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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj)

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We are one of the members maintaining PDB, the world's only structural database of biomacromolecules. We also provide related analysis tools and databases. 世界で唯一の生体高分子の構造データベース「PDB」を運営するメンバーの一員で、関連する解析ツールやデータベースの提供も行っています。

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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 08/09/2026
2026/9/26(土)、大阪大学が主催する一般向けイベント「大阪大学共創DAY@EXPOCITY2026『知が交わる ミライが動く』」に蛋白質研究所・PDBjも出展します。皆さまのお越しをお待ちしています。https://pdbj.org/news/cocreateday2026?lang=ja
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/09/2026
細菌はくっついて集まり生物学的ポリマーによって保護される 今月の分子321: バイオフィルム(Biofilms) numon.pdbj.org/mom/321?l=ja #PDB #セルロース #アミロイド #cellulose #amyloid
BcsA (purple) and BcsB (turquoise) form a complex that is activated by binding of cyclic-di-GMP (fuchsia), producing a cellulose cable (yellow). BcsG (dark blue) modifies the cellulose strand to form pEtN-cellulose, which exits the periplasmic space through a channel formed by BcsC. BcsC domains that were not solved in the structure are shown in a green outline.
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/08/2026
遺伝子制御のバランスを保つため、染色体に印を付加したり除去したりする酵素 今月の分子320: ヒストンユビキチン化・脱ユビキチン化複合体(Histone Ubiquitination and Deubiquitination Complexes) numon.pdbj.org/mom/320?l=ja #PDB #ユビキチン #ヒストン #ubiquitin #histone
ポリコーム抑制複合体1(PRC1、左上、pdb_00004r8p)は、ヒストンH2Aのリジン119にユビキチンを結合させる(左下、pdb_00008g6q)。Bre1-Rad6複合体(右上、pdb_00008ieg、pdb_00008t3y)は、ヒストンH2Bのリジン120にユビキチンを結合させる(右下、pdb_00008v25)。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/07/2026
げっ歯類媒介性ウイルスの一群であり、ヒトに重篤な疾患を引き起こす可能性がある 今月の分子319: ハンタウイルス(Hantavirus) numon.pdbj.org/mom/319?l=ja #PDB #中和抗体 #NeutralizingAntibody
左中央はハンタウイルスの全体像。右はハンタウイルスのエンベロープ糖タンパク質(pdb_00009p3xおよびpdb_00006zjmの構造)。オレンジ色で示すGnと赤色で示すGcは、ウイルス膜(灰色で示す)の表面に四量体の正方形のようなタイル状に配置されている。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 05/06/2026
We will be holding a luncheon seminar "Are you ready for the New PDB Beta Archive and Extended PDB IDs?" at the 26th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan on 19 June, 2026. pdbj.org/news/worksho... Online participation via Zoom is also available! #PDB
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Luncheon Seminar at the 26th annual meeting of the Protein Science Society of Japan (PSSJ) - Protein Data Bank Japan
PDBj maintains the single global PDB/BMRB/EMDB archives of macromolecular structures and provides integrated tools for searching & analyzing PDB data
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 05/06/2026
2026年6月19日(金)第26回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナー「新しいPDB Betaアーカイブと12桁のPDB IDの準備はできていますか?」を開催します。Zoomによるオンライン参加(Zoom)も可能です! pdbj.org/news/worksho... #PDB
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第26回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します - 日本蛋白質構造データバンク
PDBj maintains the single global PDB/BMRB/EMDB archives of macromolecular structures and provides integrated tools for searching & analyzing PDB data
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/06/2026
自然界にある細菌の天敵を利用し抗生物質耐性感染症と闘う 今月の分子318: 治療用ファージ(Therapeutic Phage) numon.pdbj.org/mom/318?l=ja #PDB #バクテリオファージ #bacteriophage
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 03/05/2026
タンパク質の分解を目標とした治療分子 今月の分子317: PROTACと分子接着剤分解剤(PROTACs and Molecular Glue Degraders) numon.pdbj.org/mom/317?l=ja #PDB
セレブロンE3リガーゼは、サリドマイド類似体であるポマリドミドと転写因子イカロスに結合する。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 30/03/2026
PDBj Newsletter Vol.26 has been released. pdbj.org/cms-data/new... It outlines our activities for the 2025 fiscal year (from Apr 2025 to Mar 2026).
