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Camille Marchet ⚡

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Researcher in @BonsaiSeqBioinfo Lille, France. Bioinformatics, data-structures & DNA/RNA.

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Michaël Zemmour @michaelzemmour.cpesr.fr · 29/09/2026
La répression violente du mouvement lycéen est indigne, dangereuse et doit cesser. C'est irresponsable de prendre le risque de blesser des mineurs pour lever un blocage. Les lycées bloqués ne feront jamais perdre aux jeunes autant d'heure de cours que les classes sans profs qu'ils dénoncent.
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 29/09/2026
Omg I finally got a hold on my account again. Hi everyone!
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Jérémie Naudé @jeremie-n.cpesr.fr · 16/08/2026
Ce post s'adresse aussi aux biologistes français : on a tendance à percevoir cette résurgence comme purement US/UK, mais les sciences racistes et eugénistes reviennent partout dans le monde. La pseudo-neutralité est une forme d'inaction et de laisser-faire. On a le devoir de monter au créneau.
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Jérémie Naudé @jeremie-n.cpesr.fr · 13/08/2026
Chez nous l'incertitude des évaluations scientifiques est contournée pour forcer un verdict d'excellence (souvent ne prêter qu'aux riches) Pourtant les expériences de tirage au sort à partir d'un seuil de qualité sont plus concluantes (il faut de l'argent aussi). www.nature.com/articles/d41...
nature.com
When the best decision is no decision: the rise of randomization in grant funding
If reviewers can’t reliably tell the difference between top grant proposals, why should they pretend they can? A new wave of funders is turning to lotteries to break the tie.
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Tris @trishr.bsky.social · 12/08/2026
Chers tous ! Si vous avez fait des photos de l'éclipse, plutôt que de les donner gratuitement à Facebook/Instagram et consorts, n'hésitez pas à les téléverser dans Commons ! Vous participerez à l'encyclopédie !
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 12/08/2026
I'm very interested if you can share this, as I'm curious about the phenomenon (incoming: moths but like a snowstorm)
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 12/08/2026
🌛 🌞
Eclipse komorebi on a wall through tilia leaves
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 10/08/2026
Pic taken from the car, of small Alps mountains from the French south. Small chromatic aberrations and nice sunset (orange/pink shades)
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 10/08/2026
Vegan food for thought
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Julien@Kindrobot @kindrobot.bsky.social · 10/08/2026
Un portrait de ce choucas des tours dans la lumière du soir. (ISO400/280mm/F5.6/1_1000s)
Choucas des tours - Portrait
(Suède - 2026/08/09)
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Zamin Iqbal @zaminiqbal.bsky.social · 09/08/2026
"..I meet thousands of children a year.. AI is not for children and not for young people. It risks becoming an iron curtain that comes down between a young person and their potential for thinking, for experiment and conquering frustration, for stamina and for invention"
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Mediapart @mediapart.fr · 07/08/2026
Mortalité infantile : un rapport d’abord dissimulé dévoile la gravité de la situation en France Par @faizazer.bsky.social
l.mediapart.fr
Mortalité infantile : un rapport d’abord dissimulé dévoile la gravité de la situation en France
Un rapport de l’Inspection générale des affaires sociales (Igas) publié mardi 4 août révèle que la France connaît l’un des taux les plus élevés de mortalité infantile. Les professionnels de santé interrogés par « Mediapart » considèrent que cette étude vise à côté et ne propose rien de révolutionnaire.   
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Martin Steinegger 🇺🇦 @martinsteinegger.bsky.social · 07/08/2026
The ratio between abstracts accessed and PDFs downloaded @biorxivpreprint.bsky.social was around 2:1, since the abstract page led to the PDF. Now it’s close to 1:2. Does this mean we shift to an LLM based paper exploration? For Riboseek the ratio is even 1:10 (www.biorxiv.org/content/10.6...)
biorxiv.org
Fast remote nucleotide sequence alignment with Riboseek
Structure prediction has reached RNA, where generating deep alignments is now the bottleneck. We developed Riboseek, a search and alignment tool for RNA and DNA that represents sequences as overlappin...
