Sign in

Valentin Loux

@vloux.bsky.social
236 followers 336 following 34 posts

Bioinformatics at @inrae-france.bsky.social Head of @inrae-migale.bsky.social

PostsRepliesMedia
Reposted by Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 17/09/2026
Check out this presentation by @bebatut.bsky.social , ELIXIR-France (IFB/ELIXIR-FR) co-lead for the FAIRyMAGs project! 🙏
032
Reposted by Valentin Loux
Olivier Poncet 🦝 @ponceto91.bsky.social · 16/09/2026
OpenCodeReview est un projet open-source sous licence Apache-2.0 permettant d’automatiser la revue de code et l’analyse de la sécurité par IA. Propose des analyses complètes à la ligne de code, règles pour NPE, thread-safety, XSS, injections SQL, ... ⬇️ github.com/alibaba/open...
github.com
GitHub - alibaba/open-code-review: Fast, efficient, battle-tested at Alibaba's scale. Hybrid architecture code review tool: deterministic pipelines + LLM Agent, precise line-level comments, built-in m...
Fast, efficient, battle-tested at Alibaba's scale. Hybrid architecture code review tool: deterministic pipelines + LLM Agent, precise line-level comments, built-in multi-language ruleset (NPE, ...
22710
Reposted by Valentin Loux
Numerama @numerama.com · 28/08/2026
« On dispose d’une fenêtre limitée » : les géants de l’IA distillent leurs conseils cyber sur une menace qu’ils connaissent bien 👉 l.numerama.com/wkq
lettre IA cyber // Source : montage Numerama
011
Reposted by Valentin Loux
CNRS Ile-de-France Villejuif @cnrs-idf-villejuif.bsky.social · 16/07/2026
#TalentsCNRS Des infrastructures de calcul haute performance pour traiter les données produites par la biologie moderne en quantités massives 💻 Présentation de l'IFB Core Cluster, #CristalCollectif du CNRS 👉 www.insb.cnrs.fr/fr/personne/... @ifb-elixir-fr.bsky.social @cnrsbiologie.bsky.social
176
Reposted by Valentin Loux
Olivier Poncet 🦝 @ponceto91.bsky.social · 16/07/2026
Strix est un projet open-source sous licence Apache-2.0, permettant à des agents IA autonomes de réaliser des tests d’intrusion, trouver, valider et aider à corriger les vulnérabilités d’une application ⬇️ github.com/usestrix/strix
github.com
GitHub - usestrix/strix: Open-source AI penetration testing tool to find and fix your app’s vulnerabilities.
Open-source AI penetration testing tool to find and fix your app’s vulnerabilities. - usestrix/strix
0163
Reposted by Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 10/07/2026
👏Nous sommes très heureux de voir l’équipe IFB-Core-Cluster être lauréate de ce cristal collectif ! Une récompense qui souligne et valorise un travail mené depuis plusieurs années pour développer et maintenir cette infrastructure numérique distribuée.
1107
Reposted by Valentin Loux
Bearstech @bearstech.com · 06/07/2026
C'est dans les vieux pots qu'on fait la meilleure soupe… de vieilles techniques Bash permettent de contourner les protections de nombreux agents de développement via des attaques sur la supply chain. 👉 www.securityweek.com...
illustration
0123
Reposted by Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 03/07/2026
🔎👋 Rendez-vous l'année prochaine pour la prochaine édition de JOBIM à Grenoble du 06 juin au 09 juillet 2027 ! 😎
233
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 03/07/2026
Très heureux qu'Émilie ai pu présenter Siduri et tous les travaux menés par l'équipe sur la gestion et la valorisation des données de Ferments du Futur à #JOBIM2026 👏🏻
030
Reposted by Valentin Loux
Sophie Schbath @sophieschbath.bsky.social · 03/07/2026
👏 Emilie Fernandez a présenté avec brio le portail #Siduri au coeur de la gestion et exploitation des données du Grand Défi #FermentsDuFutur. Un ambitieux projet de @inrae-migale.bsky.social
031
Reposted by Valentin Loux
RSG France - JeBiF @jebif.bsky.social · 01/07/2026
💼 première session #jobfair 💼 Rencontres et discussions à @jobim2026.bsky.social 🧬🥨 #jobim #jobim2026 #jebif @sfbi.fr @ifb-elixir-fr.bsky.social @inrae-maiage.bsky.social @inrae-france.bsky.social
085
Reposted by Valentin Loux
Nils Homer @nilshomer.com · 28/06/2026
🚀 new bwa-mem3 is out. Why use it? - 🏛️keep using a bwa-mem variant (avoid revalidation/reprocessing) - 🚅 1.7x faster/20% less memory than bwa-mem2 - 🧬native methylation support (asymmetric scoring) - ✅ matches bwa-mem2 output - 👊opt-in knobs to go even 2x faster bwa-mem3.readthedocs.io/en/latest/
bwa-mem3.readthedocs.io
Home - bwa-mem3
Accelerated short-read alignment, derived from bwa-mem2
14219
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 02/06/2026
Un rappel, encore une fois, que vivre à la rue tue, et pas seulement quand il fait froid. Le nombre de morts de la rue augmente chaque année sous le regard indifférent d'une société incapable de prendre soin des plus précaires.
