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Guilherme M. Arantes

@garantes.bsky.social
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Professor & Scientist @uspoficial.bsky.social 🇧🇷. Visiting @mit.edu. Scholar @ieausp.bsky.social. Computational (bio)chemistry and biophysics. Web: gaznevada.iq.usp.br 🐦 : x.com/ArantesLab 🎵 : www.dinamicas.art.br

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Sergey Ovchinnikov @sokrypton.org · 17/09/2026
Introducing highly experimental localfold.org Building on @martinsteinegger.bsky.social af2 webgpu port, @milot.bsky.social optimizations & jax ports of af3-like models by @marielle.bsky.social, Choonghwan Lee, Julia Buhmann. WARNING: runs directly on your 💻, may drain 🪫 & eat data📱 & overheat 🔥💻
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revista piauí @revistapiaui.bsky.social · 13/09/2026
As disputas dentro do STF e as decisões do presidente da corte Edson Fachin. A investigação sobre o possível desvio de emendas parlamentares para o filme Dark Horse. A avanço de Flávio Bolsonaro nas pesquisas. Ouça no Foro de Teresina. www.youtube.com/watch?v=G3Jn...
youtube.com
Foro de Teresina | A hemorragia no STF, a odisseia em Dark Horse e pesquisa nas eleições
YouTube video by revista piauí
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revista piauí @revistapiaui.bsky.social · 12/09/2026
A maior preocupação de Vorcaro na festa de Halloween era com a privacidade de seus convidados. Em mensagem por Whatsapp, ele citou o procedimento padrão na entrada: “Telefone na porta”. O amigo Fábio Faria respondeu: “E segurança dentro.” piaui.co/4iq8saP
piaui.co
A festa das “suíças” de Vorcaro
O banqueiro se fantasiou de Drácula em uma comemoração de Halloween com “novinhas” e proporção de 120 mulheres para 20 homens
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Luís Nassif @luisnassif.bsky.social · 27/08/2026
A imprensa quer eleger Flávio Bolsonaro, por Luís Nassif O país ainda paga preço da eleição de Jair Bolsonaro. O mercado financeiro foi tomado pelo crime organizado, lavagem de dinheiro e sonegação. jornalggn.com.br/coluna-econo...
jornalggn.com.br
A imprensa quer eleger Flávio Bolsonaro, por Luís Nassif
O país ainda paga preço da eleição de Jair Bolsonaro. O mercado financeiro foi tomado pelo crime organizado, lavagem de dinheiro e sonegação.
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Lázaro Rosa 🇧🇷 @lazarorosa.bsky.social · 23/08/2026
Que vídeo maravilhoso! A Jovem Pan, emissora que vive espalhando desinformação, divulgou uma fake news atacando Haddad e sua esposa, Estela Haddad, e teve que se retratar para todo o país. Passou vergonha ao vivo!
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Jeff Nascimento @jnascim.info · 22/08/2026
O tino de negócios dos irmãos Batista farejando o lucro que há de vir do zeitgeist bélico e de defesa da soberania 👀
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 13/08/2026
We have a postdoctoral position open in our lab at the University of Sao Paulo @uspoficial.bsky.social for research on molecular simulation of bioenergetic and respiratory complexes, combining molecular dynamics, QM/MM, and other computational approaches. Details👇 jobrxiv.org/job/universi...
jobrxiv.org
Postdoctoral Fellowship in Computational Chemistry, Biochem and Biophysics
Post a job in 3min, or find thousands of job offers like this one at jobRxiv!
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Jamie Blaza @jnb-lab.bsky.social · 10/08/2026
Permanent academic position as a Lecturer in cryo-ET open at York. We are looking for someone to lead a research program making the most of the stunning advances occurring in cryo-ET. It's a research and teaching post but with a focus on research in the early years. jobs.york.ac.uk/vacancy/lect...
jobs.york.ac.uk
Jobs - The University of York
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Alex Rubinsteyn @alexr.bsky.social · 29/07/2026
Scientific computing in the age of agentic AI: openai.com/index/scient... (we have a mhcflurry vignette in this)
openai.com
Scientific computing in the age of agentic AI
A new field report shows how scientists use AI coding agents to modernize scientific computing, accelerating software development and discovery in genomics and beyond.
