Sign in

Alexis Groppi

@agroppi.bsky.social
52 followers 156 following 19 posts

Bioinformatician at CBiB - Centre de bioinformatique de Bordeaux, passionate (among other things!) about new technologies.

PostsRepliesMedia
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 24/08/2026
🌳 Prunier ou abricotier ? Le marmottier ! Ravi d'avoir contribué aux analyses génomiques au CBiB @univbordeaux.bsky.social pour retracer l'origine de cet hybride résistant à la sécheresse, avec l'équipe PrADAm de V. Decroocq @inrae-france.bsky.social .
sudouest.fr
Prunier ou abricotier ? Le marmottier, résistant à la sécheresse, un arbre fruitier qui brouille les pistes
Cette espèce particulièrement résiliente pourrait en effet s’avérer précieuse pour améliorer les vergers de demain et les aider à faire face à la sécheresse et à l’appauvrissement des sols
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 21/06/2026
c.org/XDxFB84S9Q
c.org
Signez la pétition
ARS Nouvelle-Aquitaine : empêchement immédiat de la fermeture du Planning Familial
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 05/05/2026
New preprint from StratiKA 🚀 Spatial transcriptomics (GeoMx) maps cSCC progression: 18 gene programs, spatial biomarkers, and a cross-cancer prognostic signature.(www.biorxiv.org/content/10.6...) #SpatialTranscriptomics #CancerResearch #Bioinformatics
biorxiv.org
110
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 02/04/2026
Our paper on AI for matching clinical trials and patient is out 🚀 TrialMatchAI: an end-to-end AI-powered clinical trial recommendation system to streamline patient-to-trial matching. www.nature.com/articles/s41... @univbordeaux.bsky.social @cnrsaquitaine.bsky.social
000
Reposted by Alexis Groppi
Stephen Turner @stephenturner.us · 26/01/2026
MoGAAAP: a modular Snakemake workflow for automated genome assembly and annotation with quality assessment academic.oup.com/nargab/artic... 🧬💻🧪 github.com/dirkjanvw/Mo...
021
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 27/11/2025
Not tested yet. But I will
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 21/11/2025
Dans le cadre de cette semaine de l'innovation, Lundi 24 après-midi, il y aura une visite de 2 plateformes historiques de l'Université de Bordeaux : Bordeaux Protéome et le CBiB. www.u-bordeaux.fr/evenements/s...
u-bordeaux.fr
Semaine de l'innovation - Lundi 24 novembre 2025
Université de Bordeaux
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 21/11/2025
🎉 Le CBiB est désormais officiellement une Unité de Service de l'Université de Bordeaux (US Ubx 006), suite au vote du CA du 13 novembre. Une étape clé pour renforcer notre visibilité, nos collaborations scientifiques et nos projets nationaux. 🚀 @univbordeaux.bsky.social #CBiB #bioinfo
010
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 09/10/2025
Proud to have been part of the #EOSC4cancer project with the @univbordeaux.bsky.social and the @cnrsaquitaine.bsky.social (IBGC UMR CNRS 5095) @scienceinnovation.ec.europa.eu rea.ec.europa.eu/research-and...
rea.ec.europa.eu
Research and Artificial Intelligence
Research and Artificial Intelligence
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 08/10/2025
Journées IQuaRe du réseau IBiSA. Toujours un plaisir de retrouver les collègues RMQ et d'échanger, partager avec eux. www.linkedin.com/posts/emmanu...
linkedin.com
Top départ des journées IQuaRE! 2 jours pendants lesquels les Responsables du Management de la Qualité des plateformes GIS IBiSA certifiées ISO 9001 et NF X 50-900 se retrouvent pour échanger autour… ...
Top départ des journées IQuaRE! 2 jours pendants lesquels les Responsables du Management de la Qualité des plateformes GIS IBiSA certifiées ISO 9001 et NF X 50-900 se retrouvent pour échanger autour d...
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 11/09/2025
Et le serpent se mord la queue ! 😱 emploi.developpez.com/actu/375598/... Les jeunes utilisent ChatGPT pour rédiger leurs CV, les RH utilisent l'IA pour les lire et personne n'est embauché : quand les IA se parlent entre elles et tuent le marché de l'emploi.
000
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 20/07/2025
petitions.assemblee-nationale.fr/initiatives/... signez !
petitions.assemblee-nationale.fr
Non à la Loi Duplomb — Pour la santé, la sécurité, l’intelligence collective. - Non à la Loi Duplomb — Pour la santé, la sécurité, l’intelligence collective. - Plateforme des pétitions de l’Assemblée ...
Je m'appelle Eléonore PATTERY, j’ai 23 ans, et je suis actuellement en Master QSE et RSE (Qualité, Sécurité, Environnement / Responsabilité Sociétale des Entreprises). En tant que future professionne...
