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Romain Koszul

@rkoszul.bsky.social
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#3Dgenome, #3R, #chromatin, #synbio, #microbiome... Opinions are my own.

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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 13/10/2026
Pour une des rares fois ou je veux accéder à HAL pour récupérer un article, je me fait dégager par Anubis de Techaro. Quelqu'un sait comment convaincre HAL que je ne suis pas une IA agressive ?
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Gro-Tsen @gro-tsen.bsky.social · 12/10/2026
Réponse que je viens de faire à un étudiant qui s'inquiète de ce que deviennent les maths: ⬇️
Extraits: «
Je suis en tout cas tout à fait d'accord avec ce que tu écris (et ton mail montre que tu saisis très bien la situation).  Je suis moi aussi persuadé que les boîtes d'IA ne sont pas préoccupées par la science (si elles l'étaient elles auraient donné plus de détails, par exemple sur l'ensemble des problèmes qu'elles ont essayé de résoudre, sur les moyens mis en œuvre, etc.).  Elles veulent juste entraîner et vendre leurs modèles, elles ont choisi les maths comme terrain de guerre et d'entraînement, et ça cause énormément de mal à la science.  Je rejette moi aussi l'idée que les maths deviennent une «espèce de math vibing, où il faut comprendre ce qu'un ordinateur a compilé, trituré et vomi dans un fichier» comme tu l'écris très bien. 

[…]

Je ne sais pas comment ça va finir, donc je ne peux certainement rien te promettre.  Mais je sais que «comprendre» est une activité humaine, que les ordinateurs ne peuvent pas faire à notre place (même s'ils résolvent les problèmes mieux que nous, ça ne sert à rien s'il n'y a pas des humains qui comprennent).  Peut-être que la recherche mathématiques va tourner plus son intérêt vers la quête des questions intéressantes, ou des points de vue éclairants ou une exposition élégante (y compris au grand public), que la course aux réponses aux problèmes difficiles: c'est ce que j'espère. 

[…]

Donc je ne peux pas te promettre sur ce qui arrivera demain. Manifestement tu as très bien compris les difficultés actuelles (mieux que certains de mes collègues chercheurs).  Je comprends tout à fait si tu décides de quitter les maths pour un autre domaine après ce parcours recherche: c'est justement le rôle de cette formation de te permettre de décider ce que tu préfères et ce qui te semble le plus intéressant et utile.  Mais ce que je peux dire avec certitude, c'est que si l'arrivée des IA dégoûte les étudiants prometteurs de faire des mathématiques, ce sera le pire mal qu'elles auront fait à cette science. 
»
912749
Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 08/10/2026
On peut ajouter la 3ème plus grande ile de l'adriatique (Brač) :-) ?
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NY Times Pitchbot @nytpitchbot.bsky.social · 08/10/2026
Whether it's Bill Clinton using tax-payer money to pay for the postage on letters back to people who wrote to his cat or Donald Trump steering hundreds of millions of dollars in government contracts to his son's companies, both presidents engaged in corruption on an unprecedented scale.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 05/10/2026
Oui mais du coup la jurisprudence dont il dit qu'elle va graduellement préciser ce point, elle dit quoi aujourd'hui ?
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Inrap @inrap.fr · 23/09/2026
🔎 Le rempart de la Lutèce gauloise retrouvé sous l’Hôtel-Dieu AP-HP à Paris Les archéologues de la Ville de @paris.fr et de l’Inrap ont mis au jour un mur de près de 20 m, caractéristique des fortifications gauloises de la fin de l’âge du Fer. En savoir plus 👉 www.inrap.fr/decouverte-a...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 21/09/2026
On peut dire que c est inspiré de faits réels pour etre généreux.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 21/09/2026
Oui c est assez etonnant comme narratif, to say the least...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 16/09/2026
Hein, naïfs, des présidents de BDE d'école de commerce ?
