Reposted by bonohubioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 11/10/2026Genome sequence data of Ascogaster reticulata (Hymenoptera: Braconidae) www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 001
bonohu @bonohu.bsky.social · 26/08/2026「バイオDX産学共創拠点は、2026年8月20日に開催された『広島中央サイエンスパーク夏休みオープンラボ!』で、ゲノム編集やバイオDXについて知っていただく企画を行いました」 www.jst.biodx.org/post/2026-08...jst.biodx.org広島中央サイエンスパーク 夏休みオープンラボ!(施設公開)に参加しました:2026-08-25バイオDX産学共創拠点は、2026年8月20日に開催された「広島中央サイエンスパーク夏休みオープンラボ!」で、ゲノム編集やバイオDXについて知っていただく企画を行いました。今回は、「シン・ゲノム探偵~DNA暗号を見つけてカットせよ!~」と題して、DNAの中のターゲット配列を探し出してカットする、カットされた配列がどこか発見するなど、探偵ミッション形式でゲノム編集の仕組みを体験していただきました。参... 000
bonohu @bonohu.bsky.social · 18/08/2026第475回CBI学会講演会「AI時代における計算科学者の立ち位置 ~研究・教育・現場はどう変わり、私たちは何を学ぶべきか~」 cbi-society.org/home/documen... にて話します。 「AIを活用した公共データベースのメタ解析」 坊農 秀雅(広島大学大学院統合生命科学研究科)cbi-society.org第475回CBI学会講演会「AI時代における計算科学者の立ち位置 ~研究・教育・現場はどう変わり、私たちは何を学ぶべきか~」 020
bonohu @bonohu.bsky.social · 06/08/2026黙祷待機 ja.wikipedia.org/wiki/%E5%BA%...ja.wikipedia.org広島市への原子爆弾投下 - Wikipedia 110
bonohu @bonohu.bsky.social · 03/08/2026ぼうのブログ復活! ブログの更新ができなくなってしまっていたのはコンテンツがないのではなくて… (中略) そういうわけでぼうのブログを研究室のウェブサイト以下に復活させた。 再び情報発信に取り組んでいきたいと思います、よろしくお願いします。 bonohu.hiroshima-u.ac.jp/blog/bonohu-... 010
bonohu @bonohu.bsky.social · 02/08/2026寄ってきんさい「えっ、ココ空港だよね!?」広島空港に“怪空間”が突如出現! 「まだ終わらない」怒涛のリニューアルがスゴい | 乗りものニュース trafficnews.jp/post/694396trafficnews.jp「えっ、ココ空港だよね!?」広島空港に“怪空間”が突如出現! 「まだ終わらない」怒涛のリニューアルがスゴい | 乗りものニュース広島空港の商業エリアがリニューアル。もみじ饅頭の有名店が集結し、お土産選びがさらに楽しく便利になります。 010
Reposted by bonohubioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 27/07/2026PlantMetWiki: a FAIR knowledge graph for plant metabolic pathway cross-species representation and integration www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 011
bonohu @bonohu.bsky.social · 27/07/2026学際データ科学(バイオインフォマティックス,ケモインフォマティックス,計算経済学・金融工学,スポーツアナリティクスなど,データ科学・情報科学を基盤として多様な分野と融合する研究分野) / 教授、准教授又は助教【応募締切:2026年8月31日(月)23:59(日本標準時)(必着)】 www.hiroshima-u.ac.jp/employment/k...hiroshima-u.ac.jp先進理工系科学研究科 011
bonohu @bonohu.bsky.social · 16/07/2026Reinventing perilla: Genome editing boosts a traditional herb’s potential | EurekAlert! www.eurekalert.org/news-release...eurekalert.orgReinventing perilla: Genome editing boosts a traditional herb’s potentialResearchers used CRISPR-Cas9 to edit a single gene in red perilla, turning its leaves green and boosting levels of health-promoting compounds. The edited plants accumulated about six times more luteol... 020
bonohu @bonohu.bsky.social · 06/07/2026マンガでゲノム編集を学ぼう! 農研機構は、ゲノム編集についてわかりやすく解説するマンガを制作、公開しています。 bio-sta.jp/news/other/5... 010
bonohu @bonohu.bsky.social · 01/07/2026【プレスリリース】遺伝子をピンポイントで編集できる技術により高機能なシソの開発に成功 ─シソの遺伝子の働きをピンポイントに抑えることで、健康成分「ルテオリン」が大幅アップ─ research-er.jp/articles/vie... アカシソが見た目「青」シソに 010
bonohu @bonohu.bsky.social · 15/06/2026日本ゲノム編集学会第11回大会で京都大学に。 そのタイミングでアカシソの赤い色素の合成パスウェイの酵素遺伝子をゲノム編集することで赤くならなくなったことを報告する論文がpublished! doi.org/10.3389/fpls...doi.orgFrontiers | CRISPR-Cas9 disruption of flavanone 3-hydroxylase produces a green phenotype and alters flavone metabolites in allotetraploid perillaPerilla frutescens var. crispa is a high-value horticultural crop known for its diverse bioactive metabolites, yet the molecular basis underlying its metabol... 000
bonohu @bonohu.bsky.social · 04/06/2026【プレスリリース】セイヨウミツバチの成長を促す遺伝子の発現を調節する仕組みを発見 ― 幼虫から蛹への変態で働く“DNA上のスイッチ”を特定 ― research-er.jp/articles/vie... 010