000
Reposted by Alexis Groppi
RSG France - JeBiF @jebif.bsky.social · 10/07/2025
Keynote de Björn Grüning à #JOBIM2025 : #Galaxy, plateforme et workflows clés pour une bioinfo ouverte, accessible et reproductible. #GalaxyProject #bioinfo @ifb-elixir-fr.bsky.social @sfbi.fr @jobim2025.bsky.social
064
Reposted by Alexis Groppi
Département Sciences Biologiques et Médicales @departementsbm.bsky.social · 10/07/2025
Le jeudi 18 septembre, le Département Sciences Biologiques et Médicales organise une matinée d’échanges et de découvertes au bâtiment BBS. 📖 Pour en savoir plus : 🔗https://sbm.u-bordeaux.fr/actualites/le-salon-des-plateformes-une-matinee-pour-decouvrir-et-echanger
022
Reposted by Alexis Groppi
Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 10/07/2025
Martin Racoupeau also presented a poster about Pan1c: forge.inrae.fr/genotoul-bio... at #jobim2025.
forge.inrae.fr
genotoul-bioinfo / Pan1c / Pan1c · GitLab
GitLab Community Edition
021
Reposted by Alexis Groppi
Bioinfo GenoToul Facility @bioinfo-genotoul.bsky.social · 10/07/2025
Yesterday 2 more posters were presented in #jobim2025. Aldair Martinez presented his poster on the recombination of the avian influenza virus and Christophe Klopp presented the work of Adela Poublan-Couzardot on the assembly of Medicago sativa. We have another poster today number 194 about Snoboard.
071
Reposted by Alexis Groppi
Université de Bordeaux @univbordeaux.bsky.social · 10/07/2025
✅ Retrouvez également l'interview des deux porteurs de CAP BIOSPACE, les chercheurs Jean-Luc Morel et Jean-François Quignard : www.u-bordeaux.fr/ac...
u-bordeaux.fr
CAP-BIOSPACE va former les professionnels de la biologie spatiale
L’université de Bordeaux franchit une nouvelle étape dans son programme Compétences et métiers d’avenir avec le lancement de CAP-BIOSPACE.
021
Reposted by Alexis Groppi
Université de Bordeaux @univbordeaux.bsky.social · 10/07/2025
Le projet CAP BIOSPACE a été officiellement lancé il y a peu dans le cadre du Salon international de l’Aéronautique et de l’Espace afin de structurer une offre de formation interdisciplinaire, du secondaire au doctorat, en biologie & santé spatiale - découvrez le projet : www.u-bordeaux.fr/un...
121
Reposted by Alexis Groppi
Stephen Turner @stephenturner.us · 09/07/2025
BEAST X for Bayesian phylogenetic, phylogeographic and phylodynamic inference www.nature.com/articles/s41... 🧬🖥️🧪 github.com/beast-dev/be...
0128
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 20/06/2025
🧬 New R package from our team! SeuratIntegrate for application&comparison of multiple single-cell integration methods (Seurat, Harmony, LIGER, scVI…)—in Seurat. Led by Domitille Chalopin, developed by Florian Specque 🔗 bordeaux-bioinformatics.fr/seuratintegr... #scRNAseq #Bioinformatics #RStats
bordeaux-bioinformatics.fr
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
Available on GitHub (cbib/Seurat-Integrate) and complemented by online documentation, examples, tutorials, and more. To bring the power of Scanorama, BBKNN, scVI and others to Seurat, give it a try!
010
Reposted by Alexis Groppi
Université de Bordeaux @univbordeaux.bsky.social · 17/06/2025
📻 Pour sa chronique sur @franceinter.fr, Thierry Lhermitte est allé à @incia-neurocampus.bsky.social , où Muriel Thoby-Brisson et Marion Tissier-Raffin unissent leurs expertises en biologie et en droit pour explorer les impacts de l’environnement sur la santé humaine : www.radiofrance.fr/f...
radiofrance.fr
Projet de Muriel Thoby-Brisson et Marion Tissier-Raffin
Thierry Lhermitte a visité l’Institut des Neurosciences Cognitives de Bordeaux, où deux chercheuses unissent leurs expertises en biologie et en droit pour explorer les impacts de l’environnement sur la santé humaine.