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 16/09/2026
ah, pas bête, mais ça mérite une catégorie à part si c'est ça :-)
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 16/09/2026
Curieux de savoir où ce trouvent les 14% de doctorants en SdV non financés, ou à l'inverse la définition de SdV dans cette enquête.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 11/09/2026
Je me demande quelle discipline sera la suivante sur la liste, parce que ca ne va pas s'arrêter là... je pense que bcp de chercheurs devraient lire ton billet... nonobstant la spécificité du cheminement de la recherche en math
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Gro-Tsen @gro-tsen.bsky.social · 10/09/2026
Un billet de blog pour parler de la destruction en cours des mathématiques par les boîtes d'IA et leurs petites mains: www.madore.org/~david/weblo...
madore.org
Sur la destruction des maths par les boîtes d'IA
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Martial Marbouty @mmarbout.bsky.social · 30/08/2026
🚨 ‼️ NEW PUBLICATION ‼️ While we start to know a lot about how bacterial genomes are organized in 3D, almost nothing is known about phage genome once it enters a bacterial cell. read the paper here: www.science.org/doi/10.1126/...
science.org
Bacteriophage PAK_P3 genome structuration and dynamics during infection of Pseudomonas aeruginosa reveal specific interaction patterns
While the dynamic changes in genome organization in cellular organisms have been well described, the three-dimensional (3D) folding of phage genomes during the infection of their host is extremely lim...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 11/08/2026
Et je sais pas si Musk leur a vraiment acheté un Atlas geant en titane a mettre a l'entrée de son village Potemkine au Texas mais si oui ca risque d'être magnifique...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 11/08/2026
Je n'avais pas pensé a une arnaque en découvrant cette usine de bustes de Napoleon et à ouvriers a barbes et en bretelles ce matin mais ca me semble une hypothèse intéressante (et rassurante). En tout cas ils sont bien couverts par l'ED.
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Guillaume Laget @glag38.bsky.social · 08/08/2026
Un autre article d'un (gros) blog/site qui évoque le thème : www.meteo-paris.com/actualites/p...
meteo-paris.com
Un immense blocage planétaire enferme la France dans la chaleur 08/08/2026
Pourquoi la chaleur et la sécheresse persistent-elles en France durant l’été 2026 ? Jet-stream trop au nord, double courant-jet et sols secs entretiennent un puissant blocage anticyclonique. Meteo Par...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 09/07/2026
Oui c'est dingue de sortir un truc pareil, alors que les stats de l'ERC montrent qu'une resoumission après un A a toujours eu bcp plus de chances de passer... et ce quelque soit le pays...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 07/07/2026
C'est nettement moins dangereux quand même que de griller un feu en plein Paris...
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Deborah Bourc’his @deborahbourchis.bsky.social · 27/06/2026
Coupes drastiques du budget de la recherche + durcissement des règles d’attribution des financements ANR «Allez à l’ERC!» qu’ils disent, mais l’ERC saturée prend des mesures pour limiter les candidatures #deadend#recherchefrançaise Une petition semble vaine mais il faut commencer quelque part 👉
01915
Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 21/06/2026
J'ai plus simple : mon colloc à Boston bossait dans le labo PED (pour ceux qui ont suivi)... en 05-08
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 21/06/2026
Les "nids" des ramiers sont vraiment pathétiques
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Camille Berthelot @camilleberthelot.bsky.social · 10/06/2026
sPYce is now published in Nature Ecology and Evolution! sPYce is a method to integrate single-cell regulatory data across species, without requiring whole-genome alignments between species. More below ⬇️ www.nature.com/articles/s41...
nature.com
Alignment-free integration of single-nucleus ATAC-seq across species with sPYce - Nature Ecology & Evolution
This paper presents sPYce, a method that integrates single-nucleus ATAC-seq data across species, allowing for comparison of gene regulatory evolution across species.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 05/06/2026
C'est surtout plus sympa de passer les épreuves a Champo ou Mounier que d'aller se trimballer a Villepinte a 6h du matin (voire de devoir louer une chambre la-bas) pendant 4 semaines) ...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 03/06/2026
je ne connais pas le processus la-bas mais mon avis c'est que c'est plutôt bien (voire sain) quelqu'un ou qu'un panel ait put assumer ses responsabilités, et décider de temporiser, et ce à n'importe quel moment (j'imagine en voyant les rapports)... ca doit pas etre evident.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 03/06/2026
Ben c'est bien de voir quil existe encore un filet du coup non?