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Adam Phillippy @aphillippy.bsky.social · 06/08/2026
We are now applying the T2T recipe to hundreds of diverse human genomes as part of the Human Pangenome Project, which promises to expand our understanding of common genomic variation and enable better methods for genome inference (even from short reads) www.biorxiv.org/content/10.6... [11/15]
biorxiv.org
HPRC2: A human pangenome reference with near-complete coverage of common genetic variation
A pangenome reference overcomes the inherent limitation of any individual reference genome by integrating the variation present in a population. We present the Human Pangenome Reference Consortium’s (...
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Adam Phillippy @aphillippy.bsky.social · 06/08/2026
For the past 30 years, “whole-genome sequencing” has been a misnomer. Today the T2T Consortium publishes a dozen papers heralding a future of truly complete genomes for humans and nearly any vertebrate 👨‍🔬🐒🐦🐀🦒🐎🫏🐹🐟 (sorry, no salamanders): www.cell.com/consortium/t... 🧵[1/15]
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Alex Diaz-Papkovich @alexandr.bsky.social · 05/08/2026
How does human genetics research live in the information ecosystem? Is it misused? Misrepresented? In my paper with @sramach.bsky.social, we tackle this question with 25 years of Wikipedia data, AI chatbot responses, and pages from Grokipedia www.biorxiv.org/content/10.6...
biorxiv.org
From Wikipedia to AI: Measuring 25 years of synthesis of human genetics research in the public-facing information ecosystem
Genetics research frequently intersects with ethnicity, nationality, and race, making it uniquely vulnerable to misrepresentation. Yet, 25 years after the initial sequencing of the human genome, there...
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Olivier Cyran @oliviercyran.bsky.social · 05/08/2026
C'est assez ahurissant. L'Espagne installe une barrière flottante dans les eaux de Ceuta pour renforcer son mur et repousser les désespérés, mais chez nous à gauche on en est toujours à tresser des lauriers au gouvernement de Pedro Sanchez après le carnage du 31 juillet.
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Ragnar {Groot Koerkamp} @curiouscoding.nl · 03/08/2026
This is some really cool stuff! A chaining dynamic hashtable that uses *less* space than the input (by using quotienting), that actually seems to have quite competitive performance 🤯 And also a faster flat variant has 1.25 cache misses on average (and at most 2 or 3), that has super fast queries.
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Martin Steinegger 🇺🇦 @martinsteinegger.bsky.social · 01/08/2026
Riboseek is a fast RNA/DNA search. More sensitive than nhmmer at 250x speed. Structure-aware realignment produces MSAs approaching rMSA quality. Plus 1.7M precomputed RNA MSAs, and an API to search your own 📄 www.biorxiv.org/content/10.6... 💾 github.com/steineggerla... 🌐 search.foldseek.com/riboseek
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 01/08/2026
Vaut aussi pour les millionnaires "philanthropes"
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 31/07/2026
Expected from Google as they have a history of deeply flawed projects, but this one has been especially quick
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Padre Pio @padrepio.bsky.social · 31/07/2026
Jamais en retard d'une guerre, Robert Ménard s'insurge avec une émotion faussement ignorante de l'abandon de la notion de "châteaux cathares". Et croit défendre le Languedoc éternel en glorifiant les châteaux élevés par... ses vainqueurs. www.lepoint.fr/debats/rober...
lepoint.fr
Robert Ménard : « N’effaçons pas de l’histoire les châteaux cathares ! »
TRIBUNE. Le maire de Béziers s’élève contre la décision de débaptiser les châteaux cathares symbole pour lui d’un mépris technocratique contre l’histoire occitane.
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Ramon Astudillo @ramon-astudillo.bsky.social · 28/07/2026
Post coding agents, it's amazing to realize how "I need to do this myself because I know what I want" meant exactly the opposite. You did not know what you wanted, that's why you can't verbalize it. You only know that if you type and mechanically follow your intuition, you will get where you want.
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Floris Barthel @florisbarthel.bsky.social · 28/07/2026
Feature sets are not tied to a genome: any annotation that tiles a reference can become one. Here is a database we built for the Arabidopsis Col-CEN T2T reference, with chromosome, gene, region, and repeat feature sets, including the CEN180 satellite arrays.