012
Reposted by Alexis Groppi
DChoquet @danielchoquet.bsky.social · 17/06/2025
Laurent Groc presenting at the @academiesciences.bsky.social @iins-bordeaux.bsky.social @neurobordeaux.bsky.social
052
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 14/05/2025
New preprint from our lab! TrialMatchAI an AI-driven patient-to-trial matching system, with outstanding work by Majd Abdallah. arxiv.org/abs/2505.085... It uses fine-tuned LLMs + medical chain-of-thought reasoning. #LLM #ClinicalTrials #PrecisionMedicine #TrialMatchAI #Bioinformatics
arxiv.org
TrialMatchAI: An End-to-End AI-powered Clinical Trial Recommendation System to Streamline Patient-to-Trial Matching
Patient recruitment remains a major bottleneck in clinical trials, calling for scalable and automated solutions. We present TrialMatchAI, an AI-powered recommendation system that automates patient-to-...
011
Reposted by Alexis Groppi
Barack Obama @barackobama.bsky.social · 15/04/2025
Harvard has set an example for other higher-ed institutions - rejecting an unlawful and ham-handed attempt to stifle academic freedom, while taking steps to make sure students can benefit from an environment of intellectual inquiry, rigorous debate and mutual respect. Let’s hope others follow suit.
15568916318162
Reposted by Alexis Groppi
Stephen Turner @stephenturner.us · 04/03/2025
Combining DNA and protein alignments to improve genome annotation with LiftOn genome.cshlp.org/content/35/2... 🧬🖥️🧪 github.com/Kuanhao-Chao...
0137
Reposted by Alexis Groppi
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 06/03/2025
A partir de demain et tout le WE, c’est la collecte des Restos du cœur. La collecte en 2024 c'est l'équivalent de 9 millions de repas sur les 163 distribués, cela représente donc une part très importantante des ressources de l'association.
135
Reposted by Alexis Groppi
Thomas Pesquet @thom-astro.bsky.social · 07/03/2025
Quel plaisir de voir l’Europe 🇪🇺s’envoler à chaque fois ! 🚀Aujourd’hui plus que jamais nous avons besoin d’un accès souverain à l’espace, et de ne pas devoir se reposer sur d’autres puissances spatiales, pas besoin de faire un dessin je pense. #Ariane6 #VA263
59414
Reposted by Alexis Groppi
Francis M. Martin @fmartin54.bsky.social · 06/03/2025
Genus-wide plant pangenome could inform next-generation crop design www.nature.com/articles/d41...
nature.com
Genus-wide plant pangenome could inform next-generation crop design
A pangenome for the genus Solanum.
086
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 11/02/2025
A good candidate for an Ig-Nobel 🏆
000
Reposted by Alexis Groppi
Stephen Turner @stephenturner.us · 30/01/2025
Foundation models in bioinformatics academic.oup.com/nsr/advance-articl… 🧬🖥️🧪
0172
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 31/01/2025
GPTCelltype: Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis nature.com/articles/s41...
nature.com
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis - Nature Methods
This study evaluates the performance of GPT-4 in single-cell type annotation.
010
Reposted by Alexis Groppi
Stephen Turner @stephenturner.us · 23/01/2025
One of the cooler things I saw at the Nextflow summit a few months ago. Can't wait to try this.
02211
Reposted by Alexis Groppi
Stephen Turner @stephenturner.us · 22/01/2025
What large language models know and what people think they know www.nature.com/articles/s42256-024-… 🧬🖥️🧪 osf.io/y7pr6
1156
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 21/01/2025
Je viens de faire mon #eXit! L’exode de X est massif. Ne perdez pas un seul de vos abonnés. Grâce à #HelloQuitX j’ai inscrit 343 nouveaux passagers pour partir vers #BlueSky & #Mastodon. Retrouvez automatiquement vos communautés le #20Janvier via app.helloquitx.com !
app.helloquitx.com
HelloQuitteX
Libérez vos espaces numériques
020
Reposted by Alexis Groppi
Université de Bordeaux @univbordeaux.bsky.social · 20/01/2025
Si vous arrivez sur Bluesky, voici de quoi accompagner vos premiers pas : chercheurs, départements de recherche, médias, personnels 👇
2263
Reposted by Alexis Groppi
Wolfgang Huber @wkhuber.bsky.social · 10/01/2025
Good.
0275
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 20/12/2024
🆕 New publication from our team! The SeuratIntegrate R package expands Seurat v5's integration capabilities, supporting 8 methods (R & Python-based) with tools for evaluating batch correction performance. #scRNAseq #Bioinformatics www.biorxiv.org/content/10.1...
biorxiv.org
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
Integrating multiple datasets has become an increasingly common task in scRNA-seq analysis. The advent of single-cell atlases adds further complexity to this task, as they often involve combining data...
052
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 22/11/2024
Great starter kit on Bioinformatics and Genomics go.bsky.app/B5YYBfq Thanks @stephenturner.us 👌
010
Alexis Groppi @agroppi.bsky.social · 22/11/2024
Happy to join this social network 👍
000