000
Reposted by Valentin Loux
Libération @liberation.fr · 02/06/2026
Au moins 929 personnes sans domicile fixe, à qui un hommage sera rendu mardi midi à Paris, sont décédées en 2025 en France, selon un décompte provisoire du collectif les Morts de la rue. ➡️ l.liberation.fr/3j
22425
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 01/06/2026
🏃🏃🏃 Strava Launches MCP Connector 😀 for Strava Subscribers only 😐 restricted to Claude (" looking to support other AI clients in the future ") 😠 I want to be able to use local open-source LLM ! 🏃🏃🏃 #Scientist #Geek #Running #Ultra-runner press.strava.com/articles/str...
press.strava.com
Strava Launches MCP Connector, Allowing Athletes to Sync Training History to Claude
151
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 14/05/2026
Départ vendredi 6h. Pas de montée au Puy de Dôme à cause des conditions météo (🥶🌧️⛈️). Espérons le voir tout de même à travers les nuages !
120
Reposted by Valentin Loux
EMBL-EBI @ebi.embl.org · 13/05/2026
Do you work with genetic resources collected elsewhere 🧬 ? Are you confident that you’re using them fairly and legally? New step-by-step guide to the Nagoya Protocol helps researchers navigate this complex framework. www.ebi.ac.uk/about/news/p...
1128
Reposted by Valentin Loux
Bérénice Batut @bebatut.bsky.social · 13/05/2026
For more information and to pre-register: training.galaxyproject.org/training-mat... @galaxyproject.bsky.social @galaxytraining.bsky.social
training.galaxyproject.org
Galaxy Beyond Basics: Mastering Workflows, Automation, and Scalability
Join us for an **intensive, week-long, in-person training** designed to elevate your Galaxy expertise to new heights. This workshop is tailored for **data scientists, advanced Galaxy users, and team l...
023
Reposted by Valentin Loux
Bérénice Batut @bebatut.bsky.social · 13/05/2026
I'm thrilled to co-organize and teach at the first-ever training event focused on advanced Galaxy features: workflows, API, and more! Registration is now open until June 5, so don’t miss your chance to dive deep into these powerful tools.
training.galaxyproject.org
Galaxy Beyond Basics: Mastering Workflows, Automation, and Scalability
Join us for an **intensive, week-long, in-person training** designed to elevate your Galaxy expertise to new heights. This workshop is tailored for **data scientists, advanced Galaxy users, and team l...
124
Reposted by Valentin Loux
Bearstech @bearstech.com · 11/05/2026
Le BSI, l'autorité allemande de cybersécurité, s'inquiète de la capacité de Mythos d'Anthropic, à accélérer massivement la découverte de failles logicielles. 👉 www.latribune.fr/art...
Illustration de l'article
063
Reposted by Valentin Loux
Torsten Seemann @torstenseemann.bsky.social · 11/05/2026
Excited to discover that two of my software tools (Shovill & Snippy) were used to assemble the genome of the #Hantavirus Andes Chile-9717869 strain. #bioinforbioinformatics #genomics #microbiology www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT95...
1242
Reposted by Valentin Loux
BK. Titanji @boghuma.bsky.social · 04/05/2026
🧵 THREAD: Hantavirus on a cruise ship What we know, What investigators are doing, and Why you don't need to panic
7220110
Reposted by Valentin Loux
Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 23/04/2026
🎊 Félicitations à Sophie Schbath, nommée #ISCB #Fellow 2026 ! 👏 Présidente de la SFBI (2011-2015), Sophie a contribué à notre communauté par son dynamisme scientifique et humain. Merci à @iscb.bsky.social pour cette distinction qui honore un membre de notre si belle communauté !
iscb.org
April 21, 2026: ISCB Announces the 2026 Class of Fellows!
