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フナと納豆のひと @wormanago.bsky.social · 11h

あゆずし、作りました。夏の暑い時期、長良川から江戸へと献上されていたもの。木曽の桶屋で桶を買い、県境の山中まで出掛けて笹を取り…と色々と苦労はしましたが、よくできたのでうれしい。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 28/09/2026

>RT お預けだった和文プレスリリース！

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 28/09/2026

>RT 2019年、天気の子が公開された年だったのもあって、今年は雨多いなあと印象的だった。あれより長く雨が降ることになるのか…。

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ウェザーニュース @weathernews.jp · 28/09/2026

【2019年に並び過去最長タイ記録に】東京都心では今日28日(月)も雨が降り、8月27日からの連続降水日数が33日に達しました。2019年の観測史上最長記録に並んでいます。明日29日(火)も雨が予想され、降水が観測されれば34日連続となり、記録を更新することになります。 weathernews.jp/news/202609/...

weathernews.jp

東京は33日連続で降水を観測　2019年に並び過去最長タイ記録に - ウェザーニュース

東京都心では今日28日(月)も朝から雨が降り、8月27日から続く連続降水日数が33日に達しました。これで2019年に記録した観測史上最長の33日間に並び、過去最長タイ記録となりました。明日29日(火)も雨の降りやすい天気が続く見込みで、降水が観測されれば34日連続となり、記録を更新することになります。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 26/09/2026

最近結構査読してるんちゃう？と思って査読した延べ回数数えたけど、査読してもらった延べ回数より少なくて反省しました。せめて借りは返さないと。

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Kelsie Hunnicutt @kelsiehunnicutt.bsky.social · 25/09/2026

My News & Views is out now in @natecoevo.nature.com ! I cover an excellent study by Hosoki et al. on long-term monitoring of hybrid stickleback populations post-tsunami. 🌊🐟 (1/2) Read it here: rdcu.be/MW75PMTbgP1a

rdcu.be

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 25/09/2026

>RT パッと見は「日本から大陸への分散」ではない説明も十分ありそうに思いますが，何か見落としているのかな。W系統内の分岐順序はmtDNA情報では解けてないし，ちょっと無理筋な気が。実際論文ではwe hypothesise the following phylogeographic historyとしているのに，プレスリリースだと断定しちゃうのもどうなのかと思うなど…。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 25/09/2026

所属ラボからのおもしろい論文！和文プレスリリースは月曜までお預けらしいですが…。 Hosoki, T.K., Mori, S., Kagawa, K. et al. Rapid genome-wide purging following tsunami-induced hybridization in a stickleback population. Nat Ecol Evol (2026). doi.org/10.1038/s415...

doi.org

Rapid genome-wide purging following tsunami-induced hybridization in a stickleback population - Nature Ecology & Evolution

Species persistence following hybridization in nature requires the purging of introgressed alleles. Genomic monitoring of a tsunami-induced hybrid stickleback population in Japan reveals rapid genome-...

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 20/09/2026

伊豆にたくさん咲いてたヒガンバナもう秋

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 20/09/2026

生時は完全にアブラハヤだったのに，標本にしてよく見ると妙に鱗が粗い

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 20/09/2026

伊豆半島調査、天候的には完璧なタイミングだったな。初日は増水してて下流に入れなかったけど、その後はずっと晴れてたし。これが長雨と台風の狭間の晴れだったとは…。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 20/09/2026

個人的な感覚ですが（裏付ける研究もあるかもしれないけど）、ある事にかける時間が短くなる、つまりタイパがよくなると、自分の中でその事を重要視する、あるいは血肉とすることが極端に難しくなるんですよね。かけた時間にも意味を見出してしまう認知のバグというか。AIが書いた文章やコードの細部を思い出しづらいのは、多分そういうことなんだと思います。逆に言えば、自分の血肉としたいことには（AIの使用に関わらず）たっぷりと時間を使う、というのがひとつのスタンスになるのかなと。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 20/09/2026

東大が出してる動画。後半の座談会形式のところをラジオ的に聴いて、なかなかよいなと思いました。個人的な学びは、英語をはじめとする非母語は論理の組み立て方を重点的に学ぶべき＆AIは良くも悪くもタイパを向上させるものであることを意識して使うべき、ですね。動画の中で直接の言及はないけど、そういうことだと思いました。 ch.u-tokyo.ac.jp/content/?id=...

