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奥山雄大ver.欲深

@yokubukayama.bsky.social
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生物学全般を愛する研究者。 著書「多様な花が生まれる瞬間」(慶應義塾大学出版会) 研究紹介ウェブページ sites.google.com/site/okuyamanokenk… 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻(准教授・兼任)で一緒に研究する大学院生を募集してます!

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Maddy Seale @maddyseale.bsky.social · 02/01/2026
Large scale genomic analysis also feeds into our papers on plant evolution and inheritance with papers on epigenetic inheritance, the evolution of metabolic enzymes in carrion-mimicking plants, speciation and reproductive isolation in plants, as well as climate adaptation of alpine plants (17/22):
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Maddy Seale @maddyseale.bsky.social · 02/01/2026
Continuing in the genetics world, research on crop genetics and domestication continues to provide insight, with investigations of chromatin accessibility in maize, variation in seed dormancy traits in barley, and exploration of domestication and diversity in adzuki bean and manioc genomes (15/22):
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Maddy Seale @maddyseale.bsky.social · 02/01/2026
At the end of 2024 I did a chronological round up of all the #plantscience in @science.org that year. So how did 2025 pan out? This year, I’m grouping papers thematically instead of chronologically so read on to find out what exciting plant science came out over the last 12 months. (1/22)
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 07/12/2025
ハマヒサカキはなんかこの時期に咲くものがあるみたいですね。
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kazy @gakeau.bsky.social · 07/12/2025
鳥羽旅行。鳥羽のいいお宿に泊まったら部屋に古事記全訳英訳付きがおいてあって「さすがお伊勢…誰が訳したんだろう…」と思って見てみたら古事記普及委員会 竹田恒泰訳」とあって一気にこれはあかんやつやとなった。こんなとこで金稼いどるんやなあ。
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ICAN Japanese @nuclearban-jp.bsky.social · 18/11/2025
「人類史上初の原爆、被爆の惨禍を経験した場所として、非核三原則は絶対に守るべきものだ」 「抑止は否定するものではないが、そこに『核』という要素が入るとリスクが高くなることを政府は認識し、核抑止から脱却する方策に全力を注いでほしい」 広島県知事、非核三原則「絶対守るべき」 高市政権の見直し論受け|毎日新聞 mainichi.jp/articles/202...
mainichi.jp
広島県知事、非核三原則「絶対守るべき」 高市政権の見直し論受け | 毎日新聞
核兵器を「持たず、作らず、持ち込ませず」の非核三原則のうち「持ち込ませず」について高市早苗首相が与党内で見直し議論を開始させる検討に入ったことに対し、広島県の湯崎英彦知事は18日の定例記者会見で「報道ベースのため現時点で予断は控える」とした上で、「人類史上初の原爆、被爆の惨禍を経験した場所として、
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ごとうなな @nijinana.bsky.social · 24/06/2025
ウナギいきのこりすごろくは、初めて手元にいるウナギ数十匹が、すごろくを進めていくうちに悉く減っていくのを体験するゲーム。 ウナギが置かれている過酷な環境や、人的影響を可視化して、子どもも大人も体感的に学べるゲームです。おすすめ。 www.nacsj.or.jp/unagi_game/
nacsj.or.jp
ウナギいきのこりすごろく
日本自然保護協会・中央大学で開発した、遊んで学べるニホンウナギのすごろくについてご紹介します。
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Pour en savoir plus sur les mécanismes évolutifs à l’origine de ce mimétisme olfactif : - L’article d’origine dans @science.org : www.science.org/doi/10.1126/... - Une synthèse vulgarisée (mais en anglais) de l’article : pure.mpg.de/rest/items/i...
science.org
Convergent acquisition of disulfide-forming enzymes in malodorous flowers
Identifying the metabolic and genetic changes that confer evolutionary novelty is essential for understanding the factors facilitating or constraining the occurrence of traits. We show that dimethyl d...
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Chez certaines plantes à l’odeur de charogne, le gène de l’enzyme découpant le méthanethiol a été dupliqué et quelques mutations d’une des copies ont suffi à lui faire fabriquer une assembleuse de méthanethiol, produisant d’autres molécules odorantes. C’est un bel exemple de néofonctionnalisation !
