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FOCUS PLATEFORME : le Service d’Analyse des Médicaments et Métabolites (SAMM) s’engage dans le partage des données et poursuit la démarche qualité entamée de l’unité de service IPSIT
Le Service d’Analyse des Médicaments et Métabolites, plateforme de spectrométrie de masse de l’UMS IPSIT représentée par sa responsable Audrey Solgadi, a participé à la table ronde « Les données de la recherche – bonnes pratiques et défis », le 3 décembre dernier, en marge des assises nationales des données de la recherche (ANDOR 2025 – 1-2 décembre 2025) et organisée par la Direction de la Recherche et de la Valorisation. Cet évènement a été l’occasion de rappeler les difficultés rencontrées par les plateformes dans la gestion des données produites.
Le Service d’Analyse des Médicaments et Métabolites (ou SAMM) est une plateforme instrumentale de spectrométrie de masse (MS) spécialisée dans l’analyse structurale et la quantification des petites molécules ainsi qu’au profilage lipidomique. Elle offre à la communauté scientifique un accès à des instruments couplés à des techniques séparatives sous forme liquide ou utilisant un fluide supercritique (LC-MS ou SFC-MS). Les données générées sont des fichiers complexes regroupant un nombre très important de mesures avec plusieurs niveaux d’information : mesures précise de plusieurs milliers de rapports masse sur charge (m/z) des ions produits à l’entrée dans l’instrument sur une large gamme de masse, avec une fréquence d’acquisition pouvant aller jusqu’à 100 Hz sur toute la durée d’un couplage LC-MS (5 à 60 min voire plus), mais aussi des spectres de fragmentation apportant des informations structurales précieuses, représentant plusieurs milliers de spectres supplémentaires. Chaque analyse est contenue dans un fichier « brut » de taille importante pouvant aller jusqu’à plusieurs centaines de Mo pièce. Quand on sait qu’une séquence d’injections varie de quelques unités à plusieurs dizaines d’échantillons, le stockage de ces données, que ce soit sur le PC de pilotage ou sur des espaces de sauvegarde, est une des premières problématiques rencontrées. Le SAMM s’appuie sur des espaces de serveurs loués par l’unité auprès de l’Université Paris-Saclay, avant de transmettre, in fine, les données brutes à leurs propriétaires, les utilisateurs. Ces derniers deviennent alors responsables du stockage à long terme. Parmi les autres problématiques rencontrées : le verrouillage des données MS par le format propriétaire du fabricant qui nécessite, pour être exploitées, l’utilisation de logiciels spécifiques, le plus souvent sous licence commerciale. Cela rend alors difficile le partage de ces données que ce soit lors de la soumission d’un article ou le dépôt sur des plateformes d’Open Data. La conversion en formats libres tels que mzML est alors nécessaire.
Si le SAMM n’a pas encore de plan de gestion des données (PGD) formalisé, une réflexion plus globale est entamée dans le cadre de la démarche qualité menée au sein de l’UMS IPSIT pour rédiger un PGD entité en interaction DatASaclay, l’atelier de la donnée UPSaclay.
-> Contact : Audrey Solgadi (audrey.solgadi@universite-paris-saclay.fr)
Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI
Aussi, en mars et décembre 2021, la plateforme publiait ses premier FOCUS PLATEFORME ! Les relire ? FOCUS PLATEFORME : SM@BPC : une plateforme de spectrométrie de masse sur Paris-Saclay à la hauteur des enjeux du pôle Biologie – Pharmacie – Chimie (BPC) de l'Université Paris-Saclay ! FOCUS PLATEFORME : AAP SESAME 2021 : Un premier succès pour la communauté Paris-Saclay et le consortium SMaCS « Spectrométrie de Masse pour la Chimie et la Santé » !
IPSIT / Service d'Analyse des Médicaments et Métabolites (SAMM). Le Service d'Analyse des Médicaments et Métabolites (SAMM) est une PF instrumentale de spectrométrie de masse spécialisée dans l'analyse structurale et la quantification des petites molécules ainsi qu'au profilage lipidomique. Il est l’une des plateformes technologiques de l’unité mixte de service « Ingénierie et Plateformes au Service de l'Innovation Thérapeutique » (UMS-IPSIT). Le SAMM met à la disposition des chercheurs des spectromètres de masse couplés à des techniques séparatives (HPLC, SFC) dans le cadre de libre utilisation ou de prestations de service. Il fournit également savoir-faire nécessaire à l'utilisation de ces instruments et à l'interprétation de leurs résultats. Activités de la plateforme : i) Quantification de médicaments ou de métabolites dans des milieux biologiques complexes ; ii) Caractérisation structurale de molécules de synthèse, de produits de dégradation de médicaments ; iii) Profilage lipidomique non ciblé (phospholipides, lipides totaux) : séparation des lipides par classes, détection des espèces par HRMS et caractérisation grâce aux informations obtenues par fragmentation.