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 30/03/2026
PDBj Newsletter Vol.26を公開しました。 pdbj.org/cms-data/new... 2025年度の活動概要を紹介しています。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 04/03/2026
HIVカプシドを標的とする強力で長時間効く薬剤 今月の分子315: レナカパビル(Lenacapavir) numon.pdbj.org/mom/315?l=ja #PDB #HIV #AIDS
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/02/2026
ヒストンの進化的多様性の解明について 今月の分子314: 生命の樹におけるヒストン(Histones Across the Tree of Life) numon.pdbj.org/mom/314?l=ja #PDB #Histon #ヒストン
真核生物のヒストン(左側に緑色で表示、pdb_00001aoiの構造)では、ヒストン2量体が集まって8量体が形成されている。図上部にはH2A-H2BとH3-H4の2量体を示していて、尾部の全長を描いている。右側のHmfB(オレンジ色、pdb_00005t5k)は、ハイパーヌクレオソームをつくる古細菌のヒストンである。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 05/01/2026
The network trouble has been recovered. We apologize for the inconvenience.
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 05/01/2026
障害は回復しました。ご不便をおかけし失礼しました。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 03/01/2026
Some of PDBj's websites are down due to network trouble. Until we recover them, you can use the alternative URLs. Main: pdbjlvh1.pdbj.org PDBj Archive: data.pdbjlvh1.pdbj.org wwPDB/RDF: rdf.pdbjlvh1.pdbj.org #PDB
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PDBj top page - Protein Data Bank Japan
PDBj maintains the single global PDB/BMRB/EMDB archives of macromolecular structures and provides integrated tools for searching & analyzing PDB data
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 03/01/2026
現在、ネットワーク障害のためPDBjの一部サイトにアクセスできません。復旧までの間、後述する代替のURLでのアクセスをお願いします。メイン:https://pdbjlvh1.pdbj.org/ PDBj統合アーカイブ:https://data.pdbjlvh1.pdbj.org/ wwPDB/RDF:https://rdf.pdbjlvh1.pdbj.org/ #PDB
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/01/2026
RNAのみで構成された巨大で複雑な自然発生構造 今月の分子313: 天然RNAだけでできた集合体(Natural RNA-Only Assemblies) numon.pdbj.org/mom/313?l=ja #PDB #RNA
ボツリヌス菌由来のOLE RNA(pdb_00009lcr)は左側にピンク色で示す。ROOL RNAは6個(右上、pdb_00009j6y)または8個(右下、pdb_00009mds)のサブユニットで構成される籠をつくることができる。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/12/2025
免疫系による自身への攻撃を抑える免疫寛容において中心的な役割を果たす転写調節因子 今月の分子312: FOXP3 numon.pdbj.org/mom/312?l=ja #PDB #制御性T細胞 #Treg
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/11/2025
肥満と糖尿病の治療に人気があり効果的な薬 今月の分子311: GLP-1受容体作動薬(GLP-1 Receptor Agonists) numon.pdbj.org/mom/311?l=ja #PDB #糖尿病 #痩せ薬 #diabetes #WeightLossDrug
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/10/2025
PDBjは、東京お台場で開催される対話型科学イベント #サイエンスアゴラ2025 にて「見て・さわって・作って!タンパク質の世界」というタイトルでブースを出展します。詳細はPDBj Newsを参照ください。https://pdbj.org/news/scienceagora2025?lang=ja #PDB
