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Postdoctorant-e en analyse de séries temporelles multi-omiques
-Vous serez accueilli(e) au sein de au sein de l’UMR « Biodiversité, Gènes et Communautés » (BIOGECO), unité qui comprend plus de 100 personnes employées par INRAE et l'Université de Bordeaux. Notre unité de recherches a pour ambition l'étude de la biodiversité terrestre, des gènes aux communautés, dans une perspective de gestion durable des écosystèmes. Vous développerez vos recherches au sein de l’équipe Pléiade (équipe INRAE/Inria également hébergé au centre Inria de Bordeaux Sud-Ouest), qui développe des outils et méthodes numériques pour l’écologie microbienne computationnelle. Le postdoc sera mené en collaboration avec des modélisatrices des équipes M2P2 (ISA, INRAE) et Macbes (Inria) à Sophia-Antipolis, ainsi qu’avec une écologue microbienne de l’UMR « écologie végétale » (INRAE) à Avignon.Contexte scientifique : Les communautés microbiennes sont une composante essentielle de la santé des plantes. En interaction avec l'hôte, elles jouent un rôle prépondérant dans la lutte contre l'invasion de pathogènes microbiens. Toutefois, les mécanismes de dynamique des communautés microbiennes, en interaction avec le pathogène, restent très mal connues. Mieux comprendre ces interactions pourrait aider à développer des solutions de biocontrôle contre des pathogènes, permettant ainsi de limiter l’usage de pesticides.L’objectif scientifique de ce postdoc est de développer de nouvelles méthodes pour l’analyse de séries temporelles multi-omiques, basées sur des modèles de dynamique de population, permettant d’identifier des interactions entre des groupes de micro-organismes ainsi que les fonctions microbiennes impliquées dans ces interactions. Il s’agira en particulier de détecter des communautés et des fonctions microbiennes directement ou indirectement impliquées dans la dynamique du pathogène. Ces méthodes seront appliquées sur des communautés microbiennes foliaires antagonistes chez la tomate, dans le cadre du projet Mistic.-Vous serez plus particulièrement en charge de :Utiliser des techniques de réduction de dimension pour bâtir des systèmes dynamiques afin d’étudier les interactions taxonomiques et fonctionnelles dans la communauté.Assurer la diffusion des recherches par des publications ou des interventions lors de conférence.
