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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 01/10/2026

Just released the napari-clusters-plotter 0.11.0 github.com/BiAPoL/napar..., a little passion-project of mine for interactive exploration of datasets and attached features in @napari.org Two cool things to take note of 👇

github.com

GitHub - BiAPoL/napari-clusters-plotter: A napari plugin for clustering objects according to their properties.

A napari plugin for clustering objects according to their properties. - BiAPoL/napari-clusters-plotter

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 23/09/2026

🚨New release: NGFF specification 0.6 🚨 Last week, we formally released the latest version of the NGFF specification: 0️⃣.6️⃣( ngff.openmicroscopy.org/specificatio...) Let's take a small tour through the things possible with #ome-zarr 0.6 now that this is out! 👇

ngff.openmicroscopy.org

Version 0.6 — NGFF documentation

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Claas Gefroi @claasgefroi.bsky.social · 17/09/2026

Könnte vielleicht auch daran liegen, dass es in Kanada verlässliche Rahmenbedingungen gibt, sprich: keinen russlandfreundlichen Regierungschef, kaum Rassismus und keine Rechtsextremisten ante portas.

Tweet von Michael Kretschmer:
Das Pharmaunternehmen #GlaxoSmithKline wird seine #Produktion von Dresden nach Kanada verlagern. Da müssen wir uns fragen: Was unterscheidet den Produktionsstandort von #Deutschland?

#Energie ist in Kanada deutlich günstiger als bei uns. Die Menschen arbeiten dort durchschnittlich 1.600 statt 1.300 Stunden im Jahr. Hinzu kommen bei uns immer mehr Vorgaben und #Bürokratie – von der Kommunalabwasserrichtlinie bis zur Verpackungsverordnung.

Die geplante Schließung zeigt exemplarisch die Probleme unseres Wirtschaftsstandorts. Deutschland hat es in der Hand, diese Bedingungen zu verbessern.

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Juan Nunez-Iglesias @jni.codes · 20/08/2026

Me: it is perfectly safe to run this find/sed command, as I am version-controlling my files with git. Sed command: ✨ I am editing files inside .git ✨ Me: Well. Fuck.

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ADFC Sachsen e. V. @adfcsachsen.bsky.social · 15/09/2026

Seit 25 Jahren arbeitet der #ADFC daran, dass man am Bahnhof #Dresden Neustadt sein Rad gut abstellen kann: Regengeschützt, diebstahlsicher und geschützt vor Vandalismus. Heute war erster Spatenstich! Das ist wirklich ein guter Tag für das #Fahrradland Sachsen. 💗🚲 www.diesachsen.de/dresden-news...

diesachsen.de

Ende des Park-Chaos am Bahnhof Neustadt: Neues Fahrradparkhaus kommt!

Nie wieder Angst ums teure E-Bike! Ein beleuchteter Holzbau bringt überdachte Stellplätze und ein stadtweites Buchungssystem nach Dresden.

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German BioImaging @gerbi-gmb.de · 28/08/2026

"What the heck is…OME-zarr/NGFF" Demystifying bioimaging tech: no jargon, no judgment, just real conversation with @jo-soltwedel.bsky.social on the latest tools & trends. 📅 Sept 3, 1–2:30 PM (Zoom) Register: t1p.de/0byxl | Infos: t1p.de/zkcnd #opensource #ngff #ome #bioimaging

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Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics @mpi-cbg.de · 24/08/2026

We are celebrating 25 years since opening our building in Dresden on January 22, 2001! #25yearsmpicbg www.mpi-cbg.de/news-outreac...

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Aafke Gros @aafkegros.bsky.social · 24/07/2026

Microscopy Nodes 3.1 is out for Blender 5.2! 🎉 This has cool new features for conditional masking, working with even larger data (regional upscaling), and data manipulation! Watch the new youtube tutorials that explain the features: www.youtube.com/playlist?lis...

A FIB-SEM plankton visualization where the top shows only the volumetric data of the chromosomes, and the bottom a normally sliced region of the cell.

