iiinova — where your digital self keeps evolving

Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 04/07/2026

Odeio com todas as minhas forças o conceito de "networking" Agora até mesmo SOCIALIZAR e TER COLEGAS virou um capital a ser acumulado

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 18/06/2026

Já fazia meses que eu não desenhava, mas acabei participando de uma dinâmica aleatória com uns amigos

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 17/06/2026

I've been playing around with creating AutoEncoder neural network models to make numerical representations of clades and species. Here is the model evolving over time:

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 16/06/2026

A busca pela criação da LLM perfeita é o equivalente contemporâneo ao projeto das Bene Gesserit de criar um Lisan al-Gaib, a voz do mundo exterior. É a busca por criar uma entidade capaz de dar todas as respostas. Filosoficamente, isso vai totalmente contra os principios do catolicismo

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 15/06/2026

When the CAFA6 submissions closed on 26/01, I was very frustrated to find myself at a position around 800 of 2259 teams But the scoring kept being updated and was closed two weeks ago. Today, I just found out that my final position was 46º! But it could be 24º, had I choosen a different submission

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 13/05/2026

Parece que a internet se virou contra os GIFs. Será que aqui consigo postar com uma renderização decente?

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 25/01/2026

Just started using the new version of InterproScan on my phd project (v6.0) and it's a lot faster and easy to use! Now it runs on nextflow and takes just a few minutes to lookup families, domains and more for 35k proteins

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Akai @akaishiri.bsky.social · 01/12/2025

Umberto Eco, atualíssimo!

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 12/08/2025

Tem sido muito legal trabalhar nas primeiras fases desse projeto O projeto Hermes é uma iniciativa para agilizar e melhorar a qualidade dos atendimentos de ligações de emergência no Brasil inteiro. Queremos utilizar agentes de IA e um projeto renovado de UI/UX para que os operadores possam

gov.br

Parceria entre MJSP e MGI vai acelerar entrega de nova versão do Celular Seguro e do Projeto Hermes

Programa do MGI, Startup.Gov tem o objetivo de apoiar e dar agilidade a projetos estratégicos de transformação digital do Governo Federal

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 27/07/2025

Lately I've been feeling like my PHD project is making me more and more socially isolated I wonder if other people have trouble staying connected to friends and family while working on their thesis

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 27/07/2025

finally! after so much time I was finally able to convert all my old TensorFlow code to Pytorch Not only it looks better now, but also uses a little less memory and runs faster than before

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 14/05/2025

Deu certo, agora é a minha terceira semana como especialista em ciência de dados no MGI O projeto no qual estou trabalhando ainda não foi divulgado, mas posso dizer que é algo incrível que um dia pode ajudar a salvar muitas vidas. Até recuperei o animo sobre trabalhar como cientista rsrsrsrs

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 14/05/2025

Fica a dica: Caso algum dia vocês decidam participar de um concurso que vai cobrar Lei Geral de Proteção de Dados, façam esse mini-curso: www.escolavirtual.gov.br/curso/290

escolavirtual.gov.br

Escola Virtual Gov

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 04/05/2025

You can have the most intricate RAG pipeline and use the largest models available And most of the times, the result is still going to be garbage To me, it feels like the technology industry is going crazy Current LLMs are just not enough Why is everyone pretending they are perfect?

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 02/04/2025

Status: dando F5 no meu processo de contratação no site do governo a cada 30min

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 03/03/2025

Um bando de estadunidense idiota que não sabe o que é cinema

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Caroline Wright @carolinefwright.bsky.social · 24/02/2025

My favourite figure from this paper: unlike coding variants, rare non-coding variants are almost equally likely to increase or decrease circulating protein levels. Thanks to @ukbiobank.bsky.social for genomic and proteomic data!

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 25/02/2025

Since this database was completed, I've been working on benchmarking the most used Protein Language Models on the task of predicting molecular functions. These are the some of first results In the first figure, the models were optimized for F1 Score and in the second for ROC AUC Score

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 17/02/2025

Can someone please explain why Meta is incapable of finding good designers while having billions of dollars for their projects This is so UGLY

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 17/02/2025

I'm sampling HUGE datasets in a 8GB laptop with no problems, Polaris+parquet is really wonderful Goodbye pandas 👋🏻

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 10/02/2025

A despedida mais triste do mundo: eu tenho home office na segunda, mas ela tem que ir cedo pro escritório 😭

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 03/02/2025

Se puderem, parem um pouquinho para pesquisar sobre o mal que essa agencia faz e sempre fez a economias subdesenvolvidas Até o relógio quebrado acerta a hora duas vezes no dia

