of a human head radiates gold wires in the way wires might radiate from a chip, creating the silhouette of a head; in the center and neck of the head-shaped PCB, chips appear.
16512
Reposted by Francois Sabot
Framasoft @framasoft.org · 27/11/2025
La complexité de l'affaire rend aujourd'hui extrêmement difficile de lancer un service « Framamail », bien que nous savons toute l'importance de l'adresse e-mail lorsqu'il s'agit de se dégoogliser. (Désolé, ami·es corses)
Carte style « Asterix » de la campagne Dégooglisons 2016, avec Gmail sur la corse
161
Reposted by Francois Sabot
David Cormand🌻🇪🇺 @davidcormand.bsky.social · 25/11/2025
"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️ Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb...
1158
Reposted by Francois Sabot
Framasoft @framasoft.org · 25/11/2025
🗓️ Framadate fait peau neuve ! Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir. Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱 Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f...
1127
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 25/11/2025
With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely hal.science/hal-05357866/ @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu
A possible pipeline for the uses of a pangenome graph. This pipeline can be
roughly divided into three main sections (on the right): build a graph, using it, and adding
reads. A first pangenome graph is created, usually with almost complete haplotype as-
semblies. Since graph creating methods vary, and may be fraught with errors (unaligned
regions, broken paths), assessing the quality of a graph is useful (this can be applied after
each subsequent step). Similarly, it is also crucial to be able to visualize the graph, espe-
cially on particular loci of interest (can also be done throughout the pipe-line). The graph
can be augmented with additional data increasing allele counts, including known con-
tig alignment or read mapping. Several augmentation iterations, with different types of
data, can be considered. Since most analyses focus on genes and transposable elements,
it is usually useful to add an annotation (available on one or several reference genomes),
which projected to the graph. This graph, possibly extended with new variants and an-
notation, should be then shared with the community, following FAIR practices. Most
analyses then focus on graphs with only one species, and the graph can be analyzed in
order to find regions of interest. However, dual pangenomics, which studies the joint
diversities of two species, can be envisioned. More generally, many species can also be
modeled, for instance in the case of meta-genomics. Low coverage sequencing data of
individuals can be compared or aligned to the graph in order to produce large genotyp-
ing sets enabling population genetics studies (i.e. coalescence, association). Other omics
(e.g. RNA-Seq, ChIP-Seq, Hi-C, LC-MS, BS-Seq etc.) data can be added to the graph, and
potentially aggregated to multi-omic layers.
042
Reposted by Francois Sabot
Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 25/11/2025
Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
onlinelibrary.wiley.com
Variant Calling in the Goldilocks Zone: How Reference Genome Choice and Read Mapping Stringency Impact Heterozygosity Estimates and Phylogenetic Analyses
The increasing numbers of published reference genomes and affordability of whole genome resequencing have enabled multispecies population genomic and phylogenomic studies on non-model organisms, but ....
184
Reposted by Francois Sabot
Earth BioGenome Project 🌍 @ebpgenome.bsky.social · 24/11/2025
Real conservation action, guided by genomes! @ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social Why go beyond the reference genome? Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍 Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity.
13813
Reposted by Francois Sabot
Pierre Peterlongo @pierrepeterlongo.bsky.social · 21/11/2025
Good Friday Evening news: we updated back_to_sequences (find the origin of kmers) - Faster - Can consider multiline fasta files - Much easier installation: see github.com/pierrepeterl...
041
Reposted by Francois Sabot
Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 21/11/2025
Ce matin, à Port Louis discours du PR & inauguration du site de l'ambassade FR. Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique
011
Reposted by Francois Sabot
Humanit'Elles @humanitelles.bsky.social · 19/11/2025
L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques www.radiofrance.fr/franceinter/...
radiofrance.fr
L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques
Ces femmes qui ont créé, qui ont inventé, qui ont découvert, mais qui ont été effacés de l’Histoire par leurs collègues homme, c'est ça l'effet Matilda. L’astrophysicienne Isabelle Vauglin a dirigé la...
215978
Reposted by Francois Sabot
Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 19/11/2025
📌 Appel à propositions pour les mini-#symposia à #JOBIM2026 📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26 ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle
157
Reposted by Francois Sabot
Thomas Lenormand @thomaslenormand.bsky.social · 18/11/2025
Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol. Détails ici: emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U... Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable. candidature jusqu'au 29/11 N’hésitez pas à diffuser largement
emploi.cnrs.fr
Portail Emploi CNRS - Offre d'emploi - Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)
0314
Reposted by Francois Sabot
Etienne Bucher 🌾🧬🇪🇺 @plantepigenetics.ch · 16/11/2025
I have been elected as member of the Scientific Council of INRAE! @inrae-france.bsky.social I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬 www.inrae.fr/nous-connait...
inrae.fr
Conseil scientifique
Le conseil scientifique d'INRAE est constitué le 9 novembre 2025 pour un mandat de 5 ans.
3424
Reposted by Francois Sabot
-Boulet- @bouletcorp.bsky.social · 15/11/2025
Je déclare ouverte ma liste personnelle de one-panel-comics préférés. Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson.
Une vache à l'air sérieux se tient debout devant une table sur laquelle sont posés des outils grossiers. Il y a une ferme en arrière-plan.
La légende dit juste: "Cow tools".
41980286
Reposted by Francois Sabot
-Boulet- @bouletcorp.bsky.social · 15/11/2025
Un classique parmi les classique: Duty calls, par @xkcd.com
Un personnage est assis à son ordinateur. Une voix off demande: "Tu viens au lit ?", il répond: "Je ne peux pas, c'est important", la voix continue: "Quoi ?", et le personnage: "Quelqu'un a TORT sur Internet".
249721
Reposted by Francois Sabot
Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 13/11/2025
#IARACU ⛴️ Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs. À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...
m6.fr
Le 1245 - Le 1245 du 11/11/2025 - M6+
Voir votre programme Le 1245 sur M6+
021
Reposted by Francois Sabot
LaLIST | CNRS-INIST @inistlalist.bsky.social · 12/11/2025
Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025
lalist.inist.fr
Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025
« Le 11 décembre, l’Agence nationale de la recherche (ANR) et Science Europe vous invitent à assister à la conférence internationale « Strengthening Public Trust in Science – Analysing the ch…
033
Reposted by Francois Sabot
Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 12/11/2025
Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
bioengineer.org
Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal
Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the
2169
Reposted by Francois Sabot
Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 08/11/2025
Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D
041
Reposted by Francois Sabot
Eric Lagadec @ericlagadec.bsky.social · 31/10/2025
Voici une image du soleil obtenue en 2014 par la sonde Solar Dynamics Observatory. Et oui, le soleil aussi aime se préparer pour Halloween !
Soleil
334261