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Alejandro Montenegro @aemonten.bsky.social · 13/05/2026
On this day, in 1961, two articles appeared in Nature announcing the isolation of messenger RNA (mRNA) www.cell.com/current-biol...
cell.com
Who discovered messenger RNA?
Cobb looks back at the complicated series events that led to the discovery of messenger RNA, highlighting the often difficult problem of attributing credit for scientific advances.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 13/05/2026
C est facile a tester comme hypothèse.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 05/05/2026
idem, jamais entendu parler... et ça me semble inimaginable qu'on puisse dire que c'est pour simplifier la réunion d'un jury 😱
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 04/05/2026
A quick notice: the Hi-C scaffolder InstaGRAAL is available on PyPI, with an -endtoend mode that should facilitate homemade scaffolding project. "pip install instagraal" and info here: github.com/koszullab/in... (non contractual movie since we removed the openGL visual long ago :-)
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Marie-Eve VAL @val-meve.bsky.social · 04/05/2026
This one means a lot. Our paper, “Large extrachromosomal replicons are widespread across bacterial lineages and show coordinated replication termination and spatial coupling with the chromosome,” is out! doi.org/10.1038/s414...
doi.org
Large extrachromosomal replicons are widespread across bacterial lineages and show coordinated replication termination and spatial coupling with the chromosome - Nature Communications
Bacterial genomes often include extrachromosomal replicons, ranging from small plasmids to chromosome-scale replicons. Here, Czarnecki et al. analyse more than 40,000 complete bacterial genomes and sh...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 04/05/2026
En Chine bizarrement ils remplacent ScPo par des docteurs: ~25% des membres de toutes les instances de direction (ou de contrôle) du CCP ont un PhD semble-t-il. chinadatalab.ucsd.edu/elites/
chinadatalab.ucsd.edu
Elites - China Data Lab - UC San Diego
The China Data Lab CCP Elite Portal allows users to visualize the key characteristics of over 2000 Chinese Communist Party elites, active government officials now starting from the 15th Party Congress...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 29/04/2026
Ca m étonnerai. Je me suis retrouvé avec des amis perdu et de nuit dans une forêt dans le sud du MA au milieu de nombreuses cibles taille humaine (et visiblement representant des militaires)... ca fait un drole d effet quand le matin tu quittes Cambridge en pensant habiter un etat liberal (non) :-)
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 24/04/2026
psl.eu/actualites/p...
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Emmanuel Laurentin @elaurentin.bsky.social · 19/04/2026
www.lemonde.fr/planete/arti...
lemonde.fr
L’appel à l’aide du Muséum national d’histoire naturelle, très délabré : « Les ossements minéralisés explosent littéralement »
Moisissures dans les collections, bibliothèque inondée, fissures dans les murs… Alors que l’établissement célèbre ses 400 ans, fort d’une importante fréquentation et d’une renommée scientifique intern...
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 16/04/2026
Happy to share our review of the past, recent, and future applications of synthetic genomics in studying the 3D functional organization of chromosomes, a set of approaches that are gaining momentum! www.sciencedirect.com/science/arti...
sciencedirect.com
Synthetic chromosomes for 3D functional genomics: from principles to AI-guided design
The role of genome 3D organization for fundamental chromatin processes, such as long-range promoter-activator regulatory interactions, remains ambiguo…
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Pierre Bataille @pierrebat.cpesr.fr · 14/04/2026
Nerd alert: 10 000 bandes pirates de concert - enregistrées sur plus de 30 ans - rendues disponibles à tout le monde www.dexerto.com/entertainmen...
dexerto.com
Man who recorded over 10,000 live concerts is releasing them all online for free - Dexerto
A music fan from Chicago is digitizing and uploading his four-decade-long collection of live concert recordings to the internet.
