一般的に、許認可申請の書類は、申請の時点で出そろっている事で足りるわけですから、申請書類綴の中がどのような順番で作成されていたかは、役所側では知る由もありません。
理論上は、事実が発生した証を書面にしているわけですから、事実が発生した順に書類ができあがるはずです。
しかし、実際は、書面に記載する事実が一通りヒアリングや資料によって判明している場合、あくまでも事実が発生したことを過去に遡って書面が後付けで作成され、日付もバックデートして記述されることの方が多いと思います。
これは行政手続の理論と実務の乖離の一つだと思います。