ch.u-tokyo.ac.jp

論文執筆における生成AIの活用と課題 | 初心者向け英語論文執筆セミナー： | UTokyo Channel

英語論文執筆における生成AIの活用と課題をテーマとした初心者向けセミナー動画です。内容： (1) ガリー先生による講義：英語論文執筆の目的と生成AI (2) 大学院生との座談会：英語論文執筆と生成AI この講演は日本語で行われました。 ★あなたのシェアが、ほかの誰かの学びに繋がるかもしれません。お気に入りの講義・講…

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 19/09/2026

届いてた！冊子の形になっているのを見るとまたうれしいものです。甲殻類学会和文誌のCancer、前より若干厚くなっている…？ぼくの初めての論文は甲殻類学会英文誌のCrustacean Researchに載せてもらいました（修士学生の単著を根気よく添削してくれたあのときの査読者には本当に感謝しています）。これで和文誌と英文誌どちらも載せていただいた形。なんとなく嬉しいです。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 19/09/2026

伊豆半島の野外調査から戻りました。サザンのバラッド3の曲がかかっていて伊豆の植生が見える夕方の車内、というのが自分の原風景の一つである可能性が示されました。異様に懐かしい。大島に住んでいた頃の記憶なのかな。

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炬茶 @kocha25.bsky.social · 17/09/2026

たいばら

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 17/09/2026

魚とってたら目が合ったかえる多分ツチガエル

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 15/09/2026

Claude Codeさん，すげー（今更）

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windowmoon@bluesky @windowmoon.bsky.social · 15/09/2026

「終了時間のない演習」とか「終了時間のないセミナー」、完全になくなってますよね。あれはかけがえのない時間だったんだな、と今は思う。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 15/09/2026

>RT メスをぶら下げてる真のハニートラップだ…。論文タイトルもA honey trapから始まってる。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 15/09/2026

>RT 似たような話（？）で，大学のことを「学校」と呼ぶ学生は最近よく見る気がします。むろん法律的には学校なんですが，個人的には結構強い違和感があります。大学でやっていることからして，少なくとも初等・中等教育と同様の「学校」ではないだろう，と。ただ，一生使わなそうな学問に全力で取り組むとか，全然知らないルーツの人と交流するとか，数人で朝まで終わりのない議論をするみたいな「大学らしさ」が解体されていって，「大学も学校だよね」と感じられているのだとすれば，あながち間違いではないかもとも思います。

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門田岳久 Takehisa Kadota @kadotatakehisa.bsky.social · 14/09/2026

大学生は以前自分たちの学年を「○年生」と呼んでいたが（関西は○回生）、どうも最近は「大2」「大3」みたいに呼んでおり、これは普遍的な言い方なのだろうか。もしこれが中高（「中1」〜「高3」）の呼称の応用ということなら、学生が自他共に「生徒」と呼ばれるようになったのと連動しているように思う。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 14/09/2026

>RTs きびしい。能登への調査行きたいけれど、もうちょっとしてからの方がいいか。土砂崩れがすぐ復旧するとは思えないけど…。

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Daisuke Akaishi @daicha5.bsky.social · 14/09/2026

上がったから調査行こかと思ったら山路で土砂崩れ発生の知らせ．舐めたらあかんな。

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オワコマ @owarikomakix.bsky.social · 14/09/2026

ミッチリ！かや団子。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 14/09/2026

Googleマップのストリートビューで採集ポイント選定するとき，軽く乗り物酔いみたいになるんですが，なんか軽減方法ないですか…。

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Alexis Stamatakis @stamatak.bsky.social · 12/09/2026

The RAxML-NG v2.0 preprint is out: www.biorxiv.org/content/10.6... v2.0 features integrated model testing, fast branch support metrics, automatic parallelization, phylogenetic difficulty prediction, genotype evolution models, to name but the most important features. And it is A LOT FASTER of course

biorxiv.org

RAxML-NG 2: Automatic model selection, novel tree search heuristics, and fast branch support metrics

RAxML-NG is a widely used tool for maximum likelihood based phylogenetic inference. In the seven years since the last RAxML-NG publication, we have continuously improved and extended the code. Here, w...

