Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 03/08/2026Another case in my profile: A random duplicate appeared recently and seemingly increased my citation count until I merged it with the main entry. Maybe they've started applying a new (likely AI-based) algorithm without proper testing? 020
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 26/05/2026Myös tämä hanke sai rahoitusta: "Sarin Heikki, HY, 30 000€, Fyysisen aktiivisuuden, kunnon ja kehonkoostumuksen yhteydet suolistomikrobiomiin ja multiomiikkareitteihin sydän- ja verisuoniterveyden välittäjänä sekä vaikutukset yleisten kansantautien pitkän aikavälin sairastumisriskiin" 120
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 26/05/2026Tutkimme suolistomikrobiston roolia proteiinirikkaiden kasvituotteiden metaboliassa laboratorio- ja tietokonemallien avulla. Näin pyrimme ymmärtämään paremmin erilaisten kasvituotteiden terveysvaikutuksia. Jatkossa aion soveltaa samoja menetelmiä myös mm. metabolisten sairauksien tutkimuksessa. 170
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 26/05/2026Ensimmäinen johtamani tutkimushanke, "Suolistomikrobiston kasviperäisten ruokien metabolian genomipohjainen mallintaminen" on saanut rahoituksen Sakari Alhopuron Säätiöltä! Suuret kiitokset tuesta! www.sakarialhopuronsaatio.fi/apurahat/myo...sakarialhopuronsaatio.fiMyönnetyt apurahat 2691
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 27/03/2026I have been tempted, but luckily haven't really committed yet to trying full-on AI-assisted data analysis. Better safe than sorry! The current best approach might be to only consult LLMs when solving specific issues in your own code. 010
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 09/12/2025Our new paper on allergies and skin microbiomes is now out! Thanks for the informative video, @microbiologysociety.org ! 010
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 09/10/2025Our new systematic review is now out! Briefly, temporal multi-omic data and analyses are crucially needed to improve our understanding of microbiomes. Also, often the omics layers are not analyzed in an integrative way, even while such methods exist. academic.oup.com/bib/article/...academic.oup.comMulti-omics time-series analysis in microbiome research: a systematic reviewAbstract. Recent developments in data generation have opened up unprecedented insights into living systems. It has been recognized that integrating and cha 041
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 02/07/2025www.nature.com/articles/s41... Our new paper on the risks and socio-demographic dimensions of antibiotic resistance in the human gut is now out in @natcomms.nature.com!nature.comVariation and prognostic potential of the gut antibiotic resistome in the FINRISK 2002 cohort - Nature CommunicationsHere, in a representative cohort of 7,095 Finnish adults, the authors reveal that gut antibiotic resistance is shaped not only by antibiotic use but also by the microbiome, diet, lifestyle, household ... 0106
Reposted by Matti Ruuskaneninfogut.bsky.social @infogut.bsky.social · 26/05/2025🚨#infogut2025 The 1st INFOGUT COST Action meeting is taking place at the University of Bologna! We’re thrilled to come together to discuss the latest advancements in *in vitro colon models* simulating gut microbiota-mediated interactions #COSTAction #GutMicrobiota #InVitroModels #MicrobiomeResearch 283
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 17/01/2025Kaipa se on nyt virallista, kun allekirjotin työsopparinki 😎 Aloitan toukokuun alusta yliopistonlehtorina Bioteknologian laitoksella Turun yliopistossa! Tulevat opetushommat on varmasti antoisia, mutta nyt voin aloittaa myös oman tutkimusryhmän perustamisen, jos rahoituksen tuulet on suotuisia 🤞 020
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 20/12/2023Päivystys alkakoon! www.helsinki.fi/fi/tutustu-m... 030
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 01/12/2023Ikävä kyllä, en erityisemmin ole itse perehtynyt tähän. Ilmeisesti paaston vaikutukset ovat kyllä positiivisia, ainakin paino voi vähentyä ja verenpaine alentua: www.nature.com/articles/s41... 110
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 01/12/2023Vaikka tagit ei niin hyvin toimi bskyssä, niin: #MinäTutkin ihmisten suolisto- ja ihomikrobistojen vaikutuksia kroonisiin sairauksiin, kuten 2-tyypin diabetekseen ja allergioihin. Lisäksi kehitän ja sovellan mm. koneoppivia mallinnusmenetelmiä mikrobistodatassa. 180
Matti Ruuskanen @begia.bsky.social · 29/11/2023Ohoh, seuraajia! Tarkoituksena keskustella lähinnä töistäni eli mikrobiologiasta suomeksi ja englanniksi. X (formerly known as Twitter) alkoi kovasti tökkiä omistajanvaihdoksen jälkeen. En lupaa olla julkaisematta sisältöä mm. pyöräilystä, musiikista, ympäristöstä, ja ehkä jopa politiikasta. 040