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Breno Altman @brenoaltman.bsky.social · 20/07/2026
Para além da rivalidade esportiva, pois os argentinos estão longe do penta brasileiro e fica enterrada a absurda comparação entre Messi e Pelé, outro motivo de alegria é que os maiores inimigos da humanidade, Netanyahu e Trump, quebraram a cara com o triunfo espanhol. Eles de um lado, nós do outro.
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Max Planck Institute of Biophysics @mpibp.bsky.social · 13/07/2026
How do 2 meters of DNA fit inside a nucleus you can barely see? 🧬 Our new study mapped individual nucleosomes inside human cells.
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Breno Altman @brenoaltman.bsky.social · 05/07/2026
Não adianta buscar culpados individuais - Ancelotti, Neymar, Bruno Guimarães, Endrick ou qualquer outro. A realidade é que o futebol brasileiro caiu de prateleira faz muito tempo, já não temos os maiores craques e perdemos nosso padrão de jogo. Precisamos recomeçar do zero. Viramos a Itália do Sul.
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 04/07/2026
Em relação ao número de seleções iniciais: Europa 7/16 Concacaf 3/6 América do Sul 4/6 Africa 2/10 Clara superioridade dos sul-americanos, que se repete em quase tds as copas, e no número de títulos. Asssim, deveríamos ter mais uma vaga?
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 21/05/2026
Interesting piece!
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 02/05/2026
Ótimo texto, nem tanto pela conclusão sobre confirmabildade, mas sobre a descrição compacta e acurada do jogo entre os 3 Poderes na última década.
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Luís Nassif @luisnassif.bsky.social · 25/04/2026
É hora do Banco Central ser regulado, por Luís Nassif A democracia participativa que o Brasil construiu nas últimas décadas é real, nos seus domínios. Mas parou onde o poder financeiro começa jornalggn.com.br/coluna-econo...
jornalggn.com.br
É hora do Banco Central ser regulado, por Luís Nassif
A democracia participativa que o Brasil construiu nas últimas décadas é real, nos seus domínios. Mas parou onde o poder financeiro começa.
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Peterson Institute for International Economics @piie.com · 20/04/2026
NEW: Brazil's October election is a contest over whether Brazil controls the terms on which the world accesses its resources or whether those terms are set by others, & will shape critical mineral supply chains, climate governance, & the Americas' balance of power for a generation. By @mdebolle.com:
piie.com
Why foreign policy is the central question of Brazil’s next election
The October election between President Luiz Inácio Lula da Silva, running for a fourth term, and Senator Flávio Bolsonaro, running as a proxy for his father, who was convicted and imprisoned for organ...
02210
Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 11/04/2026
"Amar o Brasil não é fechar os olhos para suas falhas. É abrir os olhos para a sua complexidade, e ainda assim reconhecer o privilégio de ter nascido dentro dela. Porque há países que funcionam melhor. Mas poucos vivem melhor. 1/2
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Mina Kimes @minakimes.bsky.social · 10/04/2026
I can't stop laughing at this post. It's perfect.
A guy asking ChatGPT to review a series of fart sound effects and getting a serious kiss ass response that calls it atmospheric
886275386163
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Jornal GGN @jornalggn.bsky.social · 09/04/2026
Há 2 projetos e 2 Brasis em disputa, por Marcos Verlaine O debate é simples: quem deve pagar pela estabilidade fiscal? Os de baixo, via arrocho silencioso, ou os de cima, via revisão de privilégios? jornalggn.com.br/opiniao/ha-2...
jornalggn.com.br
Há 2 projetos e 2 Brasis em disputa, por Marcos Verlaine
O debate é simples: quem deve pagar pela estabilidade fiscal? Os de baixo, via arrocho silencioso, ou os de cima, via revisão de privilégios?