ISCB - International Society for Computational Biology
192
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 21/04/2026
Congrats Sophie ! Well deserved , so proud for you !
020
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 17/04/2026
A great meeting with a warm welcome from our spanish colleagues !
011
Reposted by Valentin Loux
bioRxiv Bioinfo @biorxiv-bioinfo.bsky.social · 09/04/2026
End-to-end evaluation of pipelines for metagenome-assembled genomes reveals hidden performance gaps www.biorxiv.org/content/10.64898/20…
021
Reposted by Valentin Loux
Bearstech @bearstech.com · 07/04/2026
La DINUM annonce le Socle Interministériel d'IA Générative, une offre mutualisée pour déployer l’IA générative dans les administrations françaises. 👉 alliance.numerique.g...
Ce que contient le SIAAG
21110
Reposted by Valentin Loux
George Bouras @gbouras13.bsky.social · 07/04/2026
Whenever I presented Phold, I was frequently asked "can you do the same beyond phages?" We ( @oschwengers.bsky.social @linsalrob.bsky.social @binomicalabs.org et al) finally did it with Baktfold github.com/gbouras13/ba... www.biorxiv.org/content/10.6...
github.com
GitHub - gbouras13/baktfold: Rapid & standardized genome annotation using protein structural information
Rapid & standardized genome annotation using protein structural information - gbouras13/baktfold
15623
Reposted by Valentin Loux
Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 31/03/2026
🧐 Baisse du nombre d'offres d'emploi (post-doctorants, ingénieurs, permanents ou temporaires) en 2025. 🫵 Besoin de vous pour comprendre les raisons de cette diminution via ce sondage : grist.numerique.gouv.fr/o/docs/forms... 📎 Bilan plus détaillé : www.sfbi.fr/blog/article...
059
Reposted by Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 24/03/2026
[📢 #Workshop] Vous souhaitez en savoir plus sur la mise en conformité FAIR des données de métabarcoding ? 🗓️ Rendez-vous le 10 avril 2026 de 13h30 à 17h, pour un workshop en visio, organisé par le projet MUDIS4LS (www.ifb-elixir.fr/rd-innovatio...).
133
Reposted by Valentin Loux
Hubert Guillaud @hubertguillaud.bsky.social · 19/03/2026
A lire, cet excellente histoire des rapports de l'État avec le logiciel libre et du projet La suite numérique : framablog.org/2026/03/19/l... merci @framasoft.org
framablog.org
La Suite numérique de l’État : critique des critiques
Framasoft prend rarement position sur la politique numérique de l’État. La dernière fois où nous l'avions fait, c'était il y a 10 ans, en 2016, dans un article intitulé « Pourquoi Framasoft n'ira plus...
11721
Reposted by Valentin Loux
Galaxy Project @galaxyproject.bsky.social · 16/03/2026
✨ GCC2026 | Clermont-Ferrand, France 🇫🇷 The Galaxy Community Conference brings together researchers, developers, trainers, and users to share their work and ideas. 📣 Submit your abstract by April 6. galaxyproject.org/events/gcc20...
galaxyproject.org
2026 Galaxy Community Conference (GCC2026)
The annual gathering of the Galaxy Community with opportunities to hear latest developments, get training, and meet everyone involved.
055
Reposted by Valentin Loux
Galaxy Project @galaxyproject.bsky.social · 02/03/2026
Check this out 👀 “Ten Common Misconceptions About Galaxy (And Why They Are Wrong!)” is now published in PLOS Computational Biology! The paper takes on 10 persistent myths about Galaxy and responds with evidence and real-world examples from the community. galaxyproject.org/news/2026-02...
galaxyproject.org
Ten Common Misconceptions About Galaxy (And Why They're Wrong!)
