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Francois Sabot

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Scientist, biologist, #evolution and #pangenomics, #bioinformatics, #AI and #OpenScience @ird_fr - and a little bit a #geek too mastodon: @francois_sabot@genomic.social

PostsRepliesMedia
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 27/01/2026
Dear all, here is my probably last post here... Social networks, whatever they are, or almost, did not bring me any benefits in my work and personal life compared to the investment they require... So see you !
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l-L_-p @d-nauseam.blacksky.app · 03/01/2026
« Entre 150 millions et 400 millions de personnes vivent de ce métier peu connu, principalement en Inde ou en Afrique, […] « A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»
lemonde.fr
A Madagascar, la précarité des petites mains de l’IA
L’annotation, métier peu connu consistant à qualifier les données qui entraînent l’intelligence artificielle, est devenue une activité économique majeure pour l’île. Plusieurs dizaines de milliers de ...
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Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 01/01/2026
Aux US Trump a été élu sur la vision américaine des années 50 60... saytaimieuavent
000
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Éditions L'Atalante @edlatalante.bsky.social · 29/12/2025
Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année.
813277
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Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 29/12/2025
A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposon
doi.org
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David Monniaux @monniauxd.bsky.social · 24/12/2025
à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois www.lemonde.fr/idees/articl...
lemonde.fr
David Monniaux, directeur de recherche au CNRS : « Que se passerait-il si Trump ordonnait aux Gafam de cesser leurs services cloud à l’égard de nos gouvernements ? »
TRIBUNE. Dans une tribune au « Monde », le chercheur souligne les dangers de la dépendance numérique européenne à l’égard des géants du Web, soumis à la législation américaine.
10221125
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 24/12/2025
Oui pas faux... il y a moult années en ma terminale on parlait déjà de la structure des livres Harlequin, très réglementés
110
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 24/12/2025
Oui dans un contexte de recherche et sur un texte somme toute court. Sur un document long, comme un livre, un roman, il manque du contexte hors livre pour avoir une traduction efficace. Regarde les traductions du Disque Monde faites par Patrice Couton, DeepL en est incapable
230
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 20/12/2025
Punaise on en est encore là...
000
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 20/12/2025
Ils n'ont pas compris le principe des articles ou quoi ?
100
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 19/12/2025
@ird-fr.bsky.social
010
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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 19/12/2025
🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes
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Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 19/12/2025
@ird-fr.bsky.social
021
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Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 18/12/2025
📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...
Photo de groupe lors des RABIAS
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IRD @ird-fr.bsky.social · 18/12/2025
🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur ! r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6... 🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros !
031
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David Monniaux @monniauxd.bsky.social · 17/12/2025
Anne résume admirablement bien les 30 dernières années.
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Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 16/12/2025
Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT Guidelines: zenodo.org/records/1582... @ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics The European Reference #Genome Atlas
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Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 16/12/2025
Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝 Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍
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Albert Vilella, PhD. @albertvilella.bsky.social · 15/12/2025
@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...
doi.org
USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts
Foundation models pre-trained on certain biological data modalities exhibit systematic representational biases when encountering out-of-distribution (OOD) data from new assays. The embedding drift lar...
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Dan Izzo @izzos.net · 12/12/2025
We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic" Well we have corollary:
Image of Shax from Star Trek Lower Decks with the words "Sufficiently advanced incompetence is indistinguishable from malice"
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Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 11/12/2025
Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES 3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍
031
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Ouvrir la science @ouvrirlascience.bsky.social · 11/12/2025
Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les... #donneesrecherche #entrepotdedonnées
Couverture du guide pour le partage des données liées aux publications scientifiques et annonce de la mise à jour 2025
1611
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Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 10/12/2025
À quoi sert la #bioinformatique? 🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...
youtube.com
Tout commence par un point | Ce que la bioinformatique apporte à la science et à la société
YouTube video by SIB - Swiss Institute of Bioinformatics
073
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 10/12/2025
Done et lu dans les 15 derniers jours. Très bien écrit et une vision très humaniste in fine de la Mort
120
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Valérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 10/12/2025
Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques. Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿
© Inria / Photo B. Fourrier
© Inria / Photo B. Fourrier
© Inria / Photo B. Fourrier
032
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France Génomique @fr-genomics.bsky.social · 09/12/2025
😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag... ⏱️ Registration closes on 14 January!