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Chad Livengood @chadlivengood.bsky.social · 06/04/2026
NEW: University of Michigan Chinese researcher dies after allegedly "hostile questioning" by federal agents www.detroitnews.com/story/news/l...
detroitnews.com
UM Chinese researcher dies after alleged questioning by feds
China is calling on the U.S. to probe death of researcher after he was subjected to what they called 'hostile questioning' by federal authorities.
651709949
Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 06/04/2026
Spot on answer by Bruce Booth (Atlas Venture) in this Nat. Biotech Q&A www.nature.com/articles/s41...
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Rosetta Commons @rosettacommons.bsky.social · 02/04/2026
Three RFdiffusion3 (RFD3) tutorials are now available. These tutorials walk you through how to use RFD3 to generate structures for: protein-protein interface design, enzyme design, and nucleic acid binder design, and can be expanded to other areas of interest. Check them out @ zurl.co/og3XK
There is an image of green, purple, and teal protein spirals on a black background with the announcement of the new RDF3 tutoritals being available. Additional text states “Whether you’re just starting with RFdiffusion3 (RDF3) or looking ot refine your design workflows, these three new tutorials for RFD3 guide you step-by-step through creating new protein structures for your design projects. Learn more at rosettacommons.org/news.” The Rosetta Commons logo is in the upper right corner. The background is a light teal with some hexagons in the corners.
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Chris Bahl @cdbahl.com · 31/03/2026
We've got two more positions open for RAs to join AI Proteins! One opening is for our Protein Characterization group led by Alyssa Anderson, and the other is for our Biochemistry group led by Edson Carcamo. These wet lab roles are a perfect for college students who are graduating this spring.
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Luís Nassif @luisnassif.bsky.social · 14/03/2026
“Queria me dedicar a um plano de desenvolvimento”, diz Haddad ao anunciar saída da Fazenda e candidatura em 2026 jornalggn.com.br/noticia/quer...
jornalggn.com.br
"Queria me dedicar a um plano de desenvolvimento", diz Haddad ao anunciar saída da Fazenda e candidatura em 2026
Em entrevista ao Opera Mundi, Haddad fala sobre economia, capitalismo superindustrial e os desafios do desenvolvimento nacional
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 09/03/2026
🚀 Our paper "Post-catalysis structures of mitochondrial complex I with ubiquinol-10 bound in the active site" is now published! We capture the reduced product in the active site and reveal binding transitions during the catalytic cycle. Check it out! 🤓 www.nature.com/articles/s41...
nature.com
Post-catalysis structures of mitochondrial complex I with ubiquinol-10 bound in the active site - Nature Communications
CryoEM structures of mitochondrial complex I reveal ubiquinol-10 binding to the reduced enzyme. Together with molecular dynamics simulations, this study maps quinone binding poses and proton-transfer ...
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arXiv q-bio.BM Biomolecules @qbiobm-bot.bsky.social · 02/03/2026
Maddipatla, Rzayev, Pegoraro, Pacesa, Schanda, Marx, Vedula, Bronstein: Inference-time optimization for experiment-grounded protein ensemble generation arxiv.org/abs/2602.24007 arxiv.org/pdf/2602.24007 arxiv.org/html/2602.24007
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 27/02/2026
Interested in a 12-month postdoc in Brazil? 🇧🇷 Join us in vibrant São Paulo for cutting-edge research in biomolecular simulation and design. 🤓 Check out the details here: fulbright.org.br/awards-for-u...
fulbright.org.br
Fulbright Postdoc in Brazil in partnership with FAPESP
The Fulbright Postdoc program in Brazil opens in February 2026 U.S. scholars in all disciplines can apply to the fellowships in partnership with FAPESP
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revista piauí @revistapiaui.bsky.social · 12/02/2026
Cartum de Adão Iturrusgarai na piauí.