A fluorescence microscopy dataset where a region has been reloaded to be much higher resolution

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 17/08/2026

One cool feature in the latest #ome-zarr spec are "projectAxis" transforms 📽️: Projecting images into higher dims (i.e. 2D->3D) is absolutely transformative for some use cases! Now to do this with maaaany more slides 🔬 Dataset from rodare.hzdr.de/record/3131 cc @napari.org

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Joel Lüthi @joelluethi.bsky.social · 14/08/2026

We're excited to announce the 2026 OME-Zarr hackathon 🎉 📅 Date: November 2nd - November 6th 2026 📍 Location: University of Zurich, Zurich, Switzerland 💻 Virtual participation: possible for Monday afternoon, 1:00 PM CET 6:00 PM CET biovisioncenter.notion.site/2026-ome-zar... (1/6 🧵)

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Cleanthinking.de - Sauber in die Zukunft @cleanthinking.wsocial.eu · 14/08/2026

Der Basiseffekt der Erderhitzung wurde schon 1912 verstanden, wie das Bild zeigt, dass Gavin Mooney heute gepostet hat. Glückwunsch an die Menschheit für ein Jahrhundert Ignoranz.

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 23/07/2026

Not going to be in Cracow for the big event so had to make do with a small impromptu @napari.org x @openmicroscopy.org #omezarr Hackathon in Bern 🔬🇨🇭 @m-albert.bsky.social @guiwitz.bsky.social

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 18/07/2026

Just passing through, but wouldn't miss this stunning piece of #brutalism - St. Joseph in #lehavre, France

Interior of st. Joseph in Le Havre, France

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napari @napari.org · 12/07/2026

Struggling for something to do in a TWO DAY gap without ⚽? How about trying our pre-release of napari 0.8.0? napari.org/dev/release/... Of note, this release drops Py3.10 support and deprecates PyQt5 in favor of PyQt6. It also adds some neat new features and improvements! See below: 👇

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Maja Göpel @beyond-ideology.bsky.social · 07/07/2026

Warum fällt es mir schwer, hier an Zufall zu glauben? Und selbst wenn es einer sein sollte: das ist ein Versagen vermeintlich „neutraler“ KI. Gerade im Vergleich zu Claude mit viel ausgewogeneren Werten.

Tabelle, welche Nachrichtenportale von ChatGPT am meisten zitiert werden und „welt.de“ vom Springer Konzern liegt mit 264 mit sehr großem Abstand an der Spitze. Dahinter liegt Deutschlandfunk mit 55 und graduell absteigend weitere 8 Medien bis zum Wert 12.

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 03/07/2026

🚨Just out: #NGFF specification 0.6 (rc0): ngff.openmicroscopy.org/specificatio... What's new, what's what? Short thread 🧵👇

ngff.openmicroscopy.org

Version 0.6rc0 — NGFF documentation

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 02/07/2026

That's one satisfying github notification list to end the day with 🏝️ Now just one more thing to do...

A github notification list with many fixed issues and merged pull requests.

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German BioImaging @gerbi-gmb.de · 29/06/2026

🚨 TiM2027 Deadline Extended! More time to submit your workshop! New deadline: July 14, 2026 Don’t miss your chance. 🔗 Apply now #TiM2027 #DeadlineExtended #Microscopy

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Voilà: Francis Gagnon @chezvoila.com · 25/06/2026

Nothing like a good chart comparing projections vs actuals. We need more of these! 📊

Two line charts side by side.
Left: Annual carbon storage. About 20 projection lines show optimistic scenarios with considerable growth. The line for actual capacity is pracitcally flat.

Right: Solar power. About 40 lines for projections show growth of varying degrees. The line for actual solar electricity production is much steeper than all of the projections, showing chronic underestimation.

Source: ProPublica

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 25/06/2026

Just the occasional this-thing-is-really-easy-in-ome-zarr-0.6 kind of post: Stitching in napari @napari.org with napari-stitcher (@m-albert.bsky.social) and napari-ome-zarr (@will-j-moore.bsky.social) (WIP) : (Sample data from the awesome big-stitcher tool github.com/JaneliaSciCo...)

