うまく解釈できているかわかりませんが……
これって型を拡張したいタイミングってすべてfootageをライブラリとして使う場合のみですかね?
現状じぶんのextensionでは、footage() への型定義は .jsx をみて勝手に推論するようにしていて、その際に同階層に .d.ts があったらそれを使うようにするとシンプルかなーと思いました!
(前提として、今回の拡張機能ではreapackみたいなものを画策しており、ローカルまたはgitで取得できるディレクトリにあるjsxを補完対象に含める実装を用意しています)