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Cole Group @colegroupncl.bsky.social · 27/01/2026
Now out in JACS! 🎉 : "Computing Solvation Free Energies of Small Molecules with Experimental Accuracy"! It's been a pleasure to collaborate on this with Harry Moore (@jhmchem.bsky.social) & Gábor Csányi pubs.acs.org/doi/10.1021/...
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Alicia Kowaltowski @aliciakowaltowski.bsky.social · 27/01/2026
Se inscrevam! www2.sbbq.org.br/jovemtalento/
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Luís Nassif @luisnassif.bsky.social · 17/01/2026
O dossiê do GGN sobre o caso Master Uma compilação das investigações, dos envolvidos e das revelações que expõem a maior crise do mercado financeiro brasileiro jornalggn.com.br/noticia/o-do...
jornalggn.com.br
O dossiê do GGN sobre o caso Master
Uma compilação das investigações, dos envolvidos e das revelações que expõem a maior crise do mercado financeiro brasileiro
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 08/01/2026
O futuro será moldado pela capacidade de integrar conhecimento biológico diverso e detalhado com ferramentas computacionais avançadas. jornalggn.com.br/artigos/um-n...
jornalggn.com.br
Um novo horizonte para as ciências da vida através da IA, por Guilherme M. Arantes
O futuro será moldado pela capacidade de integrar conhecimento biológico diverso e detalhado com ferramentas computacionais avançadas.
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Jornal GGN @jornalggn.bsky.social · 08/01/2026
A Caixa-Preta da Lava Jato: Novo documentário do GGN estreia em 13 de janeiro; assista ao teaser O documentário mostra que a Lava Jato lançou mão de expedientes heterodoxos que ainda não foram investigados nem punidos jornalggn.com.br/destaque-cap...
jornalggn.com.br
Documentário A Caixa-Preta da Lava Jato estreia em 13 de janeiro
O documentário mostra que a Lava Jato lançou mão de expedientes heterodoxos que ainda não foram investigados nem punidos
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AI x Bio Discovery @aixbiobot.bsky.social · 07/01/2026
De novo design of metalloproteases for targeted amyloid-β cleavage][new] Generative model Proteus2 designs metalloproteases to target and cleave specific amyloid-β peptide bonds, demonstrating sequence-specific proteolysis.
De novo design of metalloproteases for targeted amyloid-β cleavageFigure 1Figure 2Figure 3
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Itai Yanai @itaiyanai.bsky.social · 05/01/2026
"Choosing problems is the primary determinant of what one accomplishes in science." 'Now What?' by Nobel Laureate John Hopfield should be required reading for aspiring scientists. pni.princeton.edu/document/1136
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Marcelo Soares @msoares.bsky.social · 01/01/2026
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Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 25/12/2025
Merry Christmas! 🎄 🎁 🤩
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Jeffrey J. Gray @jeffreyjgray.bsky.social · 23/12/2025
As someone trained in physics, this project really helped me learn the nuances of denoising diffusion models. The “time” variable acts as an alchemical transformation—e.g. RFDiffusion transforms between protein structure and an ideal gas. Read the paper here! www.biorxiv.org/content/10.1...
2103
Guilherme M. Arantes @garantes.bsky.social · 10/12/2025
@mit.edu just announced an initiative for quantum technologies. In the less than five months here, this is the second large-scale strategic launch I've seen. It's impressive how naturally it brings together faculty like Eric Lander, Peter Shor, and Wolfgang Ketterle to support it.
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Bryan Bryson @thebrysonlab.bsky.social · 07/12/2025
The @ragoninstitute.bsky.social is launching a new faculty search for a computational immunologist! Applications are open now and reviewed on a rolling basis. Please share broadly with your networks! #immunosky www.nature.com/naturecareer...
nature.com
Computational Immunologist - Boston, Massachusetts (US) job with Ragon Institute of MGH, MIT, & Harvard | 12849577
The Ragon Institute of Massachusetts General Hospital, Massachusetts Institute of Technology, and Harvard in Cambridge MA, together with the Departmen
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Antonio Luiz M. C. Costa @aluizcosta.bsky.social · 07/12/2025
Um mapa interessante.