bonohu @bonohu.bsky.social · 28/05/2026【プレスリリース】種内ゲノム比較解析に向けた日本で飼育しているハダカデバネズミのゲノム解読 research-er.jp/articles/vie...research-er.jp 000
Reposted by bonohubioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 27/05/2026Transcriptome-based genome-wide analysis reveals hybridization dynamics and genetic structure of Japanese giant salamanders www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 001
bonohu @bonohu.bsky.social · 27/05/2026My poster presentation today! "AI-based Meta-Analysis of Omics Data from Public Databases" #70 at 90th Cold Spring Harbor Laboratory Symposium on Quantitative Biology AI in Biology #cshlsymp26 021
bonohu @bonohu.bsky.social · 02/04/2026【プレスリリース】真菌の遺伝子機能注釈を向上させる新手法を開発 ― シイタケおよびダイズさび病菌を例に ― research-er.jp/articles/vie...research-er.jp【プレスリリース】真菌の遺伝子機能注釈を向上させる新手法を開発 ― シイタケおよびダイズさび病菌を例に ― | 日本の研究.com2026.04.02 広島大学 プレスリリース 【本研究成果のポイント】真菌(病原菌やキノコ、酵母などが含まれる)で実際に発現している遺伝子の機能を解析する新しい手法を開発し、従来より多くの遺伝子の働きを明らかにできることを確認した。ゲノム編集(※1)標的探索など、バイオテクノロジー応用への活用が期... 000
bonohu @bonohu.bsky.social · 22/03/2026「研究者がビジネスを学ぶことは、研究から離れることではなく、研究の届け先を広げることでもある」 研究者にとって「起業」はどんな選択肢になるのか:TokyoTCPセミナーレポート(第1回) magazine.tayo.jp/2026/03/18/%...magazine.tayo.jp研究者にとって「起業」はどんな選択肢になるのか:TokyoTCPセミナーレポート(第1回) | tayo magazine 020
bonohu @bonohu.bsky.social · 20/03/2026アレルギー低減卵のインタビュー動画が公開されています。 youtu.be/heBp0stMuEY 卵アレルギーの人たちが食べられる 「アレルギー低減卵」の研究開発が ゲノム編集技術を利用して進められています。 その内容を分かりやすく紹介するため、 インタビュー形式の動画を制作しました。 開発の経緯、実用化への取り組み、 食品としての安全性の確保、国内外での反応、 今後の展望などについて、 研究者たちが語っています。 ぜひご覧ください。youtu.be卵アレルギーでも食べられる卵の社会実装に向けてYouTube video by バイオステーション 0126
Reposted by bonohubioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 18/02/2026Supporting Metadata Curation from Public Life Science Databases Using Open-Weight Large Language Models www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 001
Reposted by bonohuBioinformatics Advances @bioinfoadv.bsky.social · 28/01/2026🌾 Now published in Bioinformatics Advances: "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome". Explore the full study: doi.org/10.1093/bioadv/vbag013 Authors include: @sorayone56.bsky.social 101
bonohu @bonohu.bsky.social · 11/02/2026大学院生時代からやりたかった「配列類似性は低いが、構造類似性は高い」に基づく遺伝子機能予測手法の開発。 特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました! 030
bonohu @bonohu.bsky.social · 11/02/2026Following peer review, a research paper titled "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome" was typeset and published! #bonohulab Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...doi.orgFunctional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structuromeAbstractMotivation. Life science databases include large collections of public transcriptome and large-scale structural data. The reuse and integration of 001
bonohu @bonohu.bsky.social · 07/02/2026Following peer review, a research paper titled "Functional Annotation Workflow for Fungal Transcriptomes" was published. doi.org/10.3390/jof1... #bonohulabdoi.org 000
Reposted by bonohuChiba University-IMO @chibaunivimo.bsky.social · 20/01/2026【CHIBADAI Story】 Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science Tazro OHTA, Associate Professor Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26... #AI #DataScience #Database #Genome #Researchcn.chiba-u.jpOpen Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science Associate Professor, Institute for Advanced Academic Research/Graduate School of Medicine, Chiba University Tazro OHTA | CHIBADAI ..."My job is to collect and clean data," says Associate Professor Tazro Ohta of Chiba University's Institute for Advanced Academic Research, Graduate School of Medicine, and Data Science Core (DSC). As ... 096