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/10/2025
GLP-1とGIPは食事の後すぐに分泌されるホルモンである 今月の分子310: インクレチン(Incretins) numon.pdbj.org/mom/310?l=ja #PDB #GPCR #exendin-4 #exenatide
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インクレチン (Incretins) | 今月の分子 | PDBj 入門
GLP-1とGIPは食事の後すぐに分泌されるホルモンである
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 02/09/2025
植物の干ばつ耐性を調節する 今月の分子309: アブシジン酸受容体(Abscisic Acid Receptor) numon.pdbj.org/mom/309?l=ja #PDB #植物ホルモン #アブシジン酸 #PlantHormone #AbscisicAcid
numon.pdbj.org
アブシジン酸受容体 (Abscisic Acid Receptor) | 今月の分子 | PDBj 入門
植物の干ばつ耐性を調節する
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 25/08/2025
9/26(金)12:00 ~ 12:50、奈良県コンベンションセンターで開催される第63回日本生物物理学会年会でランチョンセミナーを開催します。詳細はPDBj Newsをご覧ください。https://pdbj.org/news/workshop20250926?lang=ja
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 12/08/2025
9/5(金)、#IIBMP2025 にてランチョンセミナーを開催します。場所は名古屋大学豊田講堂です。詳細はPDBj Newsをご参照ください。https://pdbj.org/news/workshop20250905?lang=ja #PDB
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/08/2025
ウイルスと脳には意外なつながりがあった 今月の分子308: Arc numon.pdbj.org/mom/308?l=ja #PDB #ImmediateEarlyGenes #SynapticPlasticity #最初期遺伝子 #シナプス可塑性
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Arc | 今月の分子 | PDBj 入門
ウイルスと脳には意外なつながりがあった
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/07/2025
研究者たちは抗生物質耐性のしくみを可視化した 今月の分子307: βラクタマーゼの活動をとらえる numon.pdbj.org/mom/307?l=ja #PDB #抗生物質 #antibiotics #β-ラクタマーゼ #β-lactamase
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βラクタマーゼの活動をとらえる (Capturing Beta-Lactamase in Action) | 今月の分子 | PDBj 入門
研究者たちは抗生物質耐性のしくみを可視化した
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 06/06/2025
来る6/20(金)、アクリエひめじ(兵庫県姫路市)にて開催される第25回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します。詳細はPDBjニュースを御覧ください。 pdbj.org/news/worksho... #PDBj #PSSJ
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/06/2025
EEEVに感染すると重篤な神経疾患を引き起こす可能性がある 今月の分子306: 東部馬脳炎ウイルス numon.pdbj.org/mom/306?l=ja #PDB #スパイクタンパク質 #SpikeProtein #EEEV
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東部馬脳炎ウイルス (Eastern Equine Encephalitis Virus) | 今月の分子 | PDBj 入門
EEEVに感染すると重篤な神経疾患を引き起こす可能性がある
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/04/2025
LDLがどのようにして血流から除去されるのか説明している 304: アポリポタンパク質B-100とLDL受容体 numon.pdbj.org/mom/304?l=ja #PDB #リポタンパク質 #動脈硬化
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 25/03/2025
Now, we have released the PDBj Newsletter Vol.25. pdbj.org/cms-data/new...
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 25/03/2025
PDBj Newsletter Vol.25を公開しました。 pdbj.org/cms-data/new...
