Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 27/01/2026Dear all, here is my probably last post here... Social networks, whatever they are, or almost, did not bring me any benefits in my work and personal life compared to the investment they require... So see you ! 010
Reposted by Francois Sabotl-L_-p @d-nauseam.blacksky.app · 03/01/2026« Entre 150 millions et 400 millions de personnes vivent de ce métier peu connu, principalement en Inde ou en Afrique, […] « A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»lemonde.frA Madagascar, la précarité des petites mains de l’IAL’annotation, métier peu connu consistant à qualifier les données qui entraînent l’intelligence artificielle, est devenue une activité économique majeure pour l’île. Plusieurs dizaines de milliers de ... 11715
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 01/01/2026Aux US Trump a été élu sur la vision américaine des années 50 60... saytaimieuavent 000
Reposted by Francois SabotÉditions L'Atalante @edlatalante.bsky.social · 29/12/2025Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année. 813277
Reposted by Francois SabotJohann Confais @johannconfais.bsky.social · 29/12/2025A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation. #TEsky #transposondoi.org 1115
Reposted by Francois SabotDavid Monniaux @monniauxd.bsky.social · 24/12/2025à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois www.lemonde.fr/idees/articl...lemonde.frDavid Monniaux, directeur de recherche au CNRS : « Que se passerait-il si Trump ordonnait aux Gafam de cesser leurs services cloud à l’égard de nos gouvernements ? »TRIBUNE. Dans une tribune au « Monde », le chercheur souligne les dangers de la dépendance numérique européenne à l’égard des géants du Web, soumis à la législation américaine. 10221125
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 24/12/2025Oui pas faux... il y a moult années en ma terminale on parlait déjà de la structure des livres Harlequin, très réglementés 110
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 24/12/2025Oui dans un contexte de recherche et sur un texte somme toute court. Sur un document long, comme un livre, un roman, il manque du contexte hors livre pour avoir une traduction efficace. Regarde les traductions du Disque Monde faites par Patrice Couton, DeepL en est incapable 230
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 20/12/2025Ils n'ont pas compris le principe des articles ou quoi ? 100
Reposted by Francois SabotIFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 19/12/2025🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes 152
Reposted by Francois SabotSociété Française de BioInformatique @handle.invalid · 18/12/2025📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article... 052
Reposted by Francois SabotIRD @ird-fr.bsky.social · 18/12/2025🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur ! r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6... 🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros ! 031
Reposted by Francois SabotDavid Monniaux @monniauxd.bsky.social · 17/12/2025Anne résume admirablement bien les 30 dernières années. 1104
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 16/12/2025Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT Guidelines: zenodo.org/records/1582... @ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics The European Reference #Genome Atlas 054
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 16/12/2025Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝 Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍 021
Reposted by Francois SabotAlbert Vilella, PhD. @albertvilella.bsky.social · 15/12/2025@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...doi.orgUSHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution ShiftsFoundation models pre-trained on certain biological data modalities exhibit systematic representational biases when encountering out-of-distribution (OOD) data from new assays. The embedding drift lar... 063
Reposted by Francois SabotDan Izzo @izzos.net · 12/12/2025We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic" Well we have corollary: 159102702318
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 11/12/2025Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES 3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍 031
Reposted by Francois SabotOuvrir la science @ouvrirlascience.bsky.social · 11/12/2025Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les... #donneesrecherche #entrepotdedonnées 1611
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 10/12/2025À quoi sert la #bioinformatique? 🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...youtube.comTout commence par un point | Ce que la bioinformatique apporte à la science et à la sociétéYouTube video by SIB - Swiss Institute of Bioinformatics 073
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 10/12/2025Done et lu dans les 15 derniers jours. Très bien écrit et une vision très humaniste in fine de la Mort 120
Reposted by Francois SabotValérie Verdier @valerieverdier.bsky.social · 10/12/2025Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques. Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿 032
Reposted by Francois SabotFrance Génomique @fr-genomics.bsky.social · 09/12/2025😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag... ⏱️ Registration closes on 14 January! 002
Reposted by Francois SabotPeer Community In @peercommunityin.bsky.social · 08/12/2025PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!! statml.peercommunityin.org For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/statml.peercommunityin.orgPCI Statistics and Machine LearningPeer Community in Statistics and Machine Learning 0149