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 27/01/2025

Precisamos voltar a conversar seriamente sobre o poder disruptivo do open source para acabar com monopólios

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 16/01/2025

This collection of PLM datasets is finally complete! After several weeks of processing, we now have Uniprot/SwissProt embeddings made with the second largest ESM model, the ESM2_T36 3 Billion parameters model The files are very large, but the parquet format enables loading just a portion of the them

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 14/01/2025

That's an amazing development! Good RNA LMs have a huge potential to finally uncover the biological roles of ncRNAs

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 14/01/2025

I've been using gzip-compressed numpy up until now (despite not being memory-efficient) because dataset sizes are very small... I expected polars/parquet to be a little larger, but I'm seeing a 1~3% reduction in file size. So it's less memory AND storage usage.

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 13/01/2025

Updates on the Protein Dimension DB! First, the database now has ankh-large and ankh-base embeddings. They probably are the most comprehensive ankh datasets currently available Secondly, following recommendations by the community, I will be saving models in a more efficient format (probabily polars)

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 10/01/2025

I was considering including ESM Cambrian (ESMC) in my projects... but, differently from ESM2 (which was released under MIT license), ESMC has a lot of limitations. I dont understand the fine details, but it seems only the weaker model can be used for any purpose

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 27/12/2024

I decided to make the datasets I'm generating for my phd project public. For each protein in Swiss-Prot, I'm making available PLM embeddings (ProtTrans, Ankh, ESM2), GO annotations and taxonomy representations. All files follow the same order, one line per protein. github.com/pentalpha/pr...

github.com

GitHub - pentalpha/protein_dimension_db: Datasets with embeddings and other representations for all proteins in Uniprot/Swiss-Prot

Datasets with embeddings and other representations for all proteins in Uniprot/Swiss-Prot - pentalpha/protein_dimension_db

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 27/12/2024

Os devs de um certo projeto de PLM no github, respondendo alguém que perguntou pq eles ñ disponibilizaram os resutlados do modelo: "As our models are highly optimized, users could use them quickly to extract the embedding for their own use cases." Eu numa maquina de 40 threads:68h para terminar isso

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Gabriel Divan @gabrieldivan.bsky.social · 21/12/2024

100% correto. E chega desse papinho demagogo e mequetrefe. Não, a "tia da limpeza" não tem que entender sua tese de doutorado numa área totalmente específica (embora eu ache que a maioria das teses de doutorado deviam melhorar a vida das tias da limpeza de alguma forma)

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Jaime Guimarães @barrgui19.bsky.social · 13/12/2024

"...social media is no longer social. And that’s the result of deliberate actions by the owners. Their ideal user is a scroll-and-swipe zombie cut off from all living communities." Boa reflexão. Sobre o texto: será que no Brasil, viciado nessas redes e em shoppings, teremos tais declínios?

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 13/12/2024

Mal criei esse perfil e já tem vários bots de loiras genéricas com nomes aleatórios me seguindo É a twitterização do bluesky

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 13/12/2024

Fico muito preocupado com os caminhos que a ciência da computação está tomando Parece ser cada vez menos sobre ciência e mais sobre moda, sobre seguir o que é o hype atual Cada vez menos sobre pensar criticamente sobre tecnologia e mais sobre acreditar nas IAs atuais com um fervor quase religioso

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 12/12/2024

Se você for ler os estudos do GWAS, tem até mesmo uns que tentam determinar sua chance de ser feminista usando seus genes. Sim. Eles já chegaram no nível de querer prever personalidade e preferencias politicas.

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 12/12/2024

O conhecimento científico que já existe sobre variantes relacionadas ao câncer (como as do BRCA1) tem tanto potencial para salvar vidas... Mas tudo isso continua inacessível, mesmo em países desenvolvidos. De que adianta tantos avanços, se o mercado não permite o acesso das pessoas a esses exames?

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 12/12/2024

Finalmente botei 20GB de RAM nesse PC... Será que agora o Baldurs Gate 3 volta a rodar? Kkkkkkkkkkk

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Pitágoras Alves @pitagoras-alves.bsky.social · 11/12/2024

Sempre pesquisem periodicamente os temas da sua pesquisa.... Eu estava prestes a criar uma tabela como essa, mas hj encontrei esse artigo de review (de julho desse ano) incrível que já tinha feito todo o trabalho de classificar as ferramentas atuais para prever funções de proteínas 😆

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