bonohu @bonohu.bsky.social · 11/01/2026割と変化の早い海外の学会感。かつてはコンピュータルームに何台かあったプリンターがなくなっててペーパーレスが加速してる 100
bonohu @bonohu.bsky.social · 07/01/2026"QPX: Pathway analysis environment" has been published as preprint on BioHackrXiv as the DBCLS BioHackathon 2025 report. doi.org/10.37044/osf...osf.ioOSF 000
Reposted by bonohubioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 29/12/2025Genome editing of the flavanone 3-hydroxylase gene produces a green Perilla line with elevated luteolin accumulation www.biorxiv.org/content/10.64898/20… 001
bonohu @bonohu.bsky.social · 23/12/2025Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects sj.jst.go.jp/stories/2025... #BioDXsj.jst.go.jpPromoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insectsPromoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects 010
bonohu @bonohu.bsky.social · 08/12/2025実験医学増刊の2025年版DB本出ました! #bonohulab の研究員の2人がWikiPathwaysとInterProのところを執筆協力しました www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...yodosha.co.jp実験医学増刊:オミクスデータを探す!使いこなす!公共データベース厳選53〜情報の海で手に入る宝物で、あなたの研究が発展する!「どうすれば欲しいデータを効率よく探せるだろう?」「このオミクス解析結果,どう解釈しよう?」生命医科学分野の公共データベースの数は2,000を超えるといわれており,研究の目的に合ったものを見つけ出すのは困難です.本書は,ゲノム,タンパク質,代謝物などあらゆるレイヤーについて,データの入手と解釈に有用なデータベースを厳選して特徴と使い方を紹介します! 011
bonohu @bonohu.bsky.social · 24/11/2025共同研究講座研究員の今井さん、神田さん、統合生命科学研究科 生物資源科学プログラムの美野さんと小池教授、プラチナバイオ株式会社の奥原さん、と坊農による東広島市安芸津(三津湾)の牡蠣ゲノム解読の論文 (DOI: 10.1101/2025.11.20.688662) が bioRxiv に公開されました🦪🧬 東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab 000
Reposted by bonohubioRxivpreprint @biorxivpreprint.bsky.social · 01/10/2025Functional Annotation of Novel Heat Stress-responsive Genes in Rice Utilizing Public Transcriptomes and Structurome www.biorxiv.org/content/10.1101/202… 001
Reposted by bonohuinutano @inut.bsky.social · 01/10/2025This is a good example of how people feel when you make an important announcement only in your language. heh. It also reminds us what a wonderful world with an advanced machine translation function we're living in. mp.weixin.qq.com/s/zlr6KLLHGI...mp.weixin.qq.com期刊公告 | 徐讯研究员出任《GigaScience》主编 001
Reposted by bonohuウラケン・ボルボックス📚重版出来‼️『だいたいヒトがやらかしました🦤絶滅生物事典』 @ulaken.bsky.social · 31/08/2025防災の日。102年前の関東大震災では、 「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」 などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。 102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。 #防災の日 #関東大震災 note.com/ulaken/n/n8b...note.com表現を仕事にする人が、歴史と政治を学んだ方がいい理由【完全版】ー“空気”を変える力は、あなたの手の中にある|ウラケン・ボルボックス『表現を仕事にする人が、歴史と政治を学んだ方がいい理由』。このnoteを投稿したときは、正直ここまで反響があるとは予想もしませんでした。 しかし、公開直後からたくさんの方に読まれ、スキをもらい、コメントやシェアが広がっていく中で、ある確信が芽生えました。 「みんな、モヤモヤしている。」 あのnoteは、昨今の情勢に対して抱いていた違和感、個人的モヤモヤを、文章として固形化したものでしたが、... 012274
bonohu @bonohu.bsky.social · 01/09/2025先日の万博出展の報告が出てました 「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」 「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」 これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。 www.biodx.org/post/2025-08...biodx.orgCOI-NEXTバイオDX産学共創拠点が大阪・関西万博に出展しました!:2025-08-29一般社団法人バイオDX推進機構も参画する COI-NEXTバイオDX産学共創拠点は、2025年8月14日~19日の6日間、大阪・関西万博「わたしとみらい、つながるサイエンス展」に出展しました。6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました。当拠点では、「みんなで食べる喜び:アレルギー低減卵の科学と未来」と題して、広島大学の研究内容を展示。動画やポスタ... 031
bonohu @bonohu.bsky.social · 18/08/2025今日明日と大阪万博対応 www.mext.go.jp/a_menu/expo_... それにしても、千里川なついmext.go.jp 000