- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Aujourd'hui, je change un peu de registre : pour une fois je ne vais pas vous expliquer un concept technique mais partager mon avis sur un sujet qui me tient à cœur. Inutile de ménager le suspense, le titre est assez transparent. Pour ceux qui ne connaitraient pas, le « vibe coding » (qu'on peut franciser en « programmation […]

Fini le génome de référence linéaire ! Découvrez comment le graphe de pangénome révolutionne la bio-informatique et résout le biais de la référence.

Cet article est une mise à jour de https://​bioin​fo​-fr​.net/​p​r​e​s​e​n​t​a​t​i​o​n​-​d​e​-​l​a​-​l​i​c​e​n​c​e​-​m​i​v​-​a​-​l​y​o​n-1. Cette for­ma­tion plu­ri­dis­ci­pli­naire existe depuis 2010 (ex. Modé­li­sa­tion et Infor­ma­tique du Vivant), et béné­fi­cie de la recherche his­to­rique lyon­naise en ana­lyses de don­nées bio­lo­giques et notam­ment en bio­mé­trie et sta­tis­tiques. Les aspects liés à la bio­in­for­ma­tique ont été ren­for­cés à par­tir de 2018, en lien avec […]

Dans ce guide détaillé découvrez comment aligner pas à pas deux séquences grâce à l'algorithme de Needleman-Wunsch.

Vu que nous sommes sur un blog de bio-infor­ma­tique, je vous pro­pose aujourd'hui de par­ler chi­mie ! Enfin plu­tôt, ché­mo­in­for­ma­tique* et quelques notions de la façon dont une molé­cule est sto­ckée en ligne en fonc­tion des régle­men­ta­tions chi­miques et cos­mé­tiques. Je ne suis pas un expert de ce domaine, mais alors vrai­ment pas du tout. Par […]

Conda est appa­ru en 2012 et a été dis­tri­bué par Conti­nuum Ana­ly­tics, connue sous le nom d’Ana­con­da Inc depuis 2017. Conda est dis­tri­bué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus per­mis­sives, per­met­tant aux uti­li­sa­teurs d’adopter, d’adapter et de par­ta­ger le logi­ciel presque sans res­tric­tions. Conda a été conçu pour gérer les envi­ron­ne­ments […]

Cet article est en par­tie basé sur mon intro­duc­tion de thèse [0], refor­ma­tée pour conve­nir au for­mat du blog et agré­men­tée des nou­velles infor­ma­tions pour ne pas être un simple cata­logue de connais­sances. Qu'il s'agisse du génome entier, du génome de tis­sus ou du génome de cel­lules spé­ci­fiques, l'étude de la quan­ti­té de trans­crits pro­duits, […]

Chers lec­teurs, chères lec­trices, la nou­velle année com­mence, et vous avez peut-être (ou pas) pris de bonnes réso­lu­tions. La nôtre est de vous offrir la meilleure pla­te­forme de com­mu­ni­ca­tion pos­sible autours de la bioin­fo. Bioin­fo-fr existe pour vous, et vie grâce à vous, et nous vous en sommes pro­fon­dé­ment recon­nais­sants. Nous essayons de vous four­nir […]

Je vais vous racon­ter étape par étape ma sou­mis­sion de don­nées de séquen­çage à la base de don­nées de géno­mique GEO (Gene Expres­sion Omni­bus) d'un pro­jet en cours de fini­tion. Sommaire GEO, Qu'est-ce que c'est ? Lorsque l'on veut publier les résul­tats d'une étude com­pre­nant du séquen­çage haut débit, nous devons publier les don­nées brutes et […]