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windowmoon@bluesky @windowmoon.bsky.social · 12/09/2026

IQ-TREEは樹形探索範囲が狭いし、信頼性を過大評価しやすい(どの指標もかなり高くなりやすい)ので、解釈に注意が必要。その辺RAxMLなら大幅に問題は軽減される。新バージョンの威力にも期待している。

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Journal of Evolutionary Biology @jevbio.bsky.social · 11/09/2026

Chromosomal inversions are both engines of repeatability and innovation. They drive parallel genetic divergence between snail ecotypes across Europe, while also harbouring local variants that contribute to site-specific trait variations and adaptation: doi.org/10.1093/jeb/... Pajot et al 2026

doi.org

Inversions support both parallel and location-specific adaptations in snail ecotypes

Abstract. Replicated hybrid zones between ecotypes established over environmental gradients provide an opportunity to study the genomic architecture of bar

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 11/09/2026

個人webサイト，researchmap，ORCID，ResearchGateを更新。どれかを更新したら一気に更新できるとありがたいんですがねえ…。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 10/09/2026

この3日間，弘前大の森井悠太さん主催の弘前なんでも学術セミナー特別編「八甲田合宿 2026」に参加しました。研究発表はどれもおもしろく，他の参加者の方々にもめちゃくちゃよくしていただいて幸せでした。特に弘前大の学生たちに感謝です。みなさんありがとうございました！

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 09/09/2026

論文が出版されました！福井県，富山県，長野県，新潟県，静岡県における標本と遺伝的手法に基づいた初めてのシナヌマエビの報告です。形態も丁寧に見ています。 Table S1では日本における外来カワリヌマエビ類の記録文献を網羅的に整理しました。がんばった。J-STAGEの電子付録はなぜかPDFで公開されていますが，xlsxファイルもあるのでお声かけください。そのうちxlsxファイルに差し替えてもらえるはずです。 doi.org/10.18988/can...

doi.org

中部・北陸地方における外来種シナヌマエビの記録

This study provides the first specimen-based confirmation of the invasive freshwater shrimp Neocaridina davidi in five prefectures across the Chubu an …

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Dan MacGuigan @dmacguig.bsky.social · 08/09/2026

New paper in Systematic Biology! We show how micro-synteny can help resolve a tricky fish #phylogenetic problem where traditional sequence-based analyses fall short. Genomes archive evolutionary history in more than just their basepairs. doi.org/10.1093/sysb... #fish #genomics #evolution

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炬茶 @kocha25.bsky.social · 04/09/2026

比率とか考え始めるとびみょいな。むずかしい。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 04/09/2026

新しい記事を書きました。ADMIXTUREの完全上位互換ソフトウェア（たぶん）のADAMIXTUREを使った集団構造解析パイプラインです。 4つのスクリプトとそれらのラッパースクリプトで構成されています。最後の図示用RスクリプトはADMIXTUREの結果に対してもそのまま使えます。何か不具合などありましたら，大貫までお知らせください。 scrapbox.io/KO-EcoEvo/AD...

scrapbox.io

ADAMIXTURE解析を繰り返して最適な結果でプロットする - Keisuke Onuki のらくがき

2026-09-04 局所解回避のためにADAMIXTURE https://github.com/AI-sandbox/ADAMIXTURE解析を繰り返し，シード値によるCV errorのばらつきと各Kの最適シード値での結果の図示を行うパイプライン。 ADAMIXTUREはADMIXTUREと同一の尤度関数を非常に高速なアルゴリズムで最大化するソフトウェアで，原理的にはADMIXTUREとまった

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 01/09/2026

ボスがこれに入れてくれたのでClaudeが使えるようになった。この機会にどんなことができるのか使い倒して学んでおきたい。見ておくべきものとしてはClaude Codeだろうか？ support.claude.com/ja/articles/...

support.claude.com

科学者向けClaudeチームプラン | Anthropicヘルプセンター

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 31/08/2026

ゲラチェックきた。組版されるとテンションあがる…！論文用の図を作るとき（恥ずかしながら初めて）印刷時の段組・サイズにうまく合うように注意してやってみたんですが，組版でばっちりそれにハマっていると嬉しいですね。組版してくれる人と通じ合えた感がある。

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 29/08/2026

メモ：AI for Science，SPReAD "3000"にしたいらしい。 R9年度文科省研究振興局概算要求資料 www.mext.go.jp/content/2026...

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大貫渓介 Keisuke Onuki @fwfonk.bsky.social · 28/08/2026

興味深い学会発表。「アカデミアにおけるマタイ効果の数理モデルとその検証：学振DC採用者と非採用者のキャリア比較」 ymgc19.github.io/memo_confere... マタイ効果としては、学振DCがとれるかどうかもありそうだけど、その前に所属研究グループの資金力、人脈、構成員数みたいな「母性効果」も大いに関係、あるいは交絡しそう。データ取るのが比較的難しいかな。より資金を投入して競争を緩和するとどうなるのかとかも気になりますね。

ymgc19.github.io

HABITAT of RETICENT RIBBITTER by YAMAGUCHI Yuhei (山口侑平) - Tohoku University

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