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Peer Community In @peercommunityin.bsky.social · 08/12/2025
PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!! statml.peercommunityin.org For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/
statml.peercommunityin.org
PCI Statistics and Machine Learning
Peer Community in Statistics and Machine Learning
0149
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Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 05/12/2025
Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connect
swisscore.org
Connecting Swiss bioinformatics to the EU - Swisscore
Swiss bioinformatics excellence strengthens EU research, from cancer data platforms to genomic tools for biodiversity and conservation.
041
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The Conversation France @france.theconversation.com · 04/12/2025
L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
theconversation.com
L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
L’« effet Lazare » désigne un phénomène bien plus fréquent qu’on ne le pense : la réapparition de certaines espèces, genres ou familles du vivant que l’on croyait éteintes.
062
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Peer Community Journal @peercomjournal.bsky.social · 04/12/2025
Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
buff.ly
GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
Marthe, Nina1  ; Zytnicki, Matthias2 ; Sabot, François1 1 DIADE unit, UM, Cirad, IRD, Montpellier, France 2 MIAT, INRAE, Auzeville-Tolosane, France
011
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Nadège Guiglielmoni @nguiglielmoni.bsky.social · 04/12/2025
Does obligate asexuality necessarily lead to genomic decay? We found that ancient asexual lineages of oribatid mites have static genomes, frozen in time, whereas genomes of sexual lineages seem to be expanding.
022
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
En post apo y'a plus sympa comme Metro
000
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
Pas le plus fan des livres...
100
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
In conclusion, GraTools is a powerful too for a one-tool manipulation of GFA pangenome variation graphs! It is a member of the GraSuite, feel free to discover ! forge.ird.fr/diade/GraSuite
The GraSuite Logo a suite and a tie showing a graph, with a double strand DNA symbolized on the right
111
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
You can also extract nodes and paths shared ONLY by a subset of embedded individuals, to chek differences between groups for instance
Venn diagram representing the indica and japonica subspecies specific nodes in the Asian Rice graph from Marthe et al, 2025, computed using specific groups samples. For each subspecies (purple for the indica, and orange for the japonica), we indicates the sum in bp of the total nodes (specific or shared).
110
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
Subgraph extraction, based on these coordinates (from your favorite locus in your favorite sample, for instance), can be then put into Bandage
Bandage representation of the Sub1 locus in Asian rice graph from [32].The 3 genes of the locus, namely Sub1C, Sub 1B and Sub1A are depicted in yellow, green and red, respectively on the graph structure
100
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
It is structured around a few key classes and features that interact, after converting the graph in BED+ BAM. It allows to interrogate it based on genomic coordinates from *ANY* embedded genome
Overview of GraTools. The central Gratools class coordinates the interactions with three
core classes: GFA, GratoolsBam, and SubGraph. The functionalities and commands are organized into
four categories: GFA indexing (index), content information (stats, list samples, list chr),
data extraction (extract sub graph, get fasta), and content analysis (core dispensable ratio,
depth nodes stat, specific groups sample, get segments by depth). The GFA files serve as input,
and outputs are provided in BED, BAM, FASTA, GFA and CSV formats, enabling a comprehensive
analysis of pangenome variation graphs.
110
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
This tool, available as a GNU GPLv3 one, is available here gratools.readthedocs.io/en/latest/ It can extract stats, subgraphs, fasta, count specific nodes and identify specific paths, in an easy and visual way
Screen shot of the readthedocs page saying " GraTools offered a set of commands for analyzing and handling pangenome graphs quickly, whatever the model and therefore the size and the complexity of the GFA file.

For example, GraTools allows to extract sequences or subgraphs, convert graphs into FASTA sequences, and identify shared and specific nodes across samples. Additionally, it provides essential statistics for chromosomes and samples data. With multi-threading support and flexible logging capabilities, GraTools is an efficient solution for pangenome graph analysis.

GraTools has been developed by IRD and CIRAD, as part of a collaboration between the PANEEC/DIADE and PHIM research teams."
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Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025
We are pleased to release today GraTools, an user firendly tools to manipulate the #pangenome variation #graph in GFA format. @ird-fr.bsky.social @cirad.bsky.social @inrae-france.bsky.social
Example of statistics obtained using the stats command on the NewRiceGraph MGC.gfa.gz graph: gratools stats -g NewRiceGraph MGC.gfa.gz
A nice tabular format in rendered in the terminal, with path names, number of nodes, size, etc...