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 05/12/2025Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connectswisscore.orgConnecting Swiss bioinformatics to the EU - SwisscoreSwiss bioinformatics excellence strengthens EU research, from cancer data platforms to genomic tools for biodiversity and conservation. 041
Reposted by Francois SabotThe Conversation France @france.theconversation.com · 04/12/2025L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’annéestheconversation.comL’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’annéesL’« effet Lazare » désigne un phénomène bien plus fréquent qu’on ne le pense : la réapparition de certaines espèces, genres ou familles du vivant que l’on croyait éteintes. 062
Reposted by Francois SabotPeer Community Journal @peercomjournal.bsky.social · 04/12/2025Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graphbuff.lyGrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graphMarthe, Nina1 ; Zytnicki, Matthias2 ; Sabot, François1 1 DIADE unit, UM, Cirad, IRD, Montpellier, France 2 MIAT, INRAE, Auzeville-Tolosane, France 011
Reposted by Francois SabotNadège Guiglielmoni @nguiglielmoni.bsky.social · 04/12/2025Does obligate asexuality necessarily lead to genomic decay? We found that ancient asexual lineages of oribatid mites have static genomes, frozen in time, whereas genomes of sexual lineages seem to be expanding. 022
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025In conclusion, GraTools is a powerful too for a one-tool manipulation of GFA pangenome variation graphs! It is a member of the GraSuite, feel free to discover ! forge.ird.fr/diade/GraSuite 111
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025You can also extract nodes and paths shared ONLY by a subset of embedded individuals, to chek differences between groups for instance 110
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025Subgraph extraction, based on these coordinates (from your favorite locus in your favorite sample, for instance), can be then put into Bandage 100
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025It is structured around a few key classes and features that interact, after converting the graph in BED+ BAM. It allows to interrogate it based on genomic coordinates from *ANY* embedded genome 110
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025This tool, available as a GNU GPLv3 one, is available here gratools.readthedocs.io/en/latest/ It can extract stats, subgraphs, fasta, count specific nodes and identify specific paths, in an easy and visual way 152
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 03/12/2025We are pleased to release today GraTools, an user firendly tools to manipulate the #pangenome variation #graph in GFA format. @ird-fr.bsky.social @cirad.bsky.social @inrae-france.bsky.social 174
Reposted by Francois SabotbioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 02/12/2025GraTools, an user-friendly tool for exploring and manipulating pangenome variation graphs www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 022
Reposted by Francois SabotManu @manuelcastejon.com · 02/12/2025Vous avez déjà certainement utilisé des services bourrés de pubs pour découper un PDF, convertir une image ou supprimer l'arrière-plan d'une image. Framatoolbox vous propose une énorme boîte à outils gratuite et sans pub framatoolbox.org/abc/fr/framatoolbox.orgFramatoolboxLa boîte à outils libre et éthique 18838444
Reposted by Francois Sabotytroncal @ytroncal.bsky.social · 01/12/2025Application open source du mois : WinBoat, l’outil qui enterre les galères de Wine sous Linux goodtech.info/winboat-0-9-...goodtech.infoFini les galères de Wine ? L'outil open source WinBoat change la donne pour Windows sous LinuxPlus besoin de bricoler les DLL : WinBoat 0.9.0 virtualise Windows via des conteneurs et supporte désormais Podman et les apps UWP. Et c'est open source ! 1166
Reposted by Francois SabotRetro Computers @retrocomps.bsky.social · 01/12/2025Computer scientists believe that soon every home will be able to have their own artificial intelligence machine on their own desktops (Source.) 16512
Reposted by Francois SabotFramasoft @framasoft.org · 27/11/2025La complexité de l'affaire rend aujourd'hui extrêmement difficile de lancer un service « Framamail », bien que nous savons toute l'importance de l'adresse e-mail lorsqu'il s'agit de se dégoogliser. (Désolé, ami·es corses) 161
Reposted by Francois SabotDavid Cormand🌻🇪🇺 @davidcormand.bsky.social · 25/11/2025"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️ Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb... 1158
Reposted by Francois SabotFramasoft @framasoft.org · 25/11/2025🗓️ Framadate fait peau neuve ! Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir. Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱 Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f... 1127
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 25/11/2025With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely hal.science/hal-05357866/ @ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu 042
Francois Sabot @francoissabot.bsky.social · 25/11/2025To obtain a clear, non-biased view of #biodiversity, a #pangenome approach is mandatory... 010
Reposted by Francois SabotRob Waterhouse @rmwaterhouse.bsky.social · 25/11/2025Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...onlinelibrary.wiley.comVariant Calling in the Goldilocks Zone: How Reference Genome Choice and Read Mapping Stringency Impact Heterozygosity Estimates and Phylogenetic AnalysesThe increasing numbers of published reference genomes and affordability of whole genome resequencing have enabled multispecies population genomic and phylogenomic studies on non-model organisms, but .... 184