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Michael Friendly @datavisfriendly.bsky.social · 25/06/2026

#TodayinHistory #dataviz #Onthisday #OTD 📊 🎂Jun 24, 1738 Johann Friedrich von Charpentier born in Dresden, Germany 🇩🇪 In 1778 he made insightful & delightful geological maps of distribution of soils, minerals 😻Gotta love that legend/palette in the detail

Detail of Charpentier's map of soils and minerals showing the color/shading legend on a pile of stone blocks

Portrait of Johann Friedrich von Charpentier

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Parents For Future #EndFossilFuels 🪧🛢️❌ @parentsforfuture.de · 23/06/2026

Zugbetrieb Bundesweit eingestellt www.zuginfo.nrw Aufgrund eines Ausfalls des Zugfunkes ist der Zugbetrieb Bundesweit eingestellt. Das Ende können wir leider noch nicht abschätzen. Grund: Technische Störung am #Zugfunk. Sobald uns weitere Informationen vorliegen wird die Meldung aktualisiert. 😮

tagesschau.de

Nordrhein-Westfalen: Bahnverkehr bundesweit komplett eingestellt

Die Bahn hat gerade offenbar massive Probleme mit dem Zugfunk. Deshalb ist der Zugbetrieb bundesweit eingestellt worden.

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Zach | Last Place Comics @lastplacecomics.bsky.social · 28/05/2025

🍝 Pasta Man 🍝

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Chris Schmidt @schmchris.bsky.social · 19/06/2026

4 days of #ELMI2026 have just come to an end. A huge thank you and congratulations to @ppbioimaging.bsky.social for an outstanding organization and hospitality. It was an honor to participate and represent @nfdi4bioimage.bsky.social's work within this great scientific community. 👏🙏

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NFDI4BIOIMAGE @nfdi4bioimage.bsky.social · 19/06/2026

You can't spell AI without FAIR❗ Here are the presentation slides from @jo-soltwedel.bsky.social talk, "You Can't Spell AI Without FAIR: How Data Management Leaves Footprints in Image Analysis," presented at the #ELMI2026 conference. 👉 Find the presentation on Zenodo: doi.org/10.5281/zeno...

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 17/06/2026

🚨New release 🚨 We just released ome-zarr-py 0.18 (pypi.org/project/ome-...), which brings an all new, shiny API for reading and writing #OME-ZARR data. Check out the documentation 📚 for more hints: ome-zarr.readthedocs.io/en/stable/ @openmicroscopy.org @will-j-moore.bsky.social

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 16/06/2026

Great interactive talk about surveys/interactive survey about talks and cognitive biases from my colleague @lisa-schaefer.bsky.social from @gerbi-gmb.de at #ELMI2026

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 16/06/2026

Just gave a talk at #ELMI2026 and a panel discussion about how #FAIR data impacts #AI and its use in #bio-image-analysis 🔬🧪- and what we at @gerbi-gmb.de do about it 👷👷‍♀️ Slides available here: zenodo.org/records/2070...

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Eugene Katrukha 🇺🇦 @ekatrukha.bsky.social · 17/11/2025

Turns out, there are fully opened LIDAR point scans of the whole Netherlands surface available geotiles.nl With up to 25 cm. It was hard not to load our building and around it into #bigvolumebrowser (22 M points + Fire LUT for height)

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German BioImaging @gerbi-gmb.de · 11/06/2026

Call for Workshops: TiM2027! Expert in microscopy, image analysis, or AI? Propose a workshop for Trends in Microscopy 2027! ✅ Hands-on learning ✅ Access to labs & industry gear ✅ Network with researchers 📅 Deadline: June 30, 2026 🔗 Apply: t1p.de/zxwxx #TiM2027 #Microscopy #BioImaging

t1p.de

Workshops - German BioImaging

Photo credits: Thomas Blank Information for Workshop Providers GerBI-GMB invites proposals for scientific and educational workshops for TiM2027. The workshop submission deadline is June 30, 2026....

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Image Cooperative @image.coop · 08/06/2026

Image Coop at the @embl.org chicken coop! Thanks to @erickratamero.com for hosting us, for the tour, and for the photo!

The Image Cooperative team (left to right: Draga Doncila Pop, Eric Perlman, Josh Moore, Juan Nunez-Iglesias, Kevin Yamauchi) helping feed the chickens at the EMBL chicken coop. Photo by Erick Ratamero who was on chicken duty at the time and was also kindly hosting us.