KaryoScope annotation for the arabidopsis genome shown across four feature sets
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Floris Barthel @florisbarthel.bsky.social · 28/07/2026
The improved HKS index was developed by @jnalanko.bsky.social, @camillemrcht.bsky.social and Simon Puglisi. KaryoScope and its original KMC-derived data structure were developed by @trhyker.bsky.social, with our co-authors and @humanpangenome.bsky.social HKS: www.biorxiv.org/content/10.6...
biorxiv.org
Hierarchical genomic feature annotation with variable-length queries
K -mer-based methods are widely used for sequence classification in metagenomics, pangenomics, and RNA-seq analysis, but existing tools face important limitations: they typically require a fixed k -me...
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Floris Barthel @florisbarthel.bsky.social · 28/07/2026
Excited to share a big KaryoScope update this past week: the HKS k-mer backend is now integrated, and you can build databases for any features of interest. The complete @humanpangenome.bsky.social HG002 assembly (~6.3 Gbp) now annotates in 21 minutes on a MacBook Pro. 🧵
Macbook laptop showing KaryoScope actively running alongside the final output karyotype plots
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Ragnar {Groot Koerkamp} @curiouscoding.nl · 28/07/2026
In 20 mins (3pm CEST) I'm giving a talk on pairwise alignment at CiE! Feel free to join :) uni-trier.zoom-x.de/j/6905315234...
uni-trier.zoom-x.de
Join our Cloud HD Video Meeting
Zoom is the leader in modern enterprise cloud communications.
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 28/07/2026
Beaucoup de noms connus dans les PRC, bravo les collègues !
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Marianne Heaslip @marianneh.bsky.social · 22/07/2026
Just behind my cousin's place in Tipperary last night. But tell me again how more oil ans gas drilling is 'sensible', hyperscale data centres that guzzle water are 'the future' and it's 'not fair' to tax aviation and car fuel properly.
Slievenamon on fire - the dark hill in the foreground and a line of fire beyond with reams of smoke going into the evening sky. A field and farmhouse, with a mountain that is literally on fire just beyond.
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Raphaël Pradeau @raphpradeau.bsky.social · 25/07/2026
En plein été, le gouvernement fait passer un doublement des franchises médicales. Comme si les malades consommaient des médicaments par plaisir et qu'il fallait les "responsabiliser". Or le trou de la Sécu s'explique par les 88 milliards d'exonérations de cotisations sociales !
Le gouvernement va doubler le plafond des franchises médicales sur les consultations et les médicaments, de 100 à 200 euros
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 24/07/2026
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Cartes @cartes.app · 24/07/2026
On aimerait implémenter l'affichage des incendies sur cartes.app. On a déjà identifié des sources de données, mais pour y arriver, il nous faudrait un financement. Administration publique, collectivité locale, autre organisation. Pour bien le faire, il faut plusieurs journées de développement.
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Sébastien Fontenelle @vivelefeu.bsky.social · 24/07/2026
Emmanuel ne sait pas qu'il va brûler des dizaines de milliers d'hectares en supprimant des postes à l'Office national des forêts, en autorisant la construction de gigantesques data centers et en laissant des agriculteurs d'extrême droite confisquer les ressources en eau. (Liste non exhaustive.)
Publicité gouvernementale: 
SORAYA ne sait pas qu'elle va brüler une ferme avec son mégot.
9 feux sur 10 sont d'origine humaine. Soyons vigilants
aux abords de la végétation.
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Ryan Wick @rrwick.bsky.social · 24/07/2026
New blog post! I reran the Autocycler paper benchmarks on some new tools/versions/pipelines: rrwick.github.io/2026/07/24/b... (1/3)
rrwick.github.io
Benchmark update: Ilesta, Autocycler-fast and new versions
a blog for miscellaneous bioinformatics stuff
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Lionel Larré @lionellarre.bsky.social · 23/07/2026
Le pays brûle, littéralement, et on ne possède qu'une douzaine de Canadair. Nos enfants sont malades de cancers, littéralement, et nos élus autorisent des produits qu'ils et elles savent dangereux. Nous vivons dans un état criminel. Les médias devraient le dire. Et les politiques se taire, enfin.