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/03/2025
炭素固定を高速で効率的に行う酵素 303: エノイルCoAカルボキシラーゼ/還元酵素 numon.pdbj.org/mom/303?l=ja #PDB #炭素固定 #CarbonFixation
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エノイルCoAカルボキシラーゼ/還元酵素 (Enoyl-CoA Carboxylases/Reductases) | 今月の分子 | PDBj 入門
炭素固定を高速で効率的に行う酵素
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/02/2025
H5N1鳥インフルエンザの表面にある糖結合タンパク質 302: H5赤血球凝集素 numon.pdbj.org/mom/302?l=ja #PDB #インフルエンザ #influenza
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H5赤血球凝集素 (H5 Hemagglutinin) | 今月の分子 | PDBj 入門
H5N1鳥インフルエンザの表面にある糖結合タンパク質である。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/01/2025
段階的にさまざまな小分子を合成する大規模な多酵素複合体。301: 組立ラインポリケチド合成酵素 numon.pdbj.org/mom/301?l=ja #PDB #ポリケチド #polyketide
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組立ラインポリケチド合成酵素 (Assembly Line Polyketide Synthases) | 今月の分子 | PDBj 入門
段階的にさまざまな小分子を合成する大規模な多酵素複合体。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 02/12/2024
双方向に回転できるモーターは、多くの細菌細胞が遊泳するための動力を与える。300: 鞭毛モーター numon.pdbj.org/mom/300?l=ja #PDB
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鞭毛モーター (Flagellar Motor) | 今月の分子 | PDBj 入門
双方向に回転できるモーターは、多くの細菌細胞が遊泳するための動力を与える。
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 06/11/2024
来る11/10(日)12:00~13:00、日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します。皆さまのお越しをお待ちしています。https://pdbj.org/news/crsj2024_luncheon?lang=ja #PDBj #CrSJ
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 23/10/2024
10/24 12:30(日本時間)より、沖縄で開催されるAPBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します。 pdbj.org/news/apbjc20... #PDBj
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PDBj luncheon seminar at APBJC 2024 - Protein Data Bank Japan
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 23/10/2024
From 24 Oct 12:30 (JST), we will hold a luncheon seminar at APBJC 2024 in Okinawa. pdbj.org/news/apbjc20... #PDBj
pdbj.org
PDBj luncheon seminar at APBJC 2024 - Protein Data Bank Japan
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 21/10/2024
wwPDBでは、論文(プレプリントを含む)が公開されたら該当するPDB等のエントリーを公開します。論文公開が確認できなくても、公開留保期間(最長1年)を過ぎたら公開します。 pdbj.org/news/Pre-pri... #PDB
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 21/10/2024
The wwPDB releases entries when the paper (including preprint) is released. Even if not released, we release them at the end of the hold period (up to 1y). www.wwpdb.org/news/news?ye... #PDB
wwpdb.org
The Nobel Prize in Chemistry 2024
wwPDB: Worldwide Protein Data Bank
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 02/04/2024
Now, we have released the PDBj Newsletter Vol.24. pdbj.org/cms-data/new...
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 01/03/2024
Due to system maintenance, the PDBj main site (pdbj.org) and format conversion service will be suspended for 5~10m on 3/4 13-14, and 1h on 3/8 19-20 (JST) #PDBj
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 15/02/2024
Congratulations to biocurator Minyu Chen on processing over 10,000 PDB depositions. #PDB pdbj.org/news/Biocura...
pdbj.org
[wwPDB] Biocurator Milestone: >10,000 Depositions Processed - Protein Data Bank Japan
PDBj maintains the single global PDB/BMRB/EMDB archives of macromolecular structures and provides integrated tools for searching & analyzing PDB data
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 15/02/2024
Due to lacking IT personnel, ASH, DASH, SeSAW, MAFFTash, Spanner, and SFAS services are suspended. #PDB
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 04/01/2024
The current contents of the PDB/EMDB archive were added to the snapshot site. snapshots.pdbj.org/20240101/ For details, see wwPDB news: www.wwpdb.org/news/news?ye... #PDB #EMDB
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 14/12/2023
The digit of PDB's CCDID is extended from three to five because the ID was depleted. pdbj.org/news/startin... #PDB
pdbj.org
[wwPDB] PDB Entries with Novel Ligands Now Distributed Only in PDBx/mmCIF and PDBML File Formats - P...
PDBj maintains the single global PDB/BMRB/EMDB archives of macromolecular structures and provides integrated tools for searching & analyzing PDB data
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Protein Data Bank Japan(日本蛋白質構造データバンク、PDBj) @pdbjen.bsky.social · 21/11/2023
PDBj created a Bluesky account. pdbj.org?lang=en
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