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 01/04/2026
Et ca ? je crois que le CNRS est partenaire (mais je n'ai pas retrouvé l'info)... www.centre-les-recollets.com
centre-les-recollets.com
Accueil - Les recollets
A quelques enjambées du canal saint-Martin dans le 10ème arrondissement de Paris, se trouve Le centre international d'accueil et d'échanges des Récollets. Une résidence de 80 logements meublés avec se...
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Jean Léon Maître @maitrejl.bsky.social · 26/03/2026
Big change for researchers with disabilities who seek a faculty position in France. Positions are now open to any lab in the country and there are 2 positions for biology labs. carrieres.cnrs.fr/actualites/r...
carrieres.cnrs.fr
Recrutement 2026 de chercheuses et chercheurs en situation de handicap - CNRS Carrières
Les candidats retenus signent un contrat d’un an, qui peut être renouvelé pour une durée n’excédant pas celle fixée initialement. Pendant cette période, ils bénéficient des mêmes conditions de travail, droits et avantages que les chercheurs stagiaires de la fonction publique.
087
Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 25/03/2026
D'autant plus qu'ils appellent arriver à détecter un visage IA une "notion fine"...
020
Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 16/03/2026
Alors le saint felicien a été inventé en 1956 a Villeurbane puis exfiltré en Isère pour écluser la surproduction laitière sans s embêter avec une AOP.
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Maxim Greenberg @maxvcg.bsky.social · 09/03/2026
Very excited to announce the FIRST symposium on epigenome editing! These tools are becoming widely used in mol bio, ag & therapy. It's time to bring leaders together to discuss this rapidly growing and exciting field. And why not in Paris! Please register & share! (1/2) ctrlepiedit.sciencesconf.org
Flyer for symposium: https://ctrlepiedit.sciencesconf.org/
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SFM Microbial Pathogenesis @sfmpathogenesis.bsky.social · 27/02/2026
🔬 New work from the Mazel Lab engineers programmable conjugative plasmids to selectively target MDR bacteria and the resistance plasmid pOXA-48, blocking its spread in complex communities. ✍️ @amazeld.bsky.social & coll. @pasteur.fr 📖 shorturl.at/GZdJu #MicroSky #AntibioticResistance #Conjugation
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CRBM-Montpellier @crbm-montpellier.bsky.social · 30/01/2026
We are hiring!
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Nico Rascovan @nrascovan.bsky.social · 27/01/2026
Institut Pasteur (@pasteur.fr) is recruiting new young PIs to open new groups in the Institute. Deadline is February 9th! Don't miss the opportunity!
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 26/01/2026
Un peu de lecture @paris.fr www.nytimes.com/2025/11/30/m... www.nytimes.com/2025/11/30/b... www.theguardian.com/world/2026/j...
theguardian.com
Amsterdam prepares to ‘ban the fatbikes’ amid rise in serious accidents
Experts say souped-up e-bikes pose big risk for children aged from 12 to 15, who account for many A&E cases
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Romain Koszul @rkoszul.bsky.social · 15/01/2026
Complex question 🤔
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Reposted by Romain Koszul
Manuel Ares-Arroyo @aresarroyom.bsky.social · 14/01/2026
Bacteria chromosomes contain Genomic Islands that provide virulence, antibiotic resistance, MGE-defence,... They transfer between cells, but the mechanism of most remains elusive. Here we explore the conjugative capacity of these mysterious Genomic Islands. www.biorxiv.org/content/10.6...
biorxiv.org
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Reposted by Romain Koszul
Gilles FISCHER @gillesfischer.bsky.social · 08/01/2026
Last work of the lab showing that Repeated losses of self-fertility shaped heterozygosity and polyploidy in yeast evolution | PNAS www.pnas.org/doi/10.1073/...
pnas.org
PNAS
Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), a peer reviewed journal of the National Academy of Sciences (NAS) - an authoritative source of high-impact, original research that broadly spans...
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