static.klipy.com
Jack Nicholson's Rage
ALT: Jack Nicholson's Rage
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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 23/07/2026
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Retraction Watch @retractionwatch.com · 23/07/2026
A couple paid more than $800,000 for a gene-editing therapy for their daughter. She died, and it wasn’t made public. An exclusive from us and @science.org.
science.org
Exclusive: Death of girl in Chinese gene-editing trial was never made public
Parents want accountability after study went disastrously wrong, Science and Retraction Watch investigation reveals
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Guillaume D. @gdeleur.bsky.social · 23/07/2026
From « à celles et ceux qui ont voté pour moi, non pour soutenir mes idées mais pour faire barrage à celles de l’extrême droite, votre vote m’oblige » to l'État se porte garant pour un emprunt bancaire du RN en vue de 2027.
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Vincent J Lynch 🐘🦣🦥 🦇🐋🐢🐍 @devoevomed.bsky.social · 22/07/2026
Can't stop thinking about this; transmissible cancers are so crazy, extremely rare (tassie devils, dogs, some clams), but I wonder why? It seems like it should be very common. It's advantageous for the cancer to escape the dead-end host. And yet... www.nature.com/articles/s41...
nature.com
Brown bullhead catfish melanoma represents a novel transmissible cancer - Nature
Whole-genome sequencing analysis of tumour and matched non-tumour host tissues of the brown bullhead catfish reveals a type of naturally occurring transmissible cancer.
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bioRxiv Genomics @biorxiv-genomic.bsky.social · 22/07/2026
HPRC2: A human pangenome reference with near-complete coverage of common genetic variation www.biorxiv.org/content/10.64898/20…
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Julien Gossa @juliengossa.cpesr.fr · 16/07/2026
Sans surprise, on parle de mettre en extinction les MCF et le CNU, pour se rabattre exclusivement sur les CPJ et le recrutement local. On parle aussi de « contrat d'objectif » de 5 ans entre les établissements et les enseignants-chercheurs. Bref, ça discute activement de supprimer notre statut.
static.klipy.com
Jemaine Clement: Well, I'm Not Surprised
ALT: Jemaine Clement: Well, I'm Not Surprised
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Dr Elodie Chabrol @eloscicomm.bsky.social · 16/07/2026
🍆💦Marion Montaigne a encore frappé, si vous êtes pas remis de la finale France - Espagne changez vous les idées avec la finale Ovule vs Spermato tumourrasmoinsbete.blogspot.com?fbclid=PAb21...
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Michael Rera @michaelrera.bsky.social · 15/07/2026
Après 1an et qq jours à accompagner notre maman ds son glioblastome, elle est décédée mardi 14 matin après avoir induit la SPCJD le vendredi précédent. Est-ce que la présente loi l'aurait aidée à mon souffrir (psy)? J'en doute, tant les pb que j'ai identifiés au cours de cette année sont ailleurs...
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bioRxiv Bioinfo @biorxiv-bioinfo.bsky.social · 11/07/2026
MKMC enables reference-free transcriptomic analysis using k-mer representations www.biorxiv.org/content/10.64898/20…
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Antton Rouget @anttonrouget.bsky.social · 07/07/2026
« mdr… »
Tweet de Marine Le Pen sur l’affaire Cahuzac
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DuXpa6 @duxpacis.bsky.social · 07/07/2026
Donc... pour être fonctionnaire faut avoir un casier judiciaire vierge, mais pour se présenter aux élections présidentielles, non. OK. C'est noté.
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Fabrice Arfi @fabricearfi.bsky.social · 07/07/2026
Marine Le Pen a été condamnée deux fois en un an : le reste n’est que bavardage. Mon parti-pris après le passage en force de la cheffe de file de l’extrême droite française. www.mediapart.fr/journal/fran...
mediapart.fr
Marine Le Pen a été condamnée deux fois en un an : le reste n’est que bavardage
Libérée de l’inéligibilité par la cour d’appel de Paris, la cheffe de file de l’extrême droite a déclaré sur TF1 être candidate à l’élection présidentielle. En France, la double reconnaissance de cul…
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