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bioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 02/12/2025
GraTools, an user-friendly tool for exploring and manipulating pangenome variation graphs www.biorxiv.org/content/10.64898/20…
022
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Manu @manuelcastejon.com · 02/12/2025
Vous avez déjà certainement utilisé des services bourrés de pubs pour découper un PDF, convertir une image ou supprimer l'arrière-plan d'une image. Framatoolbox vous propose une énorme boîte à outils gratuite et sans pub framatoolbox.org/abc/fr/
framatoolbox.org
Framatoolbox
La boîte à outils libre et éthique
18838444
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ytroncal @ytroncal.bsky.social · 01/12/2025
Application open source du mois : WinBoat, l’outil qui enterre les galères de Wine sous Linux goodtech.info/winboat-0-9-...
goodtech.info
Fini les galères de Wine ? L'outil open source WinBoat change la donne pour Windows sous Linux
Plus besoin de bricoler les DLL : WinBoat 0.9.0 virtualise Windows via des conteneurs et supporte désormais Podman et les apps UWP. Et c'est open source !
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Retro Computers @retrocomps.bsky.social · 01/12/2025
Computer scientists believe that soon every home will be able to have their own artificial intelligence machine on their own desktops (Source.)
A book that reads in block sans serif font, "ARTIFICIAL INTELLIGENCE PROJECTS FOR THE COMMODORE 64." The text is red, switching to gold for the words 'Commodore 64'. Cover bottom, a Commodore 64 - a light brown all-in-one microcomputer with dark brown keys - appears. In the center, a gold PCB in the shape of a human head radiates gold wires in the way wires might radiate from a chip, creating the silhouette of a head; in the center and neck of the head-shaped PCB, chips appear.
16512
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Framasoft @framasoft.org · 27/11/2025
La complexité de l'affaire rend aujourd'hui extrêmement difficile de lancer un service « Framamail », bien que nous savons toute l'importance de l'adresse e-mail lorsqu'il s'agit de se dégoogliser. (Désolé, ami·es corses)
Carte style « Asterix » de la campagne Dégooglisons 2016, avec Gmail sur la corse
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David Cormand🌻🇪🇺 @davidcormand.bsky.social · 25/11/2025
"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️ Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb...
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Framasoft @framasoft.org · 25/11/2025
🗓️ Framadate fait peau neuve ! Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir. Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱 Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f...
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Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 25/11/2025
With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely hal.science/hal-05357866/ @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu
A possible pipeline for the uses of a pangenome graph. This pipeline can be
roughly divided into three main sections (on the right): build a graph, using it, and adding
reads. A first pangenome graph is created, usually with almost complete haplotype as-
semblies. Since graph creating methods vary, and may be fraught with errors (unaligned
regions, broken paths), assessing the quality of a graph is useful (this can be applied after
each subsequent step). Similarly, it is also crucial to be able to visualize the graph, espe-
cially on particular loci of interest (can also be done throughout the pipe-line). The graph
can be augmented with additional data increasing allele counts, including known con-
tig alignment or read mapping. Several augmentation iterations, with different types of
data, can be considered. Since most analyses focus on genes and transposable elements,
it is usually useful to add an annotation (available on one or several reference genomes),
which projected to the graph. This graph, possibly extended with new variants and an-
notation, should be then shared with the community, following FAIR practices. Most
analyses then focus on graphs with only one species, and the graph can be analyzed in
order to find regions of interest. However, dual pangenomics, which studies the joint
diversities of two species, can be envisioned. More generally, many species can also be
modeled, for instance in the case of meta-genomics. Low coverage sequencing data of
individuals can be compared or aligned to the graph in order to produce large genotyp-
ing sets enabling population genetics studies (i.e. coalescence, association). Other omics
(e.g. RNA-Seq, ChIP-Seq, Hi-C, LC-MS, BS-Seq etc.) data can be added to the graph, and
potentially aggregated to multi-omic layers.
042
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 25/11/2025
To obtain a clear, non-biased view of #biodiversity, a #pangenome approach is mandatory...
010
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Rob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 25/11/2025
Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
onlinelibrary.wiley.com
Variant Calling in the Goldilocks Zone: How Reference Genome Choice and Read Mapping Stringency Impact Heterozygosity Estimates and Phylogenetic Analyses
The increasing numbers of published reference genomes and affordability of whole genome resequencing have enabled multispecies population genomic and phylogenomic studies on non-model organisms, but ....
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