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wolfken; @stppnvvoelfchen.bsky.social · 25/05/2026

Tropennacht nr. 3, wir gehen rein🫠

tim und struppi meme. "What summer, huh?"
"captain it's may 25"

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Lauren Deschain @thatnerdchick.bsky.social · 25/05/2026

Thanks, Vonnegut. 💜

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Aljoscha Rittner (beandev) @beandev.social.tchncs.de.ap.brid.gy · 21/05/2026

Garbage in, Garbage out. Mit KI nur hübscher und teurer. (geklaut, wegen fehlender Bildbeschreibung) #AI #AgenticAI #genai

Dieses Poster veranschaulicht humorvoll das Informatik-Prinzip „Garbage In, Garbage Out“ (Müll rein, Müll raus) im Zeitalter der Künstlichen Intelligenz. Die Kernbotschaft lautet: KI kann schlechte Datenqualität nicht magisch korrigieren, sondern verpackt sie nur fortschrittlicher.

Die vier Stufen der Datenverarbeitung im Bild. Der Input visualisiert mit einem Datenbanksymbol und Kacke-Emoji

Machine Learning: Schlechte Daten führen direkt zu einem schlechten Ergebnis. Ein großer Kackhaufen.

Artificial Intelligence: Das Ergebnis bleibt schlecht, glänzt aber oberflächlich mehr. Ein großer Kackhaufen, der funkelt.

Generative AI: Erzeugt aus schlechten Daten optisch ansprechenden, bunten „Müll“ (z. B. plausibel klingende Halluzinationen). Ein funkelnder Kackhaufen in Regenbogenfarben.

Agentic AI: Ein ganzes Netzwerk autonomer KI-Agenten verbreitet und vervielfacht die schlechten Daten blitzschnell im System. Ganz viele Kackhaufen, die alle unterschiedliche Dinge tun (Musik hören, Krönchen tragen usw)

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 21/05/2026

Bye bye Google. Finally pushed the button and flashed myself a @grapheneos.org instance on my phone. #degoogle

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MyPet Health by Vetcation @vetcation.com · 20/05/2026

Wow, this is peak bird intelligence. These birds saw someone feeding a wounded bird, so they started pretending they were also injured.

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Ralf Steeg 🇺🇦🇬🇱 @herrvonschilf.bsky.social · 12/05/2026

Spannender Artikel: "Für einen gefällten Altbaum mit einer 20 Meter großen Krone brauche es etwa 400 neue Jungbäume, um den Verlust auszugleichen, heißt es in einer Studie der Technischen Universität Dresden."

taz.de

Stadtbäume unter Druck: Zwischen Klimakrise und Beton

Bäume tragen dazu bei, dass Städte auch in Zeiten der Klimakrise lebenswert bleiben. Es wird allerdings schwerer, den Bestand zu erhalten.

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NFDI4BIOIMAGE @nfdi4bioimage.bsky.social · 06/05/2026

What's new in Ome-Zarr 0.6? Ome-Zarr is a cloud-optimised next-generation file format #NGFF for bioimaging, aiming to increase #FAIR access and remove barriers in the scientific process. The latest version offers numerous improvements and features. 👉 Find out more on Zenodo: doi.org/10.5281/zeno...

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NFDI4BIOIMAGE @nfdi4bioimage.bsky.social · 30/04/2026

#OME2026 is coming to an end. It has been a truly welcoming, motivating, and inspiring experience full of intensive exchange and shaped by an exceptionally open and collaborative spirit. Grateful for the many insightful discussions, new connections, and shared ideas. Thank you!

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Talley Lambert @talley.codes · 06/02/2026

One of the funniest conversations I've ever had with Claude... stick with it through the third image to watch it slowly realize it's broken, try to "play it cool", fail spectacularly, then attempt self-aware commentary and immediately faceplant again. it's worth it, I promise.

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Johannes Soltwedel @jo-soltwedel.bsky.social · 28/04/2026

🚨ngff-spec release candidate out🚨 Just out: ngff specification version 0.6.dev4 (github.com/ome/ngff-spe...), which will be the last dev version (!) and mark the beginning of the 🚧spec-phase🚧 (see also forum.image.sc/t/ngff-weekl...) This means: let's develop some implementations 👷‍♀️👷‍♂️ #OME2026 👋

github.com

Release 0.6.dev4 · ome/ngff-spec

What's Changed fix: avoid non-unicode characters (dev) by @jo-mueller in #121 specification: Tie down possible output for coordinate transformation… by @jo-mueller in #109 Improve readability of m...

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