241739543
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Andrew Fishman @andrew.intercept.com.br · 08/12/2025
“AI is the asbestos in the walls of our technological society, stuffed there with wild abandon by a finance sector and tech monopolists run amok. We will be excavating it for a generation or more.” tl:dr don’t be anti-AI, be anti-bubble and anti-monopolist and anti-bubble BS hype
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Boston Protein Design and Modeling Club @bpdmc.org · 05/12/2025
Join us Wednesday December 10th for an amazing seminar by @yehlincho.bsky.social to cap off 2025. See you at 7pm EST in Room 6055, Longwood Center @danafarber.bsky.social "How AF3-Style Structure Prediction Models Can Be Used for Protein Design: BoltzDesign and Protein Hunter" bpdmc.org
bpdmc.org
schedule
introduction and membership Boston Protein Design and Modeling Club (BPDMC) is a community of computational protein engineers and modelers from both academia and industry. While we are based in Boston...
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Letícia Cesarino @letcesar.bsky.social · 06/11/2025
e digo mais: servidores estrangeiros em solo brasileiro não só não garante soberania como pode ser cavalo de troia CONTRA nossa soberania territorial. quem acha exagero é pq não conhece a ideologia neoreacionária, nem sabe como pensam o Thiel, o Altman e outros "fundadores" de empresas de IA.
outraspalavras.net
Serpro: Brasil está vendendo sua soberania digital? | Outras Palavras
Em troca de “pacotes de nuvem”, empresa pública entrega dados sensíveis -- do SUS à Receita Federal – para as big techs. Há o risco dos EUA também acessá-los. Resgatar princípios do software livre, ho...
9338130
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Konrad Hinsen @khinsen.scholar.social.ap.brid.gy · 03/11/2025
Micrograd: a pedagogical implementation of neural networks using a reverse-mode automatic differentiation engine. hyperdoc.khinsen.net/94FE4-micrograd I have written this as a real-life example of explorable explanations in HyperDoc. Feedback welcome at […]
scholar.social
Original post on scholar.social
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Kresten Lindorff-Larsen @lindorfflarsen.bsky.social · 29/10/2025
Accessible, uniform protein property prediction with a scikit-learn based toolset AIDE Artificial Intelligence Driven protein Estimation (AIDE), enables instantiating, optimizing, and testing many zero-shot and supervised property prediction methods doi.org/10.1093/bioi...
Figure 1 from the paper showing and overview of the AIDE package, which provides a scikit-learn model subclass that operates on a dataclass representing proteins as opposed to numpy matrices, and number of mixin protocols for protein models to adopt common behavior and compatibility checks for user data. These models are drop-in compatible with existing scikit-learn classes and pipelines, allowing for multistep processes to be defined within a single script in a reproducible way like one would for a traditional scikit-learn application.Table listing the methods currently available within AIDE
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Mohammed AlQuraishi @moalquraishi.bsky.social · 28/10/2025
OpenFold3-preview (OF3p) is out: a sneak peek of our AF3-based structure prediction model. Our aim for OF3 is full AF3-parity for every modality. We now believe we have a clear path towards this goal and are releasing OF3p to enable building in the OF3 ecosystem. More👇
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IEA-USP @ieausp.bsky.social · 24/10/2025
A biomimética é considerada uma área estratégica para a agenda de inovação e sustentabilidade. Encontro no dia 29 de outubro, às 8h30, destina-se a difundir como a ciência e a comunidade científica internacional têm abordado o tema. Informações: www.iea.usp.br/eventos/biologia-evolutiva-biomimetica.
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Ryota IINO 飯野亮太 @ryotaiino.bsky.social · 18/10/2025
Structures of rotary ATP synthase from Thermus thermophilus during proton powered ATP synthesis | Science Advances www.science.org/doi/10.1126/...
science.org
Structures of rotary ATP synthase from Thermus thermophilus during proton powered ATP synthesis
Cryo-EM snapshots of the ATP synthase driven by proton motive force reveal the torsional deformation during ATP synthesis.
04012