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Or, quand un gène existe en plusieurs exemplaires dans le génome, certaines versions peuvent évoluer en accumulant des mutations sans que cela pose de problème, tant qu’une des copies reste capable de remplir la fonction initiale.
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Cette innovation a pu émerger grâce à la duplication d’un gène. Différents mécanismes moléculaires peuvent être à l’origine de ce phénomène classique de l’évolution, qui consiste en l’apparition d’un voire plusieurs nouveaux exemplaires d’un gène dans le génome, copies de la version initiale.
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Les molécules odorantes sont produites par l’assemblage de plusieurs molécules de méthanethiol, par des enzymes dérivées de celles qui dégradent normalement ce composé. Des ciseaux moléculaires ont été transformés en scotch… par seulement deux ou trois mutations dans le gène correspondant !
Schéma montrant une molécule de méthanethiol sur la gauche et deux de ses devenirs possibles : la dégradation en molécules plus petites ou l'assemblage en molécules plus longues et odorantes.
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Une équipe japonaise a récemment identifié l’enzyme responsable de la production des composés soufrés qui donnent leur parfum de charogne à certaines fleurs, notamment celles des plantes du genre Asarum. Et cette enzyme est très proche d’une protéine à la fonction opposée.
Capture d'écran du titre de l'article : Convergent acquisition of disulfide-forming enzymes in malodorous flowers (acquisition convergente d'enzymes productrices de disulfide chez les fleurs malodorantes).
Paru dans Science le 8 mai 2025.
DOI : 10.1126/science.adu8988
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Société Botanique de France @societebotaniquedefrance.fr · 06/06/2025
Pour attirer leurs pollinisateurs, certaines plantes à fleurs emploient une technique radicale : émettre un parfum de charogne. Croyant repérer un alléchant cadavre, des insectes explorent les fleurs et repartent chargés de pollen. Mais comment s’y prennent les plantes pour avoir cette odeur ? 🤔
Photo de fleurs d'Asarum blumei en pot. Un pétale vert vertical replié sur lui-même est visible au centre de l'image. À sa base se trouvent deux fleurs violet foncé, mouchetées avec une texture assez mâtes. Elles sont formées de trois pétales à peu près triangulaires disposés symétriquement autour d'un coeur creux s'enfonçant vers l'arrière de la fleur.
Par KENPEI, via wikimedia commons
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windowmoon@bluesky @windowmoon.bsky.social · 30/05/2025
旧帝の学生のコンサル行きは本当に増えてますね。他業種に比べると虚業度合いは高い印象を持っている。コンサルは必要だろうけど、そこばかり栄えるのはだいぶまずい気がします。
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Maddy Seale @maddyseale.bsky.social · 30/05/2025
The domestication of adzuki beans. #PlantScience in this week's @science.org magazine. www.science.org/doi/10.1126/...
science.org
A single domestication origin of adzuki bean in Japan and the evolution of domestication genes
Adzuki is a central legume in East Asian culinary culture, yet its domestication origin remains debated. Using ~700 accessions across Asia, we show that the initial domestication happened three to fiv...
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 29/05/2025
切ない、、、。昔飼育してたけど、素晴らしい動物なんですが。アジアにはいないタイプの樹上性の植食性爬虫類という特殊なニッチ。ニホンザルとかと競合しそう。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 28/05/2025
カンアオイの臭い花進化研究、朝日新聞にも記事にして頂きました。生き物の話題では定評のある矢田さんに執筆して頂きました!5月29日 17:18まで全文お読みいただけます。 digital.asahi.com/sp/articles/...
digital.asahi.com
くさい花をくさくする遺伝子解明 「日本の植物園だからできた」研究:朝日新聞
腐敗臭などを放つ「くさい花」は、どうやって強烈なにおいを生み出しているのか――。国立科学博物館などのチームが、その秘密に迫る成果をまとめた。米科学誌サイエンスに報告した(https://doi.or…
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Takehiko MAKINO @takehikom.bsky.social · 23/05/2025
「長年にわたって、保守派が高等教育機関のエリート層に抱いてきた不信感」があるとしても、トランプは単に、自分に跪くことを拒否する相手を徹底的に潰そうとしているだけなのだと思う。こういう具体的な手口を自分一人で思いつくとは思えないので誰か入れ知恵している人間がいるのだろうけど、ここまで来ると、実はアメリカを潰すために送り込まれた諜報員だと言われても驚かないなあ。
001
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Takehiko MAKINO @takehikom.bsky.social · 23/05/2025
www.nhk.jp/p/catchsekai... アメリカの自己破壊行為というだけにとどまらないでしょう。アメリカからの頭脳流出で研究者の移動が起こる中では、科学や技術の成果が出るペースも落ちざるを得ない。これは世界的な損失で、移動の結果として新たに最適化された分布になるまではそれが続くだろう。しかもその結果がアメリカに研究者が集まるこれまでの体制よりも優れたものになるのかどうかも分からない。 > イギリスの経済紙エコノミストは「MAGA、つまりトランプ政権の科学への攻撃は重大な自己破壊行為だ」と指摘。
nhk.jp
【解説】米トランプ政権vs名門大学 対立激化の行方は - キャッチ!世界のトップニュース
米トランプ政権は、 ハーバード大学に対して留学生を受け入れる機関としての認定を取り消すと発表。経緯や背景を横川浩士キャスターが解説。
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吉澤和徳 @psocodea.bsky.social · 23/05/2025
Mesquite4 beta www.mesquiteproject.org
mesquiteproject.org
Mesquite Project
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 21/05/2025
生態学は小学校から教えてもいい学問。
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Kensuke Nakata @cyclosa.bsky.social · 21/05/2025
生き物を舐めてかかるから。メディア使った操作は効かないよ。 news.yahoo.co.jp/articles/e70...
news.yahoo.co.jp
大屋根リングの柱にびっしり...万博で「ユスリカ」大量発生 運営は殺虫剤などで対策、専門業者へ相談も(J-CASTニュース) - Yahoo!ニュース
大阪・関西万博で、虫が大量発生しているとしてXで複数投稿され、注目を集めている。特に海辺に位置する「ウォータープラザ」周辺で発生しているようで、大屋根リングの柱に大量の蚊のような虫がついている写真
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 21/05/2025
ハンブラビがあっさり退場して悲しいです。
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Yasuhiro (Yasu) Sato @yassato.bsky.social · 19/05/2025
Awesome work including natural history, chemical ecology, plant-pollinator interactions, and many other aspects. Must-read!
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 19/05/2025
This paper, which was fortunately published in Science, is the fruits of more than 20 years of my scholarly pursuit in biology, and I believe that I have finally achieved one of the milestones, which I had envisioned in my mind, of my research. Below I would like to tell the story behind it.
science.org
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Oca sapiens @ocasapiens.bsky.social · 09/05/2025
the news by @heidiledford.bsky.social is. Incipit: "With a nickname like ‘skunk cabbage’, the infamously stinky flowers of Symplocarpus renifolius are unlikely to grace a bridal bouquet." See also www.theguardian.com/environment/...
nature.com
How skunk cabbages and other smelly plants brew their foul odour
A small tweak to a common enzyme gives plants the ability to make smelly sulfurous molecules.
011
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Oca sapiens @ocasapiens.bsky.social · 09/05/2025
#genetics #enzymes #coevolution A large part of @science.org reports on the US government's destruction of US science. So it's a pity the story of how Aristolochiaceae and two other plant genera evolved disulfide synthase to attract specific pollinators to their stinky flowers isn't OA. But 1/2
science.org
Convergent acquisition of disulfide-forming enzymes in malodorous flowers
Identifying the metabolic and genetic changes that confer evolutionary novelty is essential for understanding the factors facilitating or constraining the occurrence of traits. We show that dimethyl d...
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 08/05/2025
というわけで論文出ました。サイエンス誌のトップページをトクノシマカンアオイとその送粉者の写真が飾っています。ちょっと自分でも信じられないです。 www.science.org
science.org
Science | AAAS
Science/AAAS peer-reviewed journals deliver impactful research, daily news, expert commentary, and career resources.
22910
奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 07/05/2025
明日未明についに、これまでの研究人生のひとつの集大成と言える論文が出ます。プレスリリースはちょっと遅れていて本日午後に記者会に投げ込み予定です。なのにすでに海外4社、国内2社から取材依頼が来ていて、反響の大きさに驚いています。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 04/05/2025
日本自然保護協会の会報、自然保護の最新号にインタビュー形式の記事を掲載して頂きました。花と昆虫の関係が分かりやすく包括的に紹介されており大変いい記事と思います。師匠の加藤真先生の論説も一緒に掲載されており光栄です。全国の自然保護の担い手に読まれてるだけあり、毎号読み応えあります!
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Daisuke Akaishi @daicha5.bsky.social · 16/04/2025
大学教員が左寄りでなくてどうすると思うがな。世の中の矛盾を見過ごさず、空気を読まず、世の中わかってないと笑われながら青臭い正論吐いてなんぼだろ。
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Dr. RawheaD @rawhead.bsky.social · 19/03/2025
アメリカで開催される学会に出席するために渡米したフランス人科学者が、チャットのメッセージでトランプ政権の政策を批判してるのが入国管理官の目にとまり入国拒否された、という、もう完全にイっちゃってる出来事が既に起きているンですよ。
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Kensuke Nakata @cyclosa.bsky.social · 18/03/2025
学会が終わってアメリカの状況を見て、私たちが踊っている基盤の脆弱さという現実に引き戻される。 というか、学会で発表を聞いている時も、なんかこれは砂上の楼閣では?という感覚がわずかにあった。これまでなかったことだ。
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Takefumi Nakazawa @takefuminakazawa.bsky.social · 18/03/2025
他人がとってくれた記録をまとめてマクロエコロジーだ高IFだウェーイとかかっこいいことだけ言ってないで、自分たちできちんと泥臭い記録を残しましょう。 #esj72
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 19/03/2025
というわけで、最近ちょっとずつ読み進めている。まだファーブルの半生を描いた半分ほどまでしか読んでないけれどこれは本当に名著で、多くの人に読んで欲しい。自然科学者はかくありたし、とあらためて思います。 本書、著者のルグロ博士がいかにファーブルに心酔していたかも分かるのが本当に良い。ルグロ博士の尽力がなければ、遠く極東のこの地までファーブルの偉業は伝わらなかっただろうし、多くのファーブルに魅せられた日本の自然科学者は育たなかっただろう。僕もその端くれです。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 19/03/2025
生態学会からの帰りです。昨晩はかめふじ氏の素晴らしい講演を聴いたのち、自然保護専門委員会のコアメンバーと懇談会でした。最近自分の研究は分子生物学寄りになっていますが、本来の目的は生き物の実際を遺伝子レベルまで見通した上でマクロに理解すること、という初心をあらためて思い出しました。 最近ファーブル伝も読みあらためて肝に銘じているのですが、概念は概念に過ぎず、現象を泥臭く見ることでしか生き物の実態には迫れない、と思います。フィールドでの観察、実験ベースの生態学こそが王道です。そして、生き物が実際に息づくフィールドそのものを守らなければ生物学の未来はありません。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 18/03/2025
かめふじ氏の受賞講演、マジで名講演やった!
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sakumad2003 @sakumad2003.bsky.social · 18/03/2025
#ESJ72S16 「先端技術が切り拓く植物―動物―気候フィードバック研究の最前線」に異動。花の香りと送粉者の関係を下にした種分化の研究は、生態だけでなく、化学物質をつくる機構が遺伝子に結びついてるので、遺伝的解析に着実にいけるので有利と奥山さん。なるほどねぇ。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 18/03/2025
生態学会シンポ、「先端技術が切り拓く植物―動物―気候フィードバック研究の最前線」で無事発表を終えて、自然保護専門委員会のフォーラムに参加してようやくお昼です。ご来聴の皆さまありがとうございました。最後らへんのカンアオイの話は、今日話さなかった内容も含めて4月にたぶん出版になると思います。あそこからさらに驚きの展開があるのでご期待下さい。
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Ecological Research @ecologicalresearch.bsky.social · 15/03/2025
We were honored to celebrate with our Awardees at the ceremony. Congratulations to all!👏 From left to right: Hiroshi Tomimatsu (EiC of Ecological Research @hrstm.bsky.social ), Kohmei Kadowaki, Naoyuki Nakahama @naoyukinkhm.bsky.social, Samuel R. P.-J. Ross #ESJ72 #ERPaperAward
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 09/03/2025
7kmランニング出勤。昨年9月末あたりから習慣化しているランニングが、いつしか論文がうまくいく願掛けのようになっていて、実際に論文がうまくいったのでもはや幸福のためのジンクスのようになっている。
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Sayaka Oki おきさやか @okisayaka.bsky.social · 08/03/2025
学術会議法人化案、想像以上にまずい。アカデミーなのに戦前の軍事兵器開発者向けみたいな文言が! 第三四条「会議の役員、役員以外の会員及び職員は、職務上知ることのできた秘密を漏らしてはならない。その職を退いた後も、同様とする」 通常、職を退いた後も縛るのはあり得ない! しかも第五五条によると、違反者は一年以下の拘禁および50万以下の罰金、らしい。普通こんなのは政府が機密事項に関する法律を定めて運用すべきことで、アカデミーの会則に入れるのはおかしい。軍事との関係が強めな米国科学アカデミーの規定すらそのように運用している。 www.cao.go.jp/houan/pdf/21...
cao.go.jp
4390308
奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 05/03/2025
研究人生20年余りの集大成と言える大論文がアクセプトされて超ハッピーな朝です。研究成果を世界に共有できるのが楽しみです。4月中には公開になるのではないかと思います。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 16/02/2025
研究者人生で最大かつ最重要の論文の改訂を完了し、後は果報を寝て待つだけ。清々しい気分です。
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奥山雄大ver.欲深 @yokubukayama.bsky.social · 16/02/2025
僕はスターリンクが星空を汚してるという話を知ってから、マスクは知を愛する人物ではないと認識しました。あっという間に反知性のアイコンみたいになりましたね。
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星 暁雄 (Akio Hoshi) @akiohoshi.bsky.social · 08/02/2025
私の意見では、英語圏のテック・ブロ(テック野郎)たちには思想上の脆弱性があり、そこを突かれて怪しい信念体系に占拠されてしまったのである 残念なことに、英語圏では大陸ヨーロッパの倫理学(特にカント)が不人気である。人権のアイデアも、英語圏の哲学者の間では不人気である(ロールズでさえ人権のアイデアをうまく咀嚼できていない)。 21世紀に入り、国連機関や世界経済フォーラムやEUらが到達した「人権、倫理を基盤に企業と社会を協調させていく」という思想は、英語圏の経営者らからは奇異に、空想的に見えてしまった。 これは悲劇的なすれ違いだと考えている。
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星 暁雄 (Akio Hoshi) @akiohoshi.bsky.social · 08/02/2025
追記: ビッグテック経営者はもとより、いわゆる「テック・ブロ」と呼ばれる人々は、「技術とスタートアップ経営を身につけた自分たちは一般人よりもよく分かっている」という意識を持っている。どの分野でも、専門家とはそのような考え方をするだろう。 問題は、その信念を専門外の分野に向けてしまうことだ。 このような思考のバグを付いて、新反動主義、加速主義、「暗黒啓蒙」などと呼ばれる怪しい信念体系が広がった。ピーター・ティールやマーク・アンドリーセンはこうした怪しい信念体系を信奉しているし、イーロン・マスクも同類である。 (続く
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星 暁雄 (Akio Hoshi) @akiohoshi.bsky.social · 07/02/2025
私の個人的な意見では、デジタルテクノロジー業界は、製鉄、建設、自動車、航空機、電機といったより古い業界のように、社会と協調した穏やかな成長を目指す段階に入った。検索エンジンもSNSもネット広告も、人々を害さないような形により洗練させ、穏やかに成長できる余地はあるはずである。例えばEUの法規制はそれを求める内容だ。 だがビッグテック経営者たちは、こうした考え方を拒否する。 いままでさんざん持ち上げられてきたので、新しい思考を受け入れられないのだ。「自分たちのビジネスが人々を害している」という批判を受け入れられない。 この構図をまず認識すること。認識を共有すること。それが私の当面の目標だ。
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星 暁雄 (Akio Hoshi) @akiohoshi.bsky.social · 07/02/2025
ここから先は、あまり楽しくない世界になる。 まず「技術が世界を変える」楽観論が通用しなくなる。理由は、ムーアの法則の減速、インターネット普及率向上、ビッグテックのシェアの大きさ。じっさい、GoogleやFacebookの後で彼らを越えるテック企業は登場していない。 テック企業経営者たちも「思うようにいかない」と感じているはずである。ザッカーバーグは次の一手を求めて決済、VR、AIと巨額投資を繰り返す。ビッグテック各社がAIデータセンターに巨額投資をするのは、他に急成長のネタが見つからないからだ。だがリターンは不確実である。 世界はすでに減速している。彼らはそのことを認めたくない。
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