We are thrilled to announce that 'Ten Common Misconceptions About Galaxy (And Why They Are Wrong!)' has just been published in PLOS Computational Biology! This paper is the result of passionate discus
083
Reposted by Valentin Loux
BioinfOmics INRAE @bioinfomics.bsky.social · 24/02/2026
We are pleased to announce the publication of panREPET, a pipeline that identifies TE insertions shared by groups of individuals. By Saidi, Blaison, del Pilar Rodríguez-Ordóñez, @johannconfais.bsky.social, @hquesneville.bsky.social 📖 doi.org/10.1186/s130...
doi.org
A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
072
Reposted by Valentin Loux
Galaxy Project @galaxyproject.bsky.social · 18/02/2026
🎉 Time to celebrate! The Galaxy Training Network just passed 500 tutorials! Free. Open. Community-built. Reproducible. Powered by 500+ contributors worldwide, making data analysis accessible to everyone. Be sure to check out this amazing team and the GTN, here: training.galaxyproject.org
Graphic celebrating a milestone for the Galaxy Training Network. Large text at the top reads “Congratulations to the Galaxy Training Network on 500+ tutorials!” Below is a screenshot of the Galaxy Training Hall of Fame page showing statistics: 517 contributors, 35 topics, 501 tutorials, and 10.6 years. The “501 tutorials” box is highlighted with a red starburst. A world map with contributor locations appears beneath the statistics.
086
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 18/02/2026
Vous codez en R et souhaitez adopter le package #Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ? 👉 Notre cycle de formation vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (78) 📅 30-31 mars 2026. 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
055
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 18/02/2026
Vous avez besoin de vous former à #Linux ? 👉 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas 📅 1er avril 2026 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
036
Reposted by Valentin Loux
Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 17/02/2026
📌 Enquête MERIT-SFBI sur les conditions de travail des bioinformaticien·ne·s dans les instituts de recherche, universités, établissements d’enseignement et recherche, secteur associatif ou privé 📎 framaforms.org/enquete-meri... ⏳ temps estimé : 20 minutes 📅 date limite de réponse : 31/03/2026
Logo MERIT SFBI
049
Reposted by Valentin Loux
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 17/02/2026
[LAST CALL] 📢🚨✍️ École thématique d’assemblage et annotation de génomes et métagénomes, organisée par l' @ifb-elixir-fr.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social Pré-inscriptions ouvertes jusqu’au 20 février !
155
Reposted by Valentin Loux
Johann Confais @johannconfais.bsky.social · 16/02/2026
🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇
doi.org
A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
15036
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 12/02/2026
Toujours le même constat et aucune action : « Le 2 février, 6 040 personnes qui étaient parvenues à joindre le 115 ont été laissées sans solution d’hébergement, soit 10 % de plus qu’à la même date en 2024. Parmi elles, 1 793 étaient des enfants – dont 390 âgés de moins de trois ans »
000
Reposted by Valentin Loux
Société Française de BioInformatique @handle.invalid · 11/02/2026
📌 #JOBIM2026 - Strasbourg (jobim2026.sfbi.fr) 📝 Appel à soumission jusqu’au 15/03. Infos : premc.org/doc/JOBIM202... 🏆 Prix meilleures talk et posters. Participation à la soumission de votre résumé 🚆👶 10 bourses de voyage ; demande du 30/04 au 21/05 + bourses garde d'enfant. Infos : www.sfbi.fr
Logo JOBIM2026 Strasbourg
068
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 03/02/2026
Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes et outils d’analyse bioinfo de données NGS ? #mapping #assemblage 👉Notre cycle de formation vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (26 mars). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
014
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 28/01/2026
Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ? 👉 Nous vous proposons ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (24 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
004
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 28/01/2026
Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ? #Shiny Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’1 jour à Jouy-en-Josas (23 mars 2026). 📝 Inscription et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
014
Reposted by Valentin Loux
Libération @liberation.fr · 26/01/2026
Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain… Les noms d’éminentes scientifiques seront gravés en lettres d’or, d’ici 2027, sur la tour Eiffel. L'astrophysicienne Isabelle Vauglin : «On travaille à pas de fourmis contre l’invisibilisation des femmes»
liberation.fr
72 chercheuses inscrites sur la tour Eiffel : «Plus on creusait, plus on trouvait des femmes brillantes aux parcours hallucinants»
Marie Curie, Paulette Libermann, Sophie Germain… Les noms d'éminentes scientifiques seront gravés en lettres d'or comme l’ont été ceux de leurs homologues masculins. Un remède à leur invisibilisation, même si la route est encore longue.
16225
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 13/01/2026
Besoin de vous former au langage R ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module introductif à Jouy-en-Josas sur 2 jours (10 et 11 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
035
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 14/01/2026
Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package #ggplot2 ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (12 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
015
Reposted by Valentin Loux
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 20/01/2026
Besoin de manipuler vous-même votre jeu de données #RNAseq, depuis les étapes de bioinformatique à l’analyse différentielle, sans passer par la ligne de commande unix ? Ce module de 3 jours à Jouy (16-